密码子偏爱性

作品数：56被引量：344H指数：11
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相关机构：四川农业大学大理大学天津科技大学华中农业大学更多>>
相关期刊：《生物化学与生物物理进展》《广东农业科学》《中国兽医科学》《免疫学杂志》更多>>
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马丘波病毒的密码子偏爱性分析
《国际病毒学杂志》2025年第1期36-40,共5页张曼琳 刘贞麟 李健晴 尹锦熠 王聪 
国家自然科学基金(82360727);云南省地方高校联合专项(202101BA070001-114)。
目的对马丘波病毒(machupo virus,MACV)的四种结构蛋白的密码子的偏爱性进行分析,了解其偏爱性的主要影响因素,筛选最适合的MACV的外源性表达系统,为疫苗与抗体的制备提供参考及理论依据。方法使用Condon W软件对从NCBI数据库中筛选下载...
关键词：马丘波病毒 密码子 密码子偏爱性 自然选择 突变选择 
马尔堡病毒密码子偏爱性分析被引量：1
《中国人兽共患病学报》2024年第6期520-528,共9页李健晴 刘奇 王聪 孟余 
国家自然科学基金项目(No.81703573,No.81660337);云南省地方本科高校基础研究联合专项(No.202301BA070001-040)联合资助。
目的 分析马尔堡病毒(Marburg virus, MARV)基因组密码子使用偏爱性及其影响因素,为疫苗及特异性抗体的制备提供参考。方法 使用EMBOSS以及Codon W、SPSS 26.0等软件对GenBank数据库中93条MARV编码序列进行分析,用SigmaPlot14.0、Graphp...
关键词：马尔堡病毒 密码子偏爱性 自然选择 
猴痘病毒密码子偏爱性变迁分析被引量：1
《中国病原生物学杂志》2024年第2期125-129,共5页杨曼清 单静 李亚飞 罗春雨 刘奇 
国家自然科学基金项目(No.81703573,81660337);大理大学创新团队项目(No.ZKLX20191055)
目的了解猴痘病毒(mpox)密码子使用偏爱性特点,探讨影响其密码子使用偏爱性的主要因素。方法从NCBI数据库中下载1260条mpox全基因编码序列,选择包括6种突变明显的蛋白编码序列(包括3个毒力基因和3个膜蛋白),运用软件CodonW、EMBOSS、IBM...
关键词：猴痘病毒 密码子偏爱性 进化 
肠道病毒68型分离株VP1区序列分子进化研究
《江苏预防医学》2022年第4期375-378,共4页卢正祥 姚学君 陈国清 李峰 管书慧 张红军 
2018年度江苏省预防医学课题(Y2018052);2018年盐城市医学科技发展计划项目(YK2018022)。
目的探索肠道病毒68型(Enterovirus D68,EV-D68)分离株VP1区序列分子流行病学特征和毒株遗传进化规律。方法应用生物信息学软件,分析EV-D68分离株密码子偏爱性、选择压力位点和氨基酸置换熵值。结果EV-D68分离株VP1区序列ENC均值为46.27...
关键词：肠道病毒68型 密码子偏爱性 选择压力 
新型冠状病毒Omicron变异株密码子偏爱性及其进化分析被引量：3
《中国人兽共患病学报》2022年第7期559-565,576,共8页李亚飞 罗春雨 石哲芳 刘奇 
国家自然科学基金项目(No.81703573,No.81660337);大理大学创新团队项目(No.ZKLX2019105);云南省教育厅科研基金项目(No.2022Y816)联合资助。
目的分析新型冠状病毒(SARS-CoV-2)Omicron变异株各蛋白密码子偏爱性的变化,探索Omicron与其他关切变异株(Variant of Concern,VOC)密码子偏爱性的差异及进化关系。方法从NCBI SARS-CoV-2数据库中收集标准株Wuhan-Hu-1及5种VOC全基因组...
关键词：SARS-CoV-2 Omicron变异株 聚类分析 系统发育 密码子偏爱性 
尼帕病毒密码子偏爱性分析被引量：2
《中国病原生物学杂志》2022年第2期159-164,169,共7页何振 尚方建 王聪 刘奇 孟余 
大理大学高层次人才启动费项目(No.KY2096107440)。
目的了解尼帕病毒(Nipah Virus,NiV)主要蛋白密码子使用偏爱性及其影响因素,寻找最佳病毒蛋白表达系统。方法以人NiV的352条编码序列为材料,使用EMBOSS的子程序CAI和CUSP以及CodonW、SPSS22.0软件统计分析NiV 6个蛋白基因组密码子偏爱性...
关键词：尼帕病毒 密码子偏爱性 自然选择 
H7N9禽流感病毒全基因组密码子偏好性分析
《国际病毒学杂志》2021年第3期205-209,共5页贾婷婷 冷冬 梁玉芳 潘阳 
首都卫生科研发展专项(2018-1-1012);国家自然科学基金项目(81601851)。
目的:分析2013—2020年人感染H7N9禽流感密码子使用偏好及其影响因素。方法:通过NCBI数据库获得病毒全基因组序列,使用CodonW、EMBOSS、R、Origin 9.0、SPSS 20.0等软件分析病毒的碱基构成、密码子偏好性参数等。结果:H7N9病毒全基因组A...
关键词：禽流感 流感病毒 密码子偏爱性 聚类分析 
新现HIV-1L亚型的密码子偏爱性研究被引量：3
《中国病原生物学杂志》2021年第5期497-501,506,共6页石哲芳 周国庆 刘奇 
国家自然科学基金项目(No.81703573,81660337);大理大学创新团队项目(No.ZKLX2019105)。
目的分析新现HIV-1L亚型密码子使用偏爱性及其影响因素,并基于密码子偏爱性分析L亚型与其他亚型之间的关系。方法依据HIV-1各亚型的基因编码序列,利用EMBOSS的子程序CUSP、CodonW和SPSS22.0软件对其密码子偏爱性进行统计分析,使用SigmaP...
关键词：HIV-1 L亚型 密码子偏爱性 新现 
新型冠状病毒(SARS-CoV-2)的密码子偏爱性分析被引量：4
《中国人兽共患病学报》2021年第1期15-21,38,共8页尚方建 石哲芳 王聪 刘奇 
国家自然科学基金资助项目(No.81660337,No.81703573);大理大学创新团队(No.ZKLX2019105)联合资助。
目的分析SARS-CoV-2密码子使用的偏爱性及不同国家和地区流行株的密码子之间的聚类关系。方法使用CodonW、EMBOSS、SigmaPlot14.0、SPSS 22.0等软件分析SARS-CoV-2的密码子偏爱性及其影响因素,在此基础上对不同国家毒株的密码子偏爱性...
关键词：SARS-CoV-2 密码子偏爱性 聚类分析 
条斑紫菜叶绿体基因密码子偏爱性分析被引量：9
《基因组学与应用生物学》2020年第12期5789-5795,共7页李国灵 潘宗莲 何雨阳 高诗晨 夏巧玉 靳燕 姚慧鹏 
四川省教育厅青年基金项目(13ZB0294);四川农业大学生命科学学院学科建设项目(2015HH0047)共同资助。
条斑紫菜是一种具有重要经济价值的藻类植物,广泛应用于医学、纺织和食品等领域。本研究通过Python、OGDRAW、CodonW、CUSP、DNAstar及SPSS20等软件进行多元统计和密码子偏爱性分析,并获得了56个条斑紫菜叶绿体基因序列的GC_(1)、GC_(2)...
关键词：条斑紫菜(Porphyra yezoensis) 叶绿体基因 密码子偏爱性 最优密码子 
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