ABEEMΣΠ/MM

作品数：17被引量：49H指数：4
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磷脂分子POPE的浮动电荷分子力场
《辽宁师范大学学报（自然科学版）》2020年第4期482-488,共7页宫利东 赵力傧 田博 杨忠志 
国家自然科学基金资助项目(20703022);辽宁省自然科学基金资助项目(20180550163)。
应用量子化学(QM)计算和原子-键电负性均衡浮动电荷分子力场(ABEEMσπ/MM)方法,建立1-棕榈酰-2-油酰基-磷脂酰乙醇胺(POPE)分子的浮动电荷力场.将POPE分子的极性头部分为乙基三甲基铵(ETMA)、乙酸甲酯(MAS)和磷酸二甲酯(DMP)等小分子片...
关键词：POPE ABEEMΣΠ/MM 可极化力场 浮动电荷模型 电荷分布 
磷脂分子DPPC的浮动电荷分子力场被引量：3
《辽宁师范大学学报（自然科学版）》2018年第4期482-489,共8页宫利东 田博 李斌 孙小雅 于敏聪 杨忠志 
国家自然科学基金资助项目(20703022);辽宁省自然科学基金资助项目(20180550163);辽宁师范大学创新实践项目(CX201801012)
基于量子化学(QM)计算和原子-键电负性均衡浮动电荷分子力场(ABEEMσπ/MM),构建了1,2-二棕榈酰磷脂酰胆碱(1,2-dipalmitoyl-sn-phosphatidylcholine,DPPC)分子的可极化势能函数.首先将DPPC分子分成乙基三甲基铵(ETMA)、乙酸甲酯(MAS)...
关键词：DPPC ABEEMΣΠ/MM 可极化力场 浮动电荷模型 电荷分布 
从头算和ABEEMσπ/MM对(CH_3OH)_n(n=3～12)和[Na(CH_3OH)_n]^+(n=3～6)体系的研究被引量：1
《高等学校化学学报》2016年第8期1468-1475,共8页于泳博 刘翠 宫利东 
国家自然科学基金(批准号:21133005);辽宁省高等学校优秀人才支持计划项目(批准号:LJQ2013111);辽宁省教育厅一般项目(批准号:L2014426)资助~~
采用从头算方法(ab initio)和原子-键电负性均衡浮动电荷分子力场方法(ABEEMσπ/MM),对甲醇团簇(CH_3OH)n(n=3~12)和[Na(CH_3OH)_n]^+(n=3~6)体系的结构、电荷分布和结合能进行研究.依据从头算结果构建上述体系的ABEEMσπ/MM浮动电荷...
关键词：从头算 原子-键电负性均衡浮动电荷分子力场方法 甲醇 钠离子 分子间相互作用 
应用从头计算和ABEEMσπ极化力场方法对ML_n(M=Na^+/K^+;L=NMA,H_2O;n=1～6)的研究被引量：2
《中国科学：化学》2016年第1期114-125,共12页宫利东 任伟贺 张樱露 李伟波 杨忠志 
国家自然科学基金(21133005;20703022);辽宁省高等学校优秀人才支持计划(LJQ2013111)资助
本文使用从头计算MP2/6-311++G(2d,2p)//B3LYP/6-31+G(d,p)和ABEEM??极化力场(ABEEM??/MM)方法,对MLn(M=Na+/K+;L=N-methlylacetamide,H2O;n=1~6)体系的结构、结合能和电荷分布进行系统研究.研究结果表明,ABEEM??/MM所获得的各种物理量...
关键词：碱金属离子 水合离子 氮甲基乙酰胺 从头计算 极化分子力场 ABEEMΣΠ/MM 
ABEEMσπ/MM模型下8种类型氢键的氢键拟合函数被引量：4
《北华大学学报（自然科学版）》2013年第4期403-408,共6页杨忠志 刘夏 
国家自然科学基金项目(21133005)
在ABEEMσπ/MM浮动电荷模型下,为了防止电荷过度极化,提高力场的准确性,引入了氢键拟合函数klp,H(Rlp,H)在氢键相互作用区域代替总校正系数k来描述氢键相互作用.选取了8个模型小分子二聚体,通过拟合在氢键两个区域之间不同距离时从头...
