生物信息学

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柯萨奇病毒A组6型VP1的主要特性及表位预测分析
《生物信息学》2025年第1期50-60,共11页刘益文 张晓雯 高邦婷 项钦戈 张晨阳 左成 杨欢 汪大巍 张高博 
武汉华夏理工学院校级科研基金项目(No.22011)
运用生物信息学方法预测分析襄阳地区分离的柯萨奇病毒A组6型(Coxsackievirus A6, CV-A6)病毒蛋白(Viral protein, VP)中VP1的主要特性及表位。应用ProtParam, SOPMA,Phyre 2,DNAstar v8.1.3,Mega11,ABCpred, ElliPro, NetMHCpan-4.1,Ne...
关键词：CV-A6 VP1 生物信息学 主要特性 表位 
生物信息学2024年第22卷总目次
《生物信息学》2024年第4期315-318,共4页
基于自噬相关基因表达水平的尿毒症诊断模型
《生物信息学》2024年第4期296-304,共9页马思佳 王永涛 谷劼楠 徐世杰 
中国中医科学院科技创新工程项目(No.CI2021B001)
基于生物信息方法筛选尿毒症(Uremia,UA)与自噬相关的差异表达基因(AT-DEGs),探讨自噬相关生物标志物在UA发生发展中的作用,以期为UA的诊断和治疗提供新的思路。从GEO数据库下载原始数据集并进一步整合分析。采用R软件筛选UA组与健康对...
关键词：尿毒症 生物信息学 自噬 诊断基因 GEO数据库 
癌症中lncRNA调控可变剪接的生物信息学研究进展
《生物信息学》2024年第4期239-251,共13页吴琼 汪玉兰 赵健 宋晓峰 
江苏省重点研发计划项目(No.BE2022843);国家自然科学基金项目(No.62273175,62003165,61973155)
可变剪接是指基因在不同剪接模式下生成RNA异构体的过程,是基因转录后表达调控的重要机制。可变剪接已被证实在癌症发生发展中扮演着重要角色,而异常剪接被认为是肿瘤发生的重要标志。长链非编码RNA(lncRNA)是基因可变剪接过程中的重要...
关键词：lncRNA 可变剪接 剪接因子 癌症 生信工具 
系统性红斑狼疮患者PBMCs差异表达基因m6A修饰的生物信息学分析
《生物信息学》2024年第3期183-191,共9页王晶 董辉 党洁 霍正浩 马占兵 
国家自然科学基金项目(No.82060301);宁夏医科大学校级项目(No.XM2021075);校级特殊人才启动项目(No.XT2018018)
采用生物信息学方法,通过公共数据库,分析系统性红斑狼疮(SLE)N6-甲基腺苷(m6A)修饰谱系。基于公共数据建立SLE m6A传修饰表达谱,分析m6A相关的DEGs在SLE中的潜在作用;利用ADEx数据库获取DEGs,利用m6A GEO数据集(GSE173312),分析获取SLE...
关键词：系统性红斑狼疮 N6-腺苷酸甲基化 差异表达 基因 生物标志物 
生信分析筛选心衰氧化应激相关关键基因并预测候选药物
《生物信息学》2024年第3期174-182,共9页张楠 林铮 廖海含 唐其柱 
国家自然科学基金区域创新发展联合基金项目(No.U22A20269);国家重点研发计划项目(No.2018YFC1311300)
为探究氧化应激相关基因在心力衰竭发生发展中的作用,并发现核心基因进行靶基因药物预测。从GEO数据库下载GSE120895基因表达图谱,通过GEO2R筛选差异表达基因,将差异表达基因与GeneCard数据库中筛选的氧化应激相关基因取交集,得到心力...
关键词：生物信息学 心力衰竭 氧化应激 关键差异表达基因 
浆液性卵巢癌铁死亡关键基因的筛选及生物信息学分析
《生物信息学》2024年第2期148-158,共11页余娟 林青青 秦燕 秦爽 魏星 
成都市郫都区人民医院-成都医学院联合科研基金护理专项(No.2021LHHL-12);成都医学院校级课题(No.CYZYB20-23);成都市卫健委2021年课题(No.2021139);2021年四川省医学会青年创新科研课题(No.Q21094)。
利用生物信息学方法筛选浆液性卵巢癌相关铁死亡关键基因,并预测其生物学功能。从GEO数据库中获得有关浆液性卵巢癌的数据集GSE54388和GSE12470,采用R语言中的“Limma”包分析挑选浆液性卵巢癌上皮组织与正常卵巢上皮组织中差异表达基因...
关键词：浆液性卵巢癌 铁死亡 关键基因 生物信息学 
内质网应激相关基因能预测骨肉瘤预后并与肿瘤免疫微环境相关被引量：1
《生物信息学》2023年第4期247-262,共16页张丹 周逸驰 
武汉市卫健委基金面上项目(No.WX21D83)。
以内质网应激相关基因构建骨肉瘤患者的风险模型,探索其与肿瘤免疫微环境的关系。采用生物信息学分析法,训练集的转录组数据及临床数据下载于UCSC Xena数据库,验证集的相应数据下载于GEO数据库(GSE21257,GSE39058)。采用单因素COX回归...
关键词：内质网应激 骨肉瘤 风险模型 肿瘤免疫微环境 生物信息学 
家族性双侧大结节性肾上腺增生症生物标志物的生信分析被引量：1
《生物信息学》2023年第4期286-295,共10页汤鑫 朱焱 沈毅 司晓云 何万娅 聂颖 
贵州省科技支撑计划项目(No.黔科合支撑[2020]4Y231);贵阳市科技计划项目(No.[2019]9-1-34);贵州医科大学附属医院博士科研启动基金项目(No.gyfybsky-2021-54)。
为寻找与家族性双侧大结节性肾上腺皮质增生症发展有关的潜在治疗靶点和生物标志物。从GEO数据库中下载GSE171558数据集,筛选受家族影响的肾上腺结节与正常的肾上腺组织之间的差异表达基因(Differentially expressed genes,DEGs),并进...
关键词：生物信息学 双侧大结节性肾上腺皮质增生症 差异表达基因 
生物信息学分析IFN-γ诱导银屑病的关键基因及作用机制被引量：1
《生物信息学》2023年第4期296-303,共8页杨丽 李东海 
通过生物信息学方法分析IFN-γ(Interferon-gamma,干扰素-γ)诱导银屑病皮损的关键基因及可能的作用机制。从GEO(Gene Expression Omnibus)数据库的GPL571平台下载GSE32407 mRNA基因芯片数据集进行基因转录谱分析。设定阈值为|Log2(FC)|...
关键词：IFN-Γ 银屑病 基因表达差异 作用机制 
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