SNP分析

作品数：94被引量：388H指数：10
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基于全基因组重测序SNP分析宁蒗高原鸡保种群的群体遗传多样性和群体遗传结构
《畜牧兽医学报》2024年第12期5498-5510,共13页徐扩卫 李卓辉 冷堂健 熊宝 周杰珑 郭盘江 王禹 陈粉粉 
云南省农业基础研究联合专项面上项目(202101BD070001-070)。
旨在分析宁蒗高原鸡保种群的群体遗传多样性和群体遗传结构,以期更好的保护和利用宁蒗高原鸡这一种质资源。本研究利用全基因组重测序技术检测宁蒗高原鸡(n=57)、大围山微型鸡(n=20)、尼西鸡(n=11)和独龙鸡(n=10)群体的单核苷酸多态性(s...
关键词：全基因组 宁蒗高原鸡 群体遗传多样性 群体遗传结构 
包头市2012-2022年布鲁菌分离株的cgSNP分析
《热带医学杂志》2024年第10期1379-1383,共5页李振鑫 杨苑轲 解英波 庞梦婷 刘欣 高蒙 郝嘉男 康耀霞 
国家自然科学基金(82060383,81460319)。
目的分析包头市布鲁菌的分子流行病学特征,为控制人间布鲁菌病提供科学依据。方法11株布鲁菌来源于包头市2012-2022年布鲁菌病患者血液培养物。采用多位点序列分型(MLST)技术分析菌株序列型,采用核心基因组单核苷酸多态性(cgSNP)分析方...
关键词：布鲁菌 多位点序列分型 核心基因组单核苷酸多态性 
5个宽体金线蛭种群遗传多样性和遗传分化的SNP分析
《中国农学通报》2024年第29期144-149,共6页高凯利 马学艳 王海华 李涵 李燕华 金武 闻海波 
国家重点研发计划“中华绒螯蟹、克氏原螯虾、螺蛳大规格抗逆新品种培育”(2022YFD2400700);江西省重点研发计划“鄱阳湖区蚂蟥资源保护与产业化开发关键技术研究”(20212BBG73040)。
为了解宽体金线蛭(Whitmania pigra)群体的遗传特征,本研究使用单核苷酸多态性标记法对5个地点的宽体金钱蛭(W.pigra)群体(江西抚州AH、安徽太和TH、江西南昌JX、山东微山WSH、山东济南JN)进行遗传多样性和群体遗传结构分析。种群结构...
关键词：宽体金线蛭 单核苷酸多态性 遗传分化 遗传多样性 群体结构 群体遗传学 遗传育种 系统发育树 
基于全基因重测序的芒果细菌性角斑病抗性相关SNP分析
《分子植物育种》2024年第9期2952-2958,共7页徐志豪 周思思 詹儒林 姚全胜 柳凤 
国家重点研发计划项目(No.2019YFD1001103);海南省自然科学基金项目(No.320QN319);攀枝花市市级科技计划项目(2021CY-N-7)共同资助。
芒果细菌性角斑病是芒果生产上的重要细菌病害之一,为揭示芒果品种对细菌性角斑病的抗性差异,本研究通过全基因组重测序技术对高抗细菌性角斑病品种‘热农1号’和高感细菌性角斑病品种‘凯特’进行测序,通过与参考基因组‘红象牙’进行...
关键词：全基因组重测序 芒果 细菌性角斑病 单核苷酸多态性 
不同产蛋数岩鸽卵巢转录组的SNP分析
《湖北农业科学》2024年第4期185-190,共6页毛楠楠 孙勇胜 陈辉 周荣艳 籍颖 
河北省农业农村厅畜禽育种创新能力提升基金资助项目;河北省现代农业产业技术体系创新团队蛋鸡肉鸡良繁体系与品种培育岗位基金资助项目(HBCT2023210205)。
为探索岩鸽(Columba livia)产蛋数相关基因及其遗传标记,利用STAR对高产蛋数和低产蛋数岩鸽卵巢组织转录组数据高质量序列与参考基因组进行比对,去除重复序列后利用GATK进行单核苷酸多态性(SNP)筛选,利用VCFtools对SNP质控后进行主成分...
