模拟退火算法的一种改进及其在蛋白质结构预测中的应用  

An Improvement of Simulated Annealing Algorithm and Its Application to Protein Structure Prediction

作　　者：靳利霞[1] 唐焕文[1] 

机构地区：[1]大连理工大学管理科学与工程研究所,辽宁大连116023

出　　处：《系统工程理论与实践》2002年第9期92-96,共5页Systems Engineering-Theory & Practice

基　　金：国家自然科学基金 (90 1 0 3 0 3 3 )

摘　　要：根据蛋白质的氨基酸序列预测其空间结构可以归结为一个多维多极值的全局优化问题 ,缺少一种有效的全局优化方法是阻碍这一难题解决的一个关键 .文章以联合残基优化模型为基础 ,将蛋白质结构预测作为一个连续变量的全局优化问题来处理 .针对蛋白质结构预测模型的特点 ,对模拟退火算法进行了改进 ,并将其应用于脑啡肽和牛胰岛素 B(D)链的实例计算 。Predicting the structure of a protein from its amino acid sequence is a global optimization problem.Lacking powerful optimization method is the key obstacle to this problem. In this paper, we take the prediction of protein structure as a continuous variable optimization problem, advancing the simulated annealing algorithm and applying it to the structure prediction of two proteins: Met\|enkephalin and B(D) chain of Bovine despentapeptide insulin.

关 键 词：模拟退火算法 蛋白质结构预测 连续函数 全局优化 氨基酸序列 分子生物学 

分 类 号：Q7[生物学—分子生物学] O242.1[理学—计算数学]