郭志云

作品数：23被引量：43H指数：4
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供职机构：西南交通大学生命科学与工程学院更多>>
发文主题：MICRORNAMIRNA转录因子增强子P53更多>>
发文领域：医药卫生生物学农业科学文化科学更多>>
发文期刊：《生物化学与生物物理进展》《生物技术通讯》《生物技术通报》《西南民族大学学报（自然科学版）》更多>>
所获基金：中央高校基本科研业务费专项资金国家大学生创新性实验计划项目国家自然科学基金四川省自然科学基金更多>>
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基于单细胞ATAC测序数据的乳腺癌上皮细胞转录因子研究被引量：1
《生命科学研究》2024年第2期171-178,共8页张雅娜 牟苑菁 李苇祥 赵俊焱 郭志云 
四川省科技厅自然科学基金项目(2022NSFSC0779);传染病防治科技重大专项(2018ZX10101-003-001-008);西南交通大学大学生创新创业训练计划(2023133);第十七期个性化实验项目(GX202316027)。
研究表明,乳腺肿瘤细胞染色质开放区域上的转录因子显著影响乳腺癌患者的临床表型和预后。然而,在单细胞层面,这些调控元件如何调控乳腺癌发生发展尚不明确。为此,本研究从GEO数据库中下载了45216个正常和肿瘤乳腺组织的单细胞染色质可...
关键词：乳腺癌 单细胞 单细胞染色质可及性测序(scATAC-seq) 转录因子 
肝癌HepG2细胞中TEAD1-增强子调控微RNA的识别与分析被引量：1
《生命科学研究》2023年第6期471-478,共8页唐瑜泽 张茵 钟腾纬 郭志云 
四川省科技厅自然科学基金项目(2022NSFSC0779);中央高校基本科研业务费基础研究培育项目(2682023ZTPY071);传染病防治科技重大专项(2018ZX10101-003-001-008)。
转录因子、增强子和微RNA(microRNA,miRNA)组成的调控网络对癌症的转录调控和进展至关重要。TEA结构域转录因子1(TEA domain transcription factor 1,TEAD1)是TEA/ATTS结构域家族的成员,目前尚不清楚TEAD1作为一种癌症相关转录因子,是...
关键词：TEA结构域转录因子1(TEAD1) 肝细胞癌 增强子 微RNA(miRNA) 
支原体整合性接合元件基因组分析
《军事医学》2023年第7期500-507,514,共9页王文著 岳锐 郭志云 
四川省科技厅自然科学基金(2022NSFSC0779);中央高校基本科研业务费基础研究培育项目(2682021ZTPY016);“传染病防治”国家科技重大专项(2018ZX10101-003-001-008)。
目的 探讨支原体整合性接合元件(MICE)的传播特征及其为宿主支原体带来的影响,从基因组水平全面分析其结构、功能、进化、传播和泛基因组学、系统发生关系以及遗传差异的分子基础。方法 收集MICE序列共21条,利用OrthoFinder程序构建其...
关键词：支原体整合性接合元件 水平基因转移 可移动遗传元件 泛基因组 直系同源蛋白家族 
基于miRNA-mRNA网络筛查并验证胃癌诊断和预后评估相关的标志物及其潜在分子机制被引量：2
《中国肿瘤生物治疗杂志》2022年第12期1094-1100,共7页李昶蓥 郭志云 
四川省科技厅自然科学基金资助项目(No.2022NSFSC0779);中央高校基本科研业务费基础培育项目(No.2682021ZTPY016)。
目的:通过生物信息学方法探索并实验验证胃癌相关标志物miR-1-3p对胃癌细胞增殖的作用及其分子机制。方法:收集TCGA数据库中胃癌(n=375)及癌旁组织(n=45)的转录组数据,构建胃癌特异性mRNA-miRNA网络,筛选潜在的miRNA类标志物,利用Target...
