克氏原螯虾的三代转录组测序分析  

Sequencing of the third generation transcriptome of Procambarus clarkii

作　　者：张明达 王丽媛 蔺思函 李倩倩 杜志强 Zhang Mingda

机构地区：[1]内蒙古科技大学生命科学与技术学院,内蒙古包头014010

出　　处：《江苏农业科学》2024年第12期187-194,共8页Jiangsu Agricultural Sciences

基　　金：国家自然科学基金(编号:32060834);内蒙古自然科学基金-杰出青年培育基金(编号:2020JQ03)。

摘　　要：为探究在病原刺激情况下克氏原螯虾(Procambarus clarkii)的转录组信息,采用PacBio平台的单分子实时测序技术(SMRT),对使用弧菌刺激下的克氏原螯虾的血淋巴、肝胰腺、鳃、肠、淋巴器官和肌肉的混合组织样进行全长转录组测序,获得克氏原螯虾的全长转录本文库。首先,使用TRIzol法提取总RNA合成双链cDNA用于SMRTbell建库和测序,利用SMRT分析套件进行插入片段识别,Reads分类、聚类和校正,利用BUSCO单拷贝同源数据库对其进行组装的完整性评价,通过使用CD-HIT软件,将序列进行去冗余分析,最后利用公共数据库NR、NT、SwissProt、KOG、GO、Pfam及KEGG对克氏原螯虾转录本进行功能注释。全长转录组得到改良后一致序列149213个,序列平均长度为2213 bp。BUSCO单拷贝同源数据库完整性评价,约有95.8%完整基因元件,说明大多数保守基因组装较完整,组装结果较可靠。在NR数据库注释得到110181条序列,分别比对到1373个物种,其中与美洲海螯虾(Homarus americanus)基因相似的序列最多,为48433条。与GO数据库进行匹配,统计注释到结合和催化活性功能最多,分别为14327和13344个。KOG功能注释分为25个功能组分,其中,一般功能预测最多,为20269个。KEGG注释结果发现,信号转导的代谢通路注释的基因数最多,为12277个。本研究过程中组装并获得完整良好的序列,与功能数据库比对得出序列的功能特性,可为探究克氏原螯虾的功能基因、免疫响应和相关代谢通路等提供可靠的基因组资源。

关 键 词：克氏原螯虾 转录组 三代测序 功能注释 

分 类 号：S917[农业科学—水产科学]