李栋

作品数:12被引量:57H指数:5
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发文主题:生物信息学泛素化修饰蛋白质相互作用网络蛋白质组学表达谱更多>>
发文领域:生物学医药卫生更多>>
发文期刊:《生物技术通报》《中国科学:生命科学》《遗传》《生物化学与生物物理进展》更多>>
所获基金:国家重点基础研究发展计划国家自然科学基金国家高技术研究发展计划全球变化研究国家重大科学研究计划更多>>
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泛素连接酶-底物选择关系的研究进展被引量:6
《生物技术通报》2015年第1期11-20,共10页李杨 李栋 
国家重大科学研究计划项目(2012CB910300;2011CB910202);国家高技术研究发展计划项目("863"计划)(2012AA020201);国家自然科学基金项目(31271407);国际科技合作与交流专项(2014DFB30020)
泛素是一种包含76个氨基酸的小分子蛋白。泛素共价结合到底物的过程称为泛素化修饰。泛素化修饰过程是一个由级联的泛素激活酶、泛素结合酶和泛素连接酶所介导的复杂过程,泛素化修饰具有高效、ATP依赖、高度特异的特点。泛素化修饰与细...
关键词:泛素化修饰 泛素连接酶 底物 生物信息学 
蛋白质泛素化修饰的生物信息学研究进展被引量:16
《遗传》2013年第1期17-26,共10页卢亮 李栋 贺福初 
国家重大科学研究计划项目(编号:2012CB910300;2011CB910202);国家高技术研究发展计划项目("863"计划)(编号:2012AA020201);蛋白质组学国家重点实验室开放课题基金项目(编号:SKLP-O201106)资助
泛素-蛋白酶体系统(Ubiquitin-proteasome system,UPS)介导了真核生物80%~85%的蛋白质降解,该蛋白质降解途径具有依赖ATP、高效、高度选择性的特点。除参与蛋白质降解之外,泛素化修饰还可以直接影响蛋白质的活性和定位。由于泛素化修...
关键词:泛素-蛋白酶体系统(UPS) 泛素化修饰 生物信息学 
军事医学科学院蛋白质组学研究进展被引量:4
《中国科学:生命科学》2011年第10期775-784,共10页钱小红 姜颖 王建 朱云平 李栋 魏开华 王恒梁 
国家科技攻关项目(批准号:2002BA711A11);国家重点基础研究发展计划(批准号:2001CB510200;2004CB520800;2005CB522904;2006CB910800和2011CB504900);国家高技术研究发展计划(批准号:2006AA02A308;2006AA02A310和2006AA02A312);国家科技合作计划(批准号:2004BA711A18和2008GR0763);国家自然科学基金(批准号:30321003;30621063和20735005);北京市科技计划重大项目(批准号:H030230280190)资助
蛋白质组学是后基因组时代生命科学研究的热点和前沿领域.军事医学科学院是国内最早开展蛋白质组研究的单位之一,其蛋白质组学研究的发展不仅对中国蛋白质组研究起到重要的引领作用,也对国际蛋白质组学的发展做出了重要贡献.本文将重点...
关键词:蛋白质组学 人类肝脏 表达谱 肝病 蛋白质相互作用 血清多肽 病原微生物 
肿瘤相关生物学通路的发现和建模被引量:3
《遗传》2011年第8期809-819,共11页郭昊 朱云平 李栋 贺福初 
国家重点基础研究发展计划(973)(编号:2011CB910202);国家自然科学基金项目(编号:30800200)资助
肿瘤是一种严重影响人类健康和生命的复杂疾病。某些生物学通路在肿瘤的发生、发展和转移的过程中发挥了关键作用,如何发现和研究肿瘤相关通路是人们面临的一大挑战。随着以基因芯片数据为代表的海量实验数据的产出,很多研究小组提出了...
关键词:肿瘤 基因芯片 基因富集分析 生物通路建模 
蛋白质相互作用信息的文本挖掘研究进展被引量:2
《中国科学:生命科学》2010年第9期805-819,共15页李满生 刘齐军 李栋 刘培磊 朱云平 
国家重点基础研究发展计划(批准号:2006CB910803;2006CB910706和2010CB912700);国家高技术研究发展计划(批准号:2006AA02A312);国家重大科学研究计划(批准号:2008ZX10002-016和2009ZX09301-002);国家自然科学基金(批准号:30800200);蛋白质组学国家重点实验室课题(批准号:SKLP-Y200811和SKLP-O200811)资助项目
蛋白质相互作用是生命活动中一种极其重要的生物分子关系,对此领域的研究不仅具有理论意义,还具有较强的应用价值.近年来,随着研究的深入,各种蛋白质相互作用的生物医学文献激增,挖掘其中的蛋白质相互作用关系成为人们面临的一大挑战.当...