关键词：氢键拟合函数 ABEEMσπ MM 从头算 模型小分子二聚体 结合能 
碱基与氨基酸二肽间的氢键相互作用被引量：4
《辽宁师范大学学报（自然科学版）》2013年第2期200-204,共5页杨忠志 王越 
国家自然科学基金重点项目(21133005)
对于碱基-蛋白质之间的相互作用,氢键的形成及断裂起着重要的作用.选取7种氨基酸二肽和3种碱基,以它们之间形成单根氢键的体系为研究对象,在ab initioB3LYP/6-311++G(d,p)水平下进行结构优化,MP2/6-311++G(d,p)水平下进行能量的计算.同...
关键词：氢键 碱基 氨基酸二肽 氢键拟合函数 ab INITIO ABEEMΣΠ/MM 
ABEEMσπ/MM模型对蛋白质G_A88/G_B88水溶液动力学性质的研究被引量：4
《辽宁师范大学学报（自然科学版）》2012年第4期493-498,共6页杨忠志 王晶晶 刘翠 
国家自然科学基金项目(21133005;20633050)
应用ABEEMσπ/MM(σπ水平的原子与键电负性均衡方法融合进分子力学)浮动电荷模型以及显性ABEEM-7P水模型,对GA88和GB88两个蛋白质分子进行了分子动力学模拟.分析了2个蛋白质的动力学性质,包括蛋白质的回旋半径、疏水表面积和亲水表面...
关键词：分子动力学模拟 浮动电荷力场 ABEEMσπ MM GA88 GB88 回旋半径 氢键分布 
乙酰胆碱酯酶与抑制剂分子对接的ABEEMσπ/MM研究被引量：3
《分子科学学报》2012年第2期115-122,共8页王永杰 赵东霞 杨忠志 
国家自然科学基金资助项目(20633050;20873055;21073080);辽宁省创新团队资助项目(2009T057)
应用ABEEMσπ/MM方法,对乙酰胆碱酯酶抑制剂Tacrine(塔克宁)与组胺转甲基酶进行了分子对接.然后对乙酰胆碱酯酶与4种乙酰胆碱酯酶抑制剂的分子对接进行了研究.在研究中将受体分子固定,配体分子可自由移动,采用半柔性对接方式.通过对4...
关键词：阿兹海默病 塔克宁 乙酰胆碱酯酶 分子动力学模拟 氢键 
碱基与氮甲基乙酰胺相互作用的从头算和ABEEM_(σπ)研究被引量：8
《高等学校化学学报》2011年第12期2877-2884,共8页霍红洁 赵东霞 杨忠志 
国家自然科学基金(批准号:20873055;21073080和21133005);辽宁省创新团队项目基金(批准号:2009T057)资助
选取氮甲基乙酰胺(N-Methylacetamide,NMA)和DNA碱基为研究对象,应用ABEEMσπ/MM方法研究了NMA与碱基之间形成的二聚体的几何构型、电荷分布及结合能等性质,并进行了相应的从头算(abinitio)MP2水平研究,在B3LYP/6-311++G(d,p)水平下对...
关键词：氮甲基乙酰胺(NMA) 碱基 从头算(ab initio)MP2 ABEEMΣΠ/MM 几何结构 结合能 
应用ABEEMσπ/MM方法计算小分子肽的总能量被引量：7
《辽宁师范大学学报（自然科学版）》2011年第3期325-329,共5页杨忠志 赵洪伟 
国家自然科学基金项目(20873055;21073080);辽宁省教育厅创新团队项目(2009T057)
把分子力场（MM）和原子-键电负性均衡方法（ABEEMσπ）协调融合在一起,采用ABEEMσπ/MM方法的分子能量计算方法,选取直链烷烃（n=1~10）、丙酮、丁酮、3-戊酮、N-甲基乙酰胺（NMA）、丙氨酸二肽和若干种氨基酸作为模型分子,计算模型...
关键词：ABEEMΣΠ/MM 从头算 小分子肽 分子能量 原子价态能量参数 
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