基于GPU的BWA序列比对算法分析与加速  

Analysis and accelerating of BWA sequeuce comparison algorithm based on GPU

作　　者：海玲[1] 刘俊霞[1] 海志民 刘岩[1] 杨嘉鹏[1] 刘智勇[1] 

机构地区：[1]新疆工程学院电气与信息工程系,乌鲁木齐830052 [2]大唐环境产业集团股份有限公司,新疆呼图壁831200

出　　处：《信息技术》2018年第3期67-72,78,共7页Information Technology

基　　金：新疆维吾尔国际科技合作计划项目(20156007);新疆工程学院博士基金项目(2015BQJ021812);新疆维吾尔自治区高校科研计划自然科学基金项目(XJEDU2014S074;XJEDU2016S106)

摘　　要：文中实现了GPU平台加速的BWA-MEM算法,将BWA-MEM算法中的两个热点模块:SMEM查找和chain生成模块利用GPU平台进行加速,通过重构算法流程、精简需要向CUDA设备传输的数据结构,采用合理的任务划分方式来提升BWA-MEM在GPU平台的性能。论文对BWA-MEM算法的特点进行了深入分析,总结了BWA-MEM算法在GPU平台加速效果受到限制的原因。This paper implements the BWA-MEM algorithm on CUDA platform. SMEM finding and chain generating, two of the hotspots,are accelerated with GPU devices. I t improves the performance of GPU-based BWA-MEM by reconstructing the algorithm, reducing the data that has to be transferred between host and device and developing a reasonable task partition method. I t analyzed the characteristics of the BWA-MEM algorithm, and summed up the reason why BWA-MEM algorithm is limited in GPU platform.

关 键 词：全球气候模式 谱方法 图形处理器 并行计算 

分 类 号：TP391[自动化与计算机技术—计算机应用技术]