关键词:蛋白质相互作用 文本挖掘 命名实体识别 关系提取 注释信息提取 
一种基于基因表达模型识别酵母细胞周期条件特异调控子网的方法(英文)被引量:1
《生物化学与生物物理进展》2010年第4期402-415,共14页刘齐军 王正华 刘万霖 李栋 贺福初 朱云平 
supported by grants from The State Key Laboratory of Proteomics(SKLP-O200811);The National Natural Science Foundation of China (60603054, 30800200, 30621063);National Basic Research Program of China (2006CB910803, 2006CB910706, 2010CB912700);Hi-Tech Research and Development Program of China (2006AA02A312);National S&T Major Project (2008ZX10002-016, 2009ZX09301-002)~~
由高通量微阵列技术产生的数据集可以用于解释生物系统基因调控的未知机制.生物过程是动态的,所以很有必要关注某些条件下特异的基因调控子网络.细胞周期是一个基本的细胞过程,识别酵母的细胞周期特异调控子网是理解细胞周期过程的基础...
关键词:基因调控网络 细胞周期 基因表达模型 条件特异子网 微分方程模型 
PNmerger:一个整合生物学通路和蛋白质相互作用网络的Cytoscape插件(英文)被引量:5
《生物化学与生物物理进展》2009年第12期1613-1616,共4页孙汉昌 李栋 王建 刘中扬 朱云平 谢红卫 贺福初 
supported by grants from National Basic Research Program of China(2006CB910803, 2006CB910706),Hi-Tech Research;Development Program of China (2006AA02A312);National S&T Major Project (2008ZX10002-016,2009ZX09301-002);The National Natural Science Foundation of China (30621063,30800200);State Key Laboratory of Proteomics(SKLP-Y200811)~~
Cytoscape是一个广泛应用于分子相互作用网络可视化的软件.发展了一个基于java的Cytoscape插件PNmerger.对于一个蛋白质相互作用网络,PNmerger能够使用KEGG数据库中的通路信息自动注释网络中的蛋白质.并通过网络和通路的比较发现网络中...
关键词:系统生物学 生物学通路 蛋白质-蛋白质相互作用 交联元件 通路扩展 cytoscape插件 
蛋白质相互作用网络进化分析研究进展被引量:11
《生物化学与生物物理进展》2009年第1期13-24,共12页刘中扬 李栋 朱云平 贺福初 
国家重点基础研究发展计划(973)(2006CB910803,2006CB910700);国家高技术研究发展计划(863)(2006AA02A312);国家自然科学基金(30621063)资助项目.~~
近年来,随着高通量实验技术的发展和广泛应用,越来越多可利用的蛋白质相互作用网络数据开始出现.这些数据为进化研究提供了新的视角.从蛋白质、蛋白质相互作用、模体、模块直到整个网络五个层次,综述了近年来蛋白质相互作用网络进化研...
关键词:蛋白质相互作用网络 进化 生物信息学 
信号转导网络的生物信息学分析被引量:1
《中国科学(C辑)》2008年第11期999-1006,共8页刘伟 李栋 朱云平 贺福初 
国家重点基础研究发展计划(批准号:2006CB910803,2006CB910706和2006AA02Z334);国家高技术研究发展计划(批准号:2006AA02A312);国家自然科学基金创新群体基金(批准号:30621063)资助项目
研究信号转导是了解生命活动过程的重要途径.随着实验方法的改进和实验数据的积累,很多信号转导通路的作用机制已经被揭示,对于已有信号转导数据的分析和利用已成为热点问题.本文综述了最近几年生物信息学在信号转导网络分析方面取得的...
关键词:信号转导 结构模块 通路自动生成 动态仿真 
基于微阵列数据构建基因调控网络被引量:4
《遗传》2007年第12期1434-1442,共9页刘万霖 李栋 朱云平 贺福初 
国家重点基础研究发展规划(973计划)项目(编号:2006CB910802;2006CB910706);国家高技术研究发展计划项目(863计划)资助(编号:2006AA02A312)~~
随着微阵列数据的快速增长,微阵列基因表达数据日益成为生物信息学研究的重要数据源。利用微阵列基因表达数据构建基因调控网络也成为一个研究热点。通过构建基因调控网络,可以解读复杂的调控关系,发现细胞内的调控模式,并进而在系统尺...
关键词:微阵列时间序列 基因调控网络 贝叶斯网络 布尔网络 
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