国家自然科学基金(11274206)

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相关期刊：《山东建筑大学学报》《原子与分子物理学报》《Science China Chemistry》《山东科学》更多>>
相关主题：分子动力学模拟HIV-I抑制剂分子动力学研究GB更多>>
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分子动力学模拟别构抑制剂Efavirenz对HIV-1逆转录酶的作用被引量：2
《物理化学学报》2016年第2期436-444,共9页孟现美 张少龙 张庆刚 
国家自然科学基金(11274206)资助项目~~
为了理解非核苷类逆转录酶抑制剂(NNRTIs)与HIV-1逆转录酶(RT)的相互作用机制,利用新力场ff12SB对未结合和结合Efavirenz(EFV)逆转录酶的三种RT大分子体系分别进行了100 ns的长时间动力学模拟。通过分析EFV对RT结构的影响、不同残基柔...
关键词：HIV-I逆转录酶 逆转录酶抑制剂 别构抑制剂 分子动力学模拟 构象 
分子动力学研究抑制剂APV与HIV-1蛋白酶的作用机制被引量：1
《原子与分子物理学报》2015年第5期885-890,共6页时术华 张少龙 张庆刚 
国家自然科学基金(11274206);山东省自然科学基金(ZR2011HM048;ZR2013AM014);山东建筑大学博士启动基金(XNBS1268)
采用分子动力学模拟和结合自由能计算研究了抑制剂APV与HIV-1蛋白酶的作用机制.研究结果表明范德瓦尔斯作用主控了APV与HIV-1蛋白酶的结合.采用基于残基的自由能分解方法计算了抑制剂-残基相互作用,结果表明9个残基Gly27、Ile32、Val47...
关键词：分子动力学 结合自由能 HIV-1蛋白酶 MM-PBSA 
蛋白质微秒级折叠过程的快速模拟
《山东科学》2015年第3期96-103,共8页林云 张少龙 张庆刚 张怿慈 
国家自然科学基金(11274206);山东省自然科学基金(ZR2011HM048)
使用ff12SB力场和广义玻恩(GB-Neck2)隐性水模型在GTX670 GPU上对4个蛋白质CLN025(2ZEI)、MHA6(2I9M)、Trp-Cage(1L2Y)、Villin(3TRW)的微秒级折叠过程进行了分子动力学模拟,2ZEI的折叠时间和均方根偏差为5.94μs和0.897,2I9M的折叠...
关键词：蛋白质折叠 分子动力学 GPU计算 GB-Neck2 ff12SB力场 
Energetics of protein backbone hydrogen bonds and their local electrostatic environment
《Science China Chemistry》2014年第12期1708-1715,共8页DUAN Li L GAO Ya JI Chang G MEI Ye ZHANG Qing G TANG Bo ZHANG John Z.H 
supported by the National Natural Science Foundation of China(11147026,31200545,21003048,21173082,11274206,21390411,21433004);the National Basic Research Program of China(2013CB933800);the Supercomputer Center of East China Normal University for CPU time support
MD simulation study of several peptides including a polyalanine,a helix(pdb:2I9M),and a leucine zipper were carried out to investigate hydrogen bond energetics using dynamic polarized protein-specific charge(DPPC)to a...
关键词：dynamic polarized protein-specific charge hydrogen bond polarization HYDROPHOBIC HYDROPHILIC lucine zipper MD simulation 
分子动力学研究2-乙酸苯并噻吩在HIV-1蛋白酶与抑制剂结合中的作用被引量：2
《化学学报》2013年第8期1167-1174,共8页孟现美 王加磊 张少龙 张庆刚 
山东省自然科学基金(No.ZR2011HM048);国家自然科学基金(No.11274206)资助~~
为了研究别构小分子2-乙酸苯并噻吩(2FX)在HIV-1蛋白酶与抑制剂结合中的作用,利用分子动力学方法分别对未结合和结合2FX的HIV-1蛋白酶抑制剂体系进行了100 ns的模拟,模拟计算中对每种体系均采用两种新的分子力场ff99SBildn和ff12SB.研究...
关键词：HIV-I蛋白酶 抑制剂 分子动力学模拟 MM-PB GBSA方法 别构抑制剂 
HIV-1蛋白酶异位抑制剂体系的长时间分子动力学模拟被引量：1
《山东科学》2013年第2期1-6,共6页王加磊 孟现美 张庆刚 张怿慈 张少龙 
国家自然科学基金(11274206);山东省自然科学基金(ZR2011HM048);高等学校博士学科点专项科研基金(20093704110001)
采用新开发的ff12SB力场在NVIDIA CUDA GPU上对HIV-1蛋白酶的活性位抑制剂体系和异位抑制剂体系分别进行了100 ns的长时间分子动力学模拟,并用MM-PB/GBSA方法计算了活性位点抑制剂TL-3与HIV-1蛋白酶的结合自由能。异位抑制剂体系中分子...
关键词：HIV-I蛋白酶 异位抑制剂 MM-PB/GBSA CUDA AMBER ff12SB力场 
The collision energy effect on the stereodynamics of the Ca + HCl→CaCl + H reaction
《Chinese Physics B》2013年第4期222-226,共5页王立志 杨传路 梁景娟 段莉莉 张庆刚 
Project supported by the National Natural Science Foundation of China (Grant Nos. 11174117, 10974078, 11274205, 11274206, 11147026, and 31200545)
The stereodynamics of the reaction of Ca ＋ HCl are calculated at three different collision energies based on the potential energy surface [Verbockhaven G et al. 2005 J. Chem. Phys. 122 204307] using quasi-classical t...
关键词：STEREODYNAMICS quasi-classical trajectory vector correlation collision energies effect 
抑制剂PMI与MDM2结合模式的分子动力学研究
《山东建筑大学学报》2013年第2期101-105,共5页时术华 陈建中 张庆刚 张少龙 
国家自然科学基金项目(11274206);山东省自然科学基金项目(ZR2011HM048);山东建筑大学博士科研基金项目(XNBS1268)
p53-MDM2相互作用已经成为治疗癌症药物设计的重要靶标。采用分子动力学模拟和MM-PBSA方法计算了肽类抑制剂PMI与MDM2的绝对结合自由能,通过基于残基的自由能分解方法计算了MDM2的各残基与PMI的相互作用。结果表明:CH-π、CH-CH和π-π...
关键词：物理化学 p53-MDM2相互作用 分子动力学模拟 相关矩阵 PMI 
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