高通量蛋白质组学研究中一种基于GO的蛋白质功能分析策略(英文)  

An Integrated Strategy for Functional Analysis in Large-scale Proteomic Research by Gene Ontology

作　　者：李栋[1] 荔建琦[1] 欧阳曙光[1] 吴松锋[1] 王建[1] 徐筱杰[2] 朱云平[1] 贺福初[1] 

机构地区：[1]北京放射医学研究所,北京100850 [2]北京大学化学与分子工程学院,北京100871

出　　处：《生物化学与生物物理进展》2005年第11期1026-1029,共4页Progress In Biochemistry and Biophysics

基　　金：国家重点基础研究发展计划(973)(2001CB510209);国家高技术研究发展计划(863)(2002-BA711A11,2004BA711A21);北京市重大科技专项(H030230280590);国家自然科学基金资助项目(321003).~~

摘　　要：挖掘高通量实验数据蕴含的生物学意义是蛋白质组学研究面临的一大挑战.基于等级化结构化的词汇表GO(GeneOntology)和相关数据库中的蛋白质功能注释,发展了一种对蛋白质组学研究中得到的表达谱(Expressionprofile)进行功能分析的策略.在对蛋白质表达谱进行功能注释的基础上给出蛋白质表达谱中蛋白质功能的分布,同时给出感兴趣功能类别的统计信息.这有助于对表达谱蛋白质功能的整体理解和深入的生物信息学分析.该策略已经成功应用胎肝蛋白表达谱研究中,用户可以通过访问网址http://www.hupo.org.cn/GOfact/使用或者下载我们的程序.Data analysis poses a significant challenge to the large-scale proteomics studies. Based on the structured and controlled vocabularies-Gene Ontology （GO）, and the GO annotation from related databases, a strategy composed of several programs and local databases is developed to identify the functional distribution and the significantly enriched functional categories of the proteomic expression profile. It would be helpful for understanding the overall functions of these identified proteins and supply the fundamental information for further bioinformatics exploration. This strategy has been successfully used in the Human Fetal Liver （HFL） proteomic research, which is available online at http：//www.hupo. org.cn/GOfact/.

关 键 词：生物信息学 蛋白质组学 表达谱 GO 蛋白质功能 

分 类 号：Q61[生物学—生物物理学]