基于EST序列的茶代谢网络的构建  

作　　者：张正东[1] 申铁[2] 周文卫[2] 谢晓尧[2] 

机构地区：[1]贵州大学计算机科学与技术学院,贵州贵阳550001 [2]贵州师范大学贵州省信息与计算科学重点实验室,贵州贵阳550001

出　　处：《江苏农业科学》2017年第11期29-32,共4页Jiangsu Agricultural Sciences

基　　金：国家自然科学基金(编号:31200626);贵州省科技厅联合基金(编号:黔科合LH[2015]7773)

摘　　要：茶树体内的生化反应所生成的各种功能性化合物是茶叶具有营养和健康功能的物质基础,也是茶叶品质的决定因素。这些生化反应由茶树基因编码的酶催化并组成复杂的代谢网络。首先通过开源工具包jsoup开发异步数据采集程序,从布伦瑞克酶数据库(braunschweig enzyme database,简称BRENDA)和美国国立生物技术信息中心(NCBI)网站上获取酶序列及其催化反应、GI号、EC编码对应关系等相关信息,建立本地酶数据库;其次从NCBI上下载FASTA格式的茶树表达序列标签(expressed sequence tag,简称EST)序列数据,通过GI号查询本地酶数据库,得到酶催化反应信息,继而基于超图思想利用Cytoscape Web API重构茶代谢网络;最后对EST序列信息进行统计分析,并从多个维度对构造的代谢网络进行拓扑特性、KEGG路径、生物意义的深入分析,对茶树内生化反应的理解、新功能基因的挖掘、茶叶品质的提升、新茶产品的开发具有重要意义。

关 键 词：Cytoscape WEB EST 超图 代谢网络 茶叶 

分 类 号：Q811.4[生物学—生物工程]