硬头黄竹叶绿体基因组密码子偏好性分析  

Analysis of codon bias in chloroplast genome of Bambusa rigida

作　　者：龚明贵[1] 白娜 李影 姜霞 Gong Minggui

机构地区：[1]河南科技大学食品与生物工程学院,河南洛阳471023 [2]贵州省林业科学研究院,贵州贵阳550005 [3]贵州黎平石漠生态系统国家定位观测研究站,贵州贵阳550005

出　　处：《江苏农业科学》2024年第3期67-72,共6页Jiangsu Agricultural Sciences

基　　金：贵州省林业局项目(编号:黔林科合[2019]06号);国家自然科学基金(编号:31860178)。

摘　　要：以硬头黄竹叶绿体基因组为研究对象,使用CodonW、CUSP以及R语言等软件分析密码子偏好性形成的主要原因。结果表明:(1)硬头黄竹叶绿体基因组密码子的平均GC含量为39.59%,且GC_(1)>GC_(2)>GC_(3),表明密码子偏好使用以A/U结尾的碱基;(2)硬头黄竹大多数有效密码子数(ENC)在35以上,适应指数(CAI)为0.166,说明其密码子偏好性较弱;(3)中性绘图分析、ENC-plot和PR2-plot分析表明,自然选择对硬头黄竹叶绿体基因组密码子使用偏好性产生重要影响;(4)最终筛选出硬头黄竹叶绿体基因组有GCA、GCU、GAU、GGU及AAA等14个最优密码子,多数以A/U结尾。本研究结果可为硬头黄竹叶绿体基因组水平上的研究提供依据。

关 键 词：硬头黄竹 密码子偏好性 叶绿体基因组 最优密码子 

分 类 号：S188[农业科学—农业基础科学]