密码子

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独蒜兰属叶绿体基因组序列及密码子偏好性分析
《西南林业大学学报(自然科学)》2025年第2期66-75,共10页陶爱恩 尹成龙 李娅波 张玥 海永林 赵飞亚 
云南省科技厅基础研究计划面上项目(202101AT070001)资助;云南省教育厅科学研究基金项目(2022J1214)资助;云南省大学生创新创业训练计划项目(SC20201332804,SC20211332803,SC202213328004)资助;丽江市科技计划项目(2023LJSNK09)资助;丽江市中青年学术和技术带头人后备人才项目资助;校级中青年学术和技术带头人后备人才项目资助。
为探讨独蒜兰属叶绿体基因组中密码子的使用模式,选取独蒜兰属的16个物种作为研究对象,通过使用Codon W 1.4.2软件以及在线工具CUSP,分析了独蒜兰属密码子的GC含量、相对密码子使用度(RSCU)、有效密码子数(ENC)等参数,并进行了中性绘图...
关键词：独蒜兰属 叶绿体 基因组 密码子 偏好性 
小果油茶与越南油茶中叶绿体基因组密码子偏好性
《北京林业大学学报》2025年第4期37-49,共13页张菲菲 朱艳 韩长志 
云南省研究生导师团队建设项目(2022100);云南省“兴滇英才支持计划”青年人才专项(YNWR-QNBJ-2020-188)。
【目的】研究小果油茶和越南油茶中叶绿体基因组密码子的使用模式,分析并揭示两个物种密码子使用偏好性产生的原因,明确两个物种叶绿体基因组中的最优密码子,为油茶基因组研究和良种培育提供理论依据。【方法】运用Codon W 1.4.2和在线...
关键词：小果油茶 越南油茶 叶绿体基因组 密码子偏好性 最优密码子 
姜黄基因组密码子偏好性分析
《特产研究》2025年第2期66-72,80,共8页杨杰 唐国梁 欧阳仁泽 赵佳伟 刘珊珊 刘俊林 张丽娟 
中央高校基本科研业务费项目(31920210055);西北民族大学引进人才项目(xbmuyjrc202222、xbmuyjrc202223)。
为探究姜黄(CurcumalongaL.)基因组密码子的偏好性使用模式,本研究通过CodonW1.4.4和Python程序对NCBI中下载的姜黄基因组68447条编码序列进行分析,利用中性绘图、ENC-plot、PR2-plot进行姜黄密码子偏好性分析,并对姜黄及其他6种生物密...
关键词：姜黄 基因组 密码子偏好性 最优密码子 
黄檗叶绿体基因组密码子偏好性分析
《安徽农学通报》2025年第8期75-78,共4页卢梦月 周梦梦 杨俊 吴振宇 王博文 邹玉 杨洪升 
佳木斯大学大学生创新创业计划训练项目(S202410222085);佳木斯大学国家自然科学基金培育项目(JMSUGP-ZR^(2)023-010)。
为探究黄檗叶绿体基因组中密码子的使用偏好及其主要影响因素,采用该乔木叶绿体基因组编码区序列(CDS)筛选,排除长度小于300bp、含终止密码子及重复序列的片段,最终保留52条有效序列;通过Codon W和CUSP软件计算这些序列的GC含量和有效...
关键词：黄檗 叶绿体基因组 密码子偏好性 最优密码子 
葡萄基因组密码子偏好性分析
《中国农业科技导报(中英文)》2025年第4期78-86,共9页答梁材 刘珊珊 刘俊林 张丽娟 
甘肃省科技计划项目(23JRRA719);西北民族大学引进人才项目(xbmuyjrc202222,xbmuyjrc202223)。
密码子偏好性存在于几乎所有已知物种基因组中。为了解葡萄基因组的密码子使用偏好性并提高基因异源表达效率,以葡萄的全基因组数据作为基础材料,对葡萄编码基因密码子的特性和影响因素进行分析,并与其他表达系统和葡萄亚科植物基因组...
