11种唐松草属(Thalictrum)rbcL基因的密码子偏好性研究  

A codon preference analysis of 11 rbcL genes of the genus Thalictrum

作　　者：侯哲 娄晓鸣[1] 李昂 黄长兵[1] Hou Zhe

机构地区：[1]苏州农业职业技术学院,江苏苏州215008

出　　处：《江苏农业科学》2023年第3期46-53,共8页Jiangsu Agricultural Sciences

基　　金：江苏省特色花卉工程中心项目(编号:苏发改高技发[2020]1460号);江苏省省级作物种质资源库(球宿根花卉)项目(编号:JS-ZW-K05);四川省自然科学基金(编号:2022NSFSC1141)。

摘　　要：唐松草属(Thalictrum)是毛茛科(Ranunculaceae)的重要植物类群,为了明确唐松草属rbcL基因的密码子使用偏好性,从NCBI下载了11条唐松草属植物的rbcL序列,并对其密码子偏好性进行了分析。研究结果表明,rbcL基因的密码子中,GC 1的平均值为0.583,GC 2与GC 3分别为0.435、0.310,其中,GC 1含量最大,GC 3含量最小,表现出显著的差异;ENC值与GC 1和GC 2的相关性不显著,而与GC 3的相关系数为0.335(P<0.05),说明在rbcL基因中,密码子第3位的碱基组成与密码子的偏好性显著相关;中性绘图分析表明,GC 3与GC 12的相关性不显著,且选择对密码子的偏好性有着决定性的作用;ENC-plot及PR-plot结果表明,rbcL基因的ENC值低于预期值,且相比于嘌呤C/T,嘧啶A/G的使用频率要更低;RSCU分析表明,RSCU值大于1的密码子大多数以A/U结尾,密码子使用度最高的3个密码子为CGU、UCU、ACU,用RSCU值做聚类分析,在一定程度上也可以反映唐松草属植物的亲缘关系。对于唐松草属植物的rbcL基因来说,酵母可以作为其表达受体,拟南芥可作为其转化受体。本研究为唐松草属叶绿体基因工程的开展奠定了基础,为其后续的遗传多样性、遗传结构及基因功能提供了借鉴信息。

关 键 词：唐松草属 RBCL基因 密码子 密码子偏好性 

分 类 号：S184[农业科学—农业基础科学]