多芯片联合筛选小肠克罗恩病相关致病基因及诊断效能分析  

作　　者：郑娴娴 葛魏巍 

机构地区：[1]合肥市第一人民医院南区滨湖医院检验科,230032 [2]安徽医科大学第四附属医院急诊科

出　　处：《现代消化及介入诊疗》2022年第5期620-623,共4页Modern Interventional Diagnosis and Treatment in Gastroenterology

基　　金：安徽省高校科学研究重点项目(KJ2021A0334)。

摘　　要：目的联合多个芯片筛选小肠克罗恩病相关致病基因,并分析其诊断效能,以便从分子水平探索疾病的调控机制。方法通过GEO数据库检索并下载相关芯片数据集。利用GEO在线分析工具筛选差异表达的miRNA、R语言筛选差异表达的mRNA,构建miRNA-mRNA调控网络。差异表达的mRNA通过R语言进行GO富集和KEGG通路富集分析,运用String数据库构建蛋白互作网络(PPI)、Cytoscape软件筛选关键基因,应用ROC曲线进行诊断效能分析。结果GSE102127数据集中共筛选出15个差异表达的miRNA,GSE20881、GSE75214、GSE102133数据集融合后筛选出273个差异mRNA,构建38个miRNA-mRNA调控关系对。差异mRNA GO富集在白细胞迁移、中性粒细胞迁移等生物过程;KEGG富集注释表明差异基因主要参与IL-17、肿瘤坏死因子等信号通路。Cytoscape软件的cytoHubba模块下基于“Degree”、“MCC”、“Betweenness”算法筛选排名前10的关键基因,取交集后得到IL-6、IL-1β、MMP9及ICAM14个关键基因。ROC曲线分析发现仅MMP9可用于诊断小肠克罗恩病,其P值为0.025,AUC为0.361,敏感性100%,特异性31%。结论多芯片联合成功筛选出小肠克罗恩病致病基因,并构建了miRNA-mRNA调控网络,致病基因尚无法作为小肠克罗恩病早期诊断的分子标志物。

关 键 词：小肠克罗恩病 多芯片联合 致病基因 miRNA-mRNA 

分 类 号：R571.1[医药卫生—消化系统]