基于支持向量机的蛋白质编码区辨识  

Prediction of Protein Coding Regions Based on Support Vector Machine

作　　者：郭烁[1,2] 朱义胜[1] 王庆辉[2] 

机构地区：[1]大连海事大学信息工程学院,大连116026 [2]沈阳化工大学信息工程学院,沈阳110142

出　　处：《数据采集与处理》2010年第5期637-642,共6页Journal of Data Acquisition and Processing

基　　金：国家自然科学基金(60671061)资助项目;校中青年科研启动基金(2;00424)资助项目;辽宁省教育厅科研计划(L2010438)资助项目;沈阳市科技项目应用基础研究计划(1081236-1-00)资助项目

摘　　要：提出一种新的真核蛋白质编码区位置预测算法。首先,用支持向量机辨识编码区密码子第一位碱基;然后用短时傅里叶变换分析支持向量机输出值序列的时频特性,进而精确定位编码区。仿真结果表明,该算法具有较高的编码区辨识精度。A novel method for predicting the position of coding regions is proposed.Firstly,a support vector machine is used to recognize the first nucleotide of the codon in coding regions.Then,according to the difference of the time frequency characteristics of output values of the support vector machine analyzed by short time Fourier transform,the position of coding regions can be determined.Simulation results show that the method has high identification accuracy for protein coding region prediction.

关 键 词：蛋白质编码区 密码子 支持向量机 短时傅里叶变换 

分 类 号：TP391.4[自动化与计算机技术—计算机应用技术]