基于分子对接的洋葱假单胞菌脂肪酶催化制备R-N-(2-甲基-6-乙基苯基)丙氨酸的分子机制  

Molecular basis for preparation of R-N-(2-ethyl-6-methylphenyl)alanine catalyzed by Burkholderia cepacia lipase using molecular docking method

作　　者：林明[1,2] 江凌[1,2] 胡燚[2] 张洋[2] 刘维明[2] 

机构地区：[1]南京工业大学食品与轻工学院,南京211800 [2]南京工业大学生物与制药工程学院,南京211800

出　　处：《生物加工过程》2013年第4期49-54,共6页Chinese Journal of Bioprocess Engineering

基　　金：国家重点基础研究发展计划(973计划)(2012CB725204);国家自然科学基金青年基金(21106064);国家自然科学基金重点项目(20936002)

摘　　要：采用分子对接方法,研究了洋葱假单胞菌脂肪酶(BCL)不对称酯水解制备光学纯的N-(2-甲基-6-乙基苯基)丙氨酸(NEMPA)的分子机制。通过将立体电子效应的构象约束条件引入计算机分子对接中,在Autodock 4.2软件中筛选到不同烷基链长的(R,S)-NEMPA与BCL活性口袋合适的反应型构象,对实验数据进行了合理解释;基于能量最优、空间互补原则,预测了Val266和Leu287为调控BCL对映体选择性的关键氨基酸位点,为定点突变提高BCL的对映体选择性提供了理论指导。The enantioselective behavior of the Burkholderia cepacia lipase （BCL） towards N-（2-ethyl-6- methylphenyl） alanine （NEMPA） from the corresponding racemic esters in ester hydrolysis was firstly investigated through molecular docking. Herein, a novel molecular docking （MD） procedure was presented by exploiting stereo-sensing mechanism to involve the stereoelectronic theory, which was applied to find probable binding modes of the （R,S）-NEMPA esters with different alkyl chain lengths inside the catalytic cavity, thus rationalizing the experimental data at an atomic level. Based on the principles of energy optimization and space complementarity, we hypothesize that mutations designed to affect the mobility of either Va1266 or Leu287 would be possible strategy to regulate the stereoselectivity of the BCL.

关 键 词：洋葱假单胞菌 对映体选择性 N-(2-甲基-6-乙基苯基)丙氨酸 脂肪酶 分子对接 

分 类 号：Q71[生物学—分子生物学]