国家自然科学基金(10271061)

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氨基酸在蛋白质空间结构中的深度倾向性因子被引量：4
《生物数学学报》2007年第2期305-310,共6页沈世镒 胡刚 张华 
天津大学;南开大学联合研究项目;刘徽应用数学研究中心与国家自然科学基金(批准号:10271061;90208022)资助资助
用统计和几何方法给出了氨基酸在蛋白质空间结构中的深度计算,并利用PDB数据库得到了不同氨基酸在蛋白质中的深度倾向性因子,并得到了这些倾向性因子与氨基酸的物理、化学综合特性的相关性质.
关键词：蛋白质空间结构 统计理论中的深度分析 氨基酸在蛋白质中的深度倾向性因子 
DNA计算中突变误差的纠正被引量：1
《计算机工程与应用》2006年第7期4-6,共3页沈世镒 张拓 
国家自然科学基金资助项目(编号:10271061);天南大联合研究项目;刘徽应用数学研究中心资助
文章重点讨论了在DNA计算中突变误差的处理问题,其中包括突变误差的数据空间、突变误差的自动纠正和纠错码在DNA操作系统设计中的应用问题。并在分析突变误差数据空间、突变误差纠错码的基础上,提出了解决DNA计算中突变误差问题的方案。
关键词：DNA计算 广义纠错码 突变误差的自动纠正 DNA操作系统设计 
广义差错长序列的数据库搜索及其快速算法
《计算机工程与应用》2006年第1期20-22,共3页沈世镒 胡刚 夏树涛 
国家自然科学基金资助项目(编号:10271061;90208022);天南大联合研究项目;刘徽应用数学研究中心资助
所谓广义差错是指同时可能具有符号改变、插入与删除的差错,在数据库搜索中如何对具有广义差错的语句进行搜索是近期计算科学发展的重要问题,尤其是对长序列的搜索问题的研究还很少开展。论文对此问题进行讨论,并给出它的快速算法。
关键词：广义差错 长序列的数据库搜索 快速算法 
超级多重基因组序列比对算法被引量：2
《计算机工程与应用》2005年第27期13-15,共3页呼广跃 沈世镒 
国家自然科学基金(编号:10271061;90208022);天南大联合研究项目;刘徽应用数学研究中心资助
大量同源的长基因组序列的多重比对需要高效率的比对算法。论文开发出一个新的比对工具“超级多重基因组比对”(简称SMGA),该系统是建立在序列突变与比对的“模代数”理论基础上专为长基因组序列的多重比对设计的。SMGA在一台主频2.8G...
关键词：多重序列比对 “模代数”理论 后缀树 锚定 
生物序列的语义分析与第二密码规则的探索(续)
《工程数学学报》2004年第6期862-870,共9页沈世镒 余涛 开波 阮吉寿 
天津市南开大学数学科学学院与 LPMC;本文获天津大学;南开大学联合研究项目;刘徽应用数学研究中心与国家自然科学基金(批准号: 10271061;90208022)资助.
本文继续讨论蛋白质一级结构序列的语义结构,利用组合分析与图论方法讨论 Swiss - Prot 数据 库的组合结构,给出 Swiss - Prot 数据库中蛋白质一级结构序列的关键词与核心词的定义、搜索 算法与特性参数。并由此给出蛋白质一级结...
关键词：生物序列结构的语义分析 第二密码规则 蛋白质一级序列结构数据库的组合图论分析 非线性复杂与核心词词典 
蛋白质二级结构的条件隐Markov性及其预测问题被引量：4
《工程数学学报》2003年第3期117-124,共8页沈世镒 阮吉寿 
国家自然科学基金(10271061);天南大联合研究项目;刘徽应用数学研究中心.
蛋白质二级结构预测问题自1957年首次被提出迄今已有40多年了,从知道的文献中可以得出如下信息:在统计意义之下,蛋白质序列中氨基酸之间的相互作用较弱,所以,统计方法中所依赖的独立性假设虽然不是从物理背景中得来的,但的确有其合理性...
关键词：蛋白质一、二级结构的联合结构模型 三肽链 二级结构预测精度和覆盖率 隐Markov性 
关于多重序列比对距离矩阵的一点注记被引量：1
《工程数学学报》2003年第3期1-7,55,共8页沈世镒 
国家自然科学基金(10271061);天南大联合研究项目;刘徽应用数学研究中心资助.
因为多重序列比对的最优解问题是一个非易计算问题,所以在生物信息学中,对多重序列分析常常采用两两序列比对来实现。因此由两两比对所产生的距离矩阵在多重序列比对分析中起重要作用。证明了由两两序列比对所产生的距离满足距离关系的...
关键词：多重序列比对 两两序列比对的距离矩阵 距离关系的三公理条件 
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