组分距离方法构建基于核糖体蛋白质或氨酰tRNA合成酶的原核生物亲缘树  

作　　者：卫海滨[1] 戚继[2] 郝柏林[3] 

机构地区：[1]浙江大学生命科学学院,杭州310027 [2]复旦大学理论生命科学研究中心 [3]中国科学院北京基因组研究所杭州分部,杭州310008

出　　处：《中国科学（C辑）》2004年第2期186-194,共9页Science in China(Series C)

基　　金：国家重点基础研究项目(批准号: G2000077308);国家自然科学基金(批准号: 30170232);中国科学院创新工程资助项目;上海市通过复旦大学的资助

摘　　要：最近新发展的基于计算短串频度,推断原核生物系统发生关系的K串组分距离方法,以整个蛋白质组作为数据集.采用每个物种的全部核糖体蛋白质或氨酰tRNA合成酶,得到一致结果.已知后一组蛋白质在单个使用时,产生彼此不同的进化树.我们构建进化树不需做任何序列联配,所得亲缘树包括16个古细菌、105个细菌和2个真核生物.大部分低层分支与《伯杰系统细菌学手册》(第2版),即2003年第4次发布的细菌系统分类大纲相一致,而且对高层分支关系给出一些建议.

关 键 词：古细菌 系统发生树 组分距离 核糖体蛋白质 氨酰TRNA合成酶 原核生物亲缘树 

分 类 号：Q19[生物学—普通生物学]