鲫鱼血液、肝脏、卵巢组织转录组比较分析  

Comparative transcriptome analysis of blood,liver and ovary in Carassius auratus

作　　者：李青 何斌 陈群利 游萍 Li Qing

机构地区：[1]贵州工程应用技术学院生态工程学院,贵州毕节551700

出　　处：《江苏农业科学》2022年第3期28-35,48,共9页Jiangsu Agricultural Sciences

基　　金：贵州省科技计划(编号:黔科合基础[2018]1054、黔科合LH字[2017]7018号、毕科人才合字[2021]11号);贵州省教育厅创新群体重大研究项目(编号:黔教合KY字[2017]050)。

摘　　要：为进一步丰富鲫鱼基因组数据,对肝脏、血液和卵巢组织进行高通量转录组测序。采用Illumina Hiseq高通量测序平台进行转录组测序,对所获得序列进行比对、基因注释、差异表达和SNP、SSR分析。结果提示,组装得到127 801条unigene,平均长度为735 bp。与相应数据库比对,最终获得117 414(91.87%)个有注释信息的unigene,有105条unigene获得GO注释,并分类到生物学过程、细胞组分和分子功能三大类42个功能中;有20 725条unigene被归纳到KOG的26个直系同源功能类型;获得KEGG注释的unigene共参与五大类32小类代谢通路。在鲫鱼肝脏、血液和卵巢组织中分别检测到307 740、343 516、348 795个SNP位点,共检测到48 808个SSR位点。提示获得有注释信息的unigene共117 414条,此外,获得一些SNP和SSR位点。结果可为进一步克隆和挖掘鲫鱼功能基因、多态性检测及群体遗传多样性分析等方面研究奠定基础。

关 键 词：鲫鱼 转录组学 肝脏 血液 卵巢 UNIGENE SNP分析 SSR分析 高通量测序 

分 类 号：S965.117[农业科学—水产养殖]