牛乳蛋白的遗传密码子使用频率分析  

Analysis on codon usage frequency in bovine milk protein

作　　者：刘晶[1] 于浩[1] 杨润军[1] 鲍永华[2] 李俊雅[3] 戴蕴平[2] 赵志辉[1] 

机构地区：[1]吉林大学畜牧兽医学院,吉林长春130062 [2]中国农业大学生物学院,北京100094 [3]中国农业科学院北京畜牧兽医研究所,北京100094

出　　处：《中国兽医学报》2011年第2期267-271,共5页Chinese Journal of Veterinary Science

基　　金：转基因生物新品种培育重大专项资助(2008ZX08007-001;2009ZX08009-156B;2009ZX08007-005B)

摘　　要：研究牛乳蛋白不同氨基酸的密码子使用频率对利用乳腺生物反应器表达目标蛋白过程中密码子的优化具有重要意义。本试验运用ENBOSS的CHIPS和SMS中的密码子使用工具对7种牛乳蛋白编码的基因进行了分析,并将这7个编码序列拼接在一起进行了乳蛋白全基因组的密码子偏爱性研究,同时与绵羊、猪及小鼠的乳蛋白密码子偏爱性进行了比较。结果表明:牛乳蛋白的CHIPS分析Nc值为51.867,αs1-CN、αs2-CN、-βCN、-κCN、α-LB、-βLG、LTF的Nc值分别为52.005、49.967、48.746、58.113、55.514、36.274、47.646,编码牛乳蛋白氨基酸的密码子出现频率较均一;牛乳蛋白V、A、R、I、T、L、Q、P等氨基酸的密码子使用频率与其他物种有较大差异。牛乳蛋白的密码子偏爱性与绵羊最为接近。In order to analyze bovine milk protein codon preference,7 coding sequences and the whole genome of bovine milk proteins were analyzed by CHIPS of EMBOSS and codon usage of SMS.The results were compared with codon usage of sheep,pig,and mouse milk protein.The results showed that the Nc value of all milk proteins in bovine and αs1-CN,αs2-CN,β-CN,κ-CN,α-LB,β-LG,LTF are 52.005,49.967,48.746,58.113,55.514,36.274,47.646,respectively.Alternative codons for V,A,R,I,T,L,Q,P amino acids in bovine milk protein are distinctly different comparing with those of other species.It could be concluded that Nc value demonstrated that the codon usage frequency of bovine milk protein was comparatively uniform.Codon preference of bovine milk protein was the most close to that of sheep.

关 键 词：牛乳蛋白 密码子使用频率 蛋白编码序列的密码子异质性 密码子偏爱性 

分 类 号：S823.2[农业科学—畜牧学]