基于转录组的大头金蝇密码子的偏好性分析  

Analysis of codon usage preference of Chrysomya megacephala based on transcriptome

作　　者：张玉波 周正湘 吴小玉 张斌[3] Zhang Yubo

机构地区：[1]安顺学院农学院,贵州安顺561000 [2]贵州省昆虫信息系统与资源开发利用重点实验,贵州安顺561000 [3]内蒙古师范大学生命科学与技术学院,内蒙古呼和浩特010022

出　　处：《江苏农业科学》2019年第11期78-81,共4页Jiangsu Agricultural Sciences

基　　金：贵州省教育厅项目(编号:黔教合KY字[2014]271、黔教合人才团队字[2015]71);贵州省科技厅项目(编号:黔科合LH字[2014]7503);内蒙古高等学校科研重点项目(编号:NJZZ17041)

摘　　要：使用Codon W软件分析大头金蝇[Chrysomya megacephala(Fabricius,1794)]转录组10923条全长转录序列的密码子偏好性。结果表明,大头金蝇转录组中的AT含量(61.81%)远大于GC含量(38.19%);PR2(parity rule 2,即密码子偏好性)绘图结果显示,密码子第3位碱基A的使用频率大于碱基T,碱基G的使用频率大于碱基C;中性绘图结果显示,该序列密码子的使用更多地受到选择压力的影响;有效密码子数(effective number of codons,简称ENC)在25.17~61.00个之间,均值为43.16个;密码子适应指数(codon adaptation index,简称CAI)在0.099~0.554之间,均值为0.2158。结果共筛选出29个同义密码子相对使用度(relative synonymous codon usage,简称RSCU)>1的密码子和28个最优密码子。

关 键 词：大头金蝇 转录组 密码子偏好性 同义密码子 

分 类 号：Q969.451.9[生物学—昆虫学] S186[农业科学—农业基础科学]