香蕉EST-SNP标记的开发  

Development of banana EST-SNP markers

作　　者：赵涛 王静毅[1] 刘菊华[1] 徐碧玉[1] 金志强[1,3] Zhao Tao

机构地区：[1]中国热带农业科学院热带作物生物技术研究所/农业部热带作物生物学与遗传资源利用重点实验室,海南海口571101 [2]南京农业大学园艺学院,江苏南京210095 [3]中国热带农业科学院海口实验站/海南省香蕉遗传改良重点实验室,海南海口570102

出　　处：《江苏农业科学》2019年第21期107-110,共4页Jiangsu Agricultural Sciences

基　　金：海南省重点研发计划(编号:ZDYF2018097);国家自然科学基金(编号:31501043);国家现代农业产业技术体系建设专项(编号:CARS-31);中央级公益性科研院所基本科研业务费项目(编号:1630052017018)

摘　　要：为发掘出一批香蕉的SNP位点、进一步研究香蕉的遗传关系、相关性状的定位等打下基础,从美国国立生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)的dbEST数据库下载46665条香蕉EST序列,经生物信息学方法分析发掘EST-SNP位点,并对其所在核酸序列进行功能注释分析。通过对46665条EST进行拼接,共得到3490条重叠群(contigs),在含有4条以上重叠群中发现有39条重叠群中含有SNP位点,从中筛选出127个候选SNP位点,其碱基突变类型中转换、颠换分别占SNP位点总数的63.78%、36.22%。通过序列比对分析发现了34个与香蕉相关基因,证明NCBI中的香蕉EST数据库数据量大,能够发掘出SNP标记对香蕉进行品种鉴定、分类和遗传多样性分析。

关 键 词：香蕉 EST序列 SNP位点 重叠群 转换 颠换 序列比对分析 遗传多样性 

分 类 号：S668.101[农业科学—果树学]