关键词：胃癌 miR-1-3p 心肌蛋白 诊断 预后 生物标志物 
DNAVec:基因组DNA序列的预训练词向量表示
《生物医学》2021年第3期121-128,共8页郎梅 郭志云 
破译DNA序列所代表的信息是基因组研究的基本问题之一。基因调控编码由于存在多义性关系而变得非常复杂,而以往的生物信息学方法往往无法捕捉到DNA序列的隐含信息,尤其是在数据匮乏的情况下。因而从序列信息中预测DNA序列的结构和功能...
关键词：BERT DNA序列 预训练 自然语言处理 
乳腺癌增强子-miRNA调控网络识别与分析
《生命科学研究》2021年第1期64-69,共6页钱明明 谭政堂 王文著 李昶蓥 邱正良 郭志云 
传染病防治科技重大专项(2018ZX10101-003-001-008)。
乳腺癌发病率位列女性恶性肿瘤之首。先前研究表明增强子可通过调控miRNA影响肿瘤的发生发展。然而,增强子与miRNA在乳腺癌中形成何种调控网络目前尚不清楚。为了探究乳腺癌中增强子与miRNA形成的调控网络,通过分析112个乳腺浸润癌样本...
关键词：癌症基因组图谱(TCGA) 乳腺癌 增强子 微RNA(miRNA) 
乳腺癌中p53调控增强子的特征与功能分析被引量：5
《生命科学研究》2020年第6期476-483,共8页张茵 王文著 谭政堂 李昶蓥 岳俊杰 郭志云 
传染病防治科技重大专项(2018ZX10101-003-001-008)。
先前研究表明p53可参与增强子调控并影响染色体可及性。然而,在乳腺癌中结合p53的增强子特征以及p53与增强子形成的调控网络尚不清楚。为此,通过整合多组学数据,共识别MCF-7细胞中459个p53调控的增强子(Enhp53)。通过比较发现,Enhp53的...
关键词：P53 增强子 乳腺癌 转录因子 
前列腺癌中致病基因与核心转录因子的识别与功能分析
《中国肿瘤生物治疗杂志》2020年第10期1138-1143,共6页黄晴晴 谭政堂 李昶蓥 邱正良 郭志云 
传染病防治科技重大专项资助(No.2018ZX10101-003-001-008)。
目的:通过分析识别前列腺癌功能基因模块并挖掘影响这些模块的核心转录因子与关键基因,探讨前列腺癌的发病机制。方法:通过加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expressed network analysis,WGCNA)识别与前列腺癌病理分期、Gleaso...
关键词：加权基因共表达网络分析 前列腺癌 转录因子 信号通路 
肝癌增强子-miRNA调控作用对的识别与特征分析
《中国肿瘤生物治疗杂志》2020年第7期781-786,共6页唐飞 王文著 郎梅 郭志云 
传染病防治科技重大专项资助项目(No.2018ZX10101-003-001-008)。
目的:探讨肝癌和正常肝组织中增强子与miRNA形成的调控关系及调控miRNA的增强子的特征,筛选出由增强子调控的差异表达miRNA并探讨其与肝癌治疗靶点的相关性。方法:基于TCGA与FANTOM5数据库,对肝癌和正常肝组织中共417个样本的增强子与mi...
关键词：增强子 微小RNA 转录因子 肝癌 
肺腺癌增强子调控miRNA前馈环路的识别与功能分析
《生物技术通讯》2019年第6期740-745,共6页李志学 梁子涵 贾承霖 漆宇骋 岳俊杰 郭志云 
传染病防治科技重大专项（2018ZX10101-003-001-008）
目的:先前研究表明前馈环路作为重要的调控模式广泛参与肿瘤调控。通过整合多组学数据,阐明肺腺癌转录因子(TF)-增强子-miRNA这一新的前馈环路模式,以期为肺癌的潜在肿瘤标志物识别与相关研究提供理论与方法依据。方法:基于增强子数据库...
关键词：肺腺癌 增强子 转录因子 MICRORNA 前馈环路 
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