在人类表型本体论中对癫痫发作进行建模——根据当代ILAE概念使大的表型数据易于处理  

作　　者：David Lewis-Smith Peter D Galer Ganna Balagura 黄格格(译) 牛永利(译) 杨建仲(审) 

机构地区：[1]不详

出　　处：《癫痫杂志》2022年第5期457-468,共12页Journal of Epilepsy

基　　金：Wellcome Trust[203914/Z/16/Z]资助;美国国家神经疾病和中风研究所(K02 NS112600)的支持,包括关于癫痫离子通道功能的无壁垒中心的支持(“通道病相关研究中心”,U54 NS108874)、Eunice Kennedy Shriver National儿童健康与人类发展研究所(U54 HD086984)通过费城儿童医院的智力和发育障碍研究中心(IDDRC)和宾夕法尼亚大学佩雷尔曼医学院,以及费城儿童医院的校内资金通过癫痫神经遗传学倡议(ENGIN);美国国立卫生研究院国家转化科学促进中心的支持,奖项编号为UL1TR001878;宾夕法尼亚大学佩雷尔曼医学院转化医学和治疗学研究所(ITMAT)转化医学和治疗学跨学科项目;德国EuroEPINOMICS-Rare Epilepsy Syndrome(RES)联盟的部分支持欧洲科学基金会EuroEPINOMICS框架内的研究基金会(HE5415/3-1至I.H.);德国研究基金会(DFG;HE5415/-1,HE5415/6-1至I.H);DFG/FNR INTER Research提供单位FOR2715(He5415/7-1至I.H,INTER/DFG/17/11583046至R.K.);爱尔兰科学基金会(SFI)资助,资助号为16/RC/3948;欧洲区域发展基金;FutureNeuro行业合作伙伴Congenica;欧盟委员会(Solve-RD;779257)提供共同资助。

摘　　要：癫痫的临床特征决定了如何定义癫痫,进而指导治疗。因此,在对癫痫病因、轨迹和治疗反应的研究中,考虑构成癫痫的基本临床实体至关重要。人类表型本体论(Human phenotype ontology,HPO)广泛应用于临床和遗传学研究中用于临床特征的简明交流和建模,其允许使用逻辑推理来协调提取的数据。我们试图重新设计HPO癫痫亚本体,以提高其与当前癫痫概念的一致性,同时支持在高通量临床和基因组研究中应用大型临床数据集。根据2017年国际抗癫痫联盟对癫痫发作类型的分类,我们创建了一个新的HPO癫痫亚本体,并在不同细节层次上整合了癫痫持续状态、热性惊厥、反射性发作和新生儿癫痫的概念。我们比较了修订前后的HPO癫痫亚本体,根据3个独立队列中791例患者的癫痫发作信息可以推断:其中2个独立队列的信息先前已发表过,还有150例患者是新招募的。每个队列的数据以不同的格式提供,并通过两个版本的HPO进行协调。新的癫痫亚本体将癫痫发作的描述性概念数量增加了5倍。可标注到队列中的癫痫发作描述符号数量增加了40%,关于个体癫痫发作的信息总量增加了38%。最重要的定性差异是局灶性进展为双侧强直-阵挛发作与全面起始和局灶起始发作的关系。我们已经生成了一个详细的当代概念图,用于协调临床癫痫发作数据,并在2020-12-07 HPO的官方版本中实施,并在hpo.jax.org免费提供。这将有助于克服基因组学中的表型瓶颈,促进有价值数据的再利用,并最终提高对癫痫的诊断和精准治疗。

关 键 词：大数据 分类 癫痫 遗传学 

分 类 号：R742.1[医药卫生—神经病学与精神病学]