关键词：岩鸽(Columba livia) 卵巢转录组 SNP 产蛋数 
基于RNA-seq对复合益生菌作用于肉鸡回肠中新转录本预测及可变剪接、SNP分析
《中国饲料》2024年第3期20-27,共8页曹威荣 王燕飞 张若男 贾浩 刘璇 张利环 
山西省重点研发计划项目(201803D221023-2)。
为分析复合益生菌饲喂肉鸡回肠转录组中的新转录本预测、可变剪接事件和SNP,选择200只1日龄黄麻肉鸡随机分为2组,每组5个重复,每个重复20只。对照组正常饮水,益生菌组饮用水中补充1%复合菌制剂,试验分为生长前期(1~21 d)、后期(22~42 d...
关键词：肉鸡 RNA-SEQ 新转录本 SNP 可变剪接 
希尔斯山羊草1S^(s)S和3S^(s)S染色体特异dCAPS标记的建立
《山东农业科学》2023年第5期15-21,共7页倪佳俊 韩冉 徐文竞 王开 祁广 曾小雪 訾妍 李豪圣 刘建军 汪晓璐 刘成 
山东省重点研发计划(重大科技创新工程)项目(2021LZGC025,2021LZGC009);山东省农业科学院农业科技创新工程项目(CXGC2023A15,CXGC2022A01);山东省自然科学基金项目(ZR2021QC198);国家自然科学基金项目(31971874);泰山学者工程项目(tsqn201812123)。
希尔斯山羊草是小麦的近缘种,具有抗病、抗逆、抗虫等优异性状,是小麦遗传改良的珍贵基因源。当前,我们创制了一批小麦-希尔斯山羊草杂交种质。然而,由于缺乏分子标记,上述种质无法被有效筛选和鉴定。为了建立希尔斯山羊草染色体特异分...
关键词：小麦 希尔斯山羊草 基因组重测序 SNP分析 dCAPS标记 
鸡IFITM3基因编码区克隆及生物信息学分析
《中国畜牧杂志》2022年第10期223-229,234,共8页张贝 孟婕 周泽宇 张夕霏 张传生 耿立英 李祥龙 
河北省鸡现代种业科技创新团队优质特色燕山红玉肉鸡种质创制(21326303D-5);河北省现代农业产业技术体系蛋肉鸡创新团队遗传资源开发与利用岗位专家项目(HBCT2018150201);河北省教育厅重点项目(ZD2018034);秦皇岛市科学技术研究与发展计划(201903B001)。
为探究鸡IFITM(Interferon-Induced Transmembrane,IFITM)3基因SNPs(Single Nucleotide Polym orphisms,SNPs)位点的多态性,挖掘其潜在的功能性位点,本研究对鸡IFITM3基因编码区进行克隆,结合多种生物信息学方法对蛋白nsSNPs(nonsense-S...
关键词：鸡 IFITM3 多态性分析 错义SNP分析 选择压力分析 
开产前和产蛋高峰期泰州鹅卵巢转录组SNP分析被引量：3
《扬州大学学报（农业与生命科学版）》2022年第4期36-44,共9页周明夏 张蕾 章敬旗 王健 
江苏省农业科技自主创新资金项目[CX(18)1004];泰州市科技支撑计划(农业)项目(TN201802)。
为探究泰州鹅繁殖相关差异基因SNP位点,研究开产前和产蛋高峰期泰州鹅卵巢组织转录组水平基因表达变化。通过Illumina HiSeq2500高通量测序分析3只开产前(10周龄)和3只产蛋高峰期(40周龄)泰州鹅卵巢组织转录组表达差异;结合参考基因组...
关键词：泰州鹅 转录组测序 卵巢 繁殖性能 SNP 
不同膻味水平的龙陵黄山羊肝组织转录组SNP分析被引量：1
《湖北农业科学》2022年第4期154-159,共6页马琳 杨明 王宣懿 叶绍辉 
云南省肉羊产业技术体系项目(2017KJTX0016)。
为加强山羊肉类的质量,探究膻味相关差异基因,对3个品种共14只羊的总膻味值进行显著性差异检验发现,高膻味水平(总膻味值大于771.845)和低膻味水平(总膻味值低于771.845)龙陵黄山羊总膻味值差异显著(P<0.05)。通过对高膻味水平和低膻味...
关键词：龙陵黄山羊 肝脏 SNP GO富集 KEGG富集 
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