关键词：葡萄 遗传密码 密码子偏好性 自然选择 突变压力 
‘槠叶齐’叶绿体与线粒体基因组密码子偏好性分析
《茶叶科学》2025年第2期201-218,共18页曾文娟 朱友鹏 陈嘉欣 李洪玉 王双辉 龚意辉 陈致印 
湖南省自然科学基金(2023JJ50465);湖南省科技创新计划项目(2024RC8289);娄底市科技创新计划项目(2023RC3501);国家级大学生创新训练项目(S202310553022)。
密码子使用偏好性作为基因表达调控与分子进化的重要驱动力,在植物细胞器基因组研究中具有特殊意义。‘槠叶齐’(Camellia sinensis cv.‘Zhuyeqi’)作为中国重要的茶树品种,其细胞器基因组密码子使用模式尚未见系统报道。本研究对‘槠...
关键词：槠叶齐 叶绿体基因组 线粒体基因组 密码子使用偏好性 最优密码子 
蓼属叶绿体基因组密码子偏好性分析及比较特征
《中国农业科技导报(中英文)》2025年第4期87-98,共12页刘起麟 李金泽 丁佳渝 王烁理 程子铭 古康圆 冯光燕 
国家重点研发计划项目((2021YFD1200105));四川省饲草育种攻关项目(2021YFYZ0013);2024年大学生创新训练计划项目(202410626020)。
为探究蓼属植物叶绿体基因组的结构、功能和进化特征,利用CodonW、SPSS软件和在线程序Galaxy、Genepioneer生信云、mVISTA、GENE DENOVO等工具,对28种蓼属植物叶绿体基因组的密码子使用偏好性和系统发育关系进行分析。结果表明,28种蓼...
关键词：蓼属 叶绿体基因组 密码子偏好性 比较特征 系统发育 
原鸡DMRT1基因密码子偏好性与进化分析
《中国畜禽种业》2025年第3期31-44,共14页李泽宇 李国辉 靳锴 孙红艳 李碧春 
国家自然科学基金(32272858);科技创新2030-重大项目(2023ZD0407503)。
为了研究原鸡DMRT1基因密码子偏好性及其影响因素以及物种间遗传进化和密码子偏好关系,试验选取了原鸡以及另外15个代表性物种的DMRT1基因作为研究对象,通过Codon W软件和EMBOSS在线网站,系统分析这些基因密码子偏好性相关的7个关键指...
关键词：原鸡 DMRT1基因 密码子偏好性 遗传进化 碱基突变 
小黑麦叶绿体基因组密码子偏好性分析与基因功能相关性分析
《草地学报》2025年第3期707-718,共12页田甜 张银霞 杜文华 
农业生物育种重大专项(2023ZD0402605-02);国家自然科学基金(32260339);甘肃省高等学校产业支撑计划(2022CYZC-49);甘肃省重大专项(21ZD4NA012);西藏重大专项(XZ202101ZD003N)资助。
为揭示小黑麦(Triticale)的密码子使用偏好性及其影响因素,用CodonW 1.4.2和在线软件CUSP(Codon Usage and Synonymous Condon Usage Profile)对小黑麦叶绿体基因组中52个编码序列(Coding sequence,CDS)特征进行分析。结果表明:小黑麦...
关键词：小黑麦 叶绿体基因组 密码子偏好性 最优密码子 
木薯扩展蛋白基因家族密码子使用偏好性分析及影响因素
《江苏农业学报》2025年第3期468-476,共9页刘秦 蔡雨静 李锦兰 耿晓姗 卢恩科 
国家自然科学基金项目(32101691);广西自然科学基金项目(2021GXNSFBA196077);国家级大学生创新创业训练计划项目(202310606031)。
木薯(Manihot esculenta)是全球一种重要的粮食作物。扩展蛋白在植物生长发育中起关键作用,具有改良作物性状的潜力。本研究利用CodonW、R语言等软件对木薯基因组中的42个扩展蛋白基因进行密码子使用偏好(CUB)的系统分析。结果显示,木...
关键词：木薯 扩展蛋白基因 密码子偏好性 最优密码子 
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