RNA二级结构图亏格的动态生成计算法  

Dynamic generation method for calculating genus of RNA secondary structure graph

作　　者：高世乐[1] 王启钊[2] 

机构地区：[1]华侨大学信息管理与信息系统系,福建泉州362021 [2]华侨大学分子药物学研究所,福建泉州362021

出　　处：《计算机工程与应用》2012年第11期26-31,共6页Computer Engineering and Applications

基　　金：国家自然科学基金(No.30900822);华侨大学交叉学科基金(No.JB-JC1004);华侨大学科研基金资助项目(No.08BS508);华侨大学侨办科研课题(No.10QZR20)

摘　　要：基于Rivas和Eddy(R&E)RNA二级结构类的图语法,提出了一种计算RNA二级结构图亏格的动态生成算法。与已有的基于判定的亏格计算方法相比,该算法的优点主要有两点:一是提高了计算亏格的效率,二是可以实现枚举小亏格RNA二级结构图。A dynamic generation method is presented based on arc graph grammars of Rivas and Eddy（RE）RNA secondary class to calculate the genus of RNA secondary structure graph.Comparing with the determinant method for calculating genus,the presented method mainly has two advantages：the first one is the improvement of the efficiency of genus calculation,the second one is the generation of the mini-genus graphs of RNA secondary structures.

关 键 词：假结 RNA二级结构 拓扑分类 亏格 

分 类 号：TP301.2[自动化与计算机技术—计算机系统结构] Q711[自动化与计算机技术—计算机科学与技术]