MM-PBSA

作品数：24被引量：43H指数：3
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黑曲霉α-L-鼠李糖苷酶与柚皮苷分子动力模拟研究被引量：3
《食品与生物技术学报》2019年第12期66-72,共7页巩建业 吴喆瑜 刘嘉男 廖辉 李利君 倪辉 
国家自然科学基金项目(31371751);福建省农业高校产学研合作重大项目(2014N5010)。
α-L-鼠李糖苷酶能够水解柚皮苷生产普鲁宁和L-鼠李糖,可用于柑橘类果汁的脱苦处理。对柚皮苷和黑曲霉α-L-鼠李糖苷酶进行分子对接,采用分子动力模拟和MM-PBSA结合的方法计算对接复合物的结合自由能,并分析了分子间相互作用以及各个残...
关键词：α-L-鼠李糖苷酶 柚皮苷 分子对接 分子动力模拟 MM-PBSA 
抑制剂RVX08、SF2535、RVXOH与BRD4蛋白第一结构域结合模式的分子动力学研究
《山东师范大学学报（自然科学版）》2019年第1期76-83,共8页孙鲁艳 苏静 闫芳芳 刘新国 张少龙 
国家自然科学基金资助项目(11274205;11274206)
该工作采用分子动力学模拟和主成分分析等方法研究了抑制剂SF2535、RVX08和RVXOH与BRD4蛋白第一结构域(BRD4-1)的结合对BRD4-1蛋白构象的影响.此外,为进一步研究三个抑制剂与BRD4-1蛋白的结合能力,采用分子力学泊松-玻尔兹曼表面积(MM-P...
关键词：分子动力学模拟 BRD蛋白 主成分分析 MM-PBSA 
Molecular Dynamics Simulations and Steered Molecular Dynamics Simulations of Glabridin Bound to Wild Type and V30A Mutant Transthyretin： Ligand-linked Perturbation of Tertiary Conformation
《Chemical Research in Chinese Universities》2018年第6期995-1003,共9页YU Zhengfei HAN Jiarui LIU Ye ZHU Jingxuan TIAN Xiaopian HAN Weiwei 
Supported by the Major Scientific Research Projects of Jilin Province, China（No.20140203025NY） and the Natural Science Foundation of Jilin Province, China（No. 3B812C201465）.
Transthyretin（TTR）, as a tetrameric protein, functions as a neuroprotector. The native TTR homotetramer dissociates into dimers and monomers. Dimers and monomers self-assemble into amyloid fibrils, and this process ...
关键词：TRANSTHYRETIN GLABRIDIN Conformational change Molecular mechanics-poisson Boltzmann surface area（MM-PBSA） 
人血清白蛋白与氯氰菊酯相互作用的分子模拟研究被引量：2
《农药学学报》2018年第1期11-17,共7页邓培渊 王辉 袁洪哲 王广军 李长看 
河南省科技攻关重点项目(132102110175)
运用分子对接、分子动力学、结合自由能计算和丙氨酸扫描等分子模拟方法,研究了人血清白蛋白（human serum albumin,HSA）与氯氰菊酯的结合模式。结果表明：氯氰菊酯与HSA结合形成了稳定的复合物,与其氨基酸残基Arg209形成1个氢键,结合...
关键词：人血清白蛋白 氯氰菊酯 分子动力学 分子力学泊松-波尔兹曼表面积法(MM-PBSA) 丙氨酸突变扫描 
石杉碱甲与乙酰胆碱酯酶作用的分子模拟研究被引量：4
《解放军药学学报》2017年第6期538-541,共4页邓培渊 王辉 袁洪哲 王广军 李长看 
河南省科技攻关重点项目;No.132102110175
目的阐明石杉碱甲与乙酰胆碱酯酶结合的分子机制和关键氨基酸。方法运用分子对接和分子动力学方法分析石杉碱甲与乙酰胆碱酯酶的结合位点;MM-PBSA方法计算两者的结合自由能和作用力的类型、大小;丙氨酸突变扫描方法评估关键残基对结合...
关键词：乙酰胆碱酯酶 石杉碱甲 分子动力学 MM-PBSA 丙氨酸突变扫描 
乙酰胆碱酯酶AChE与1,7-二氮杂咔唑抑制剂的作用机理的分子动力学模拟被引量：3
《无机化学学报》2017年第11期2065-2074,共10页赵腾腾 杨雪雨 董珂珂 朱小蕾 
国家自然科学基金(No.21276122);国家自然科学基金重大研究计划培育项目(No.91434109)资助
通过分子对接、分子动力学(MD)模拟以及成键自由能分析方法,从原子水平上模拟研究了3种1,7-二氮杂咔唑衍生物(分别记为M1、M2和M3)与ACh E的结合模式及相互作用机理,分析和讨论了研究体系的静电相互作用和范德华相互作用(vd W)。用MM-P...
关键词：阿尔茨海默症 乙酰胆碱酯酶 1 7-二氮杂咔唑类抑制剂 分子动力学模拟 MM-PBSA 
力场/溶剂水模型对EGFRvⅢ抗原-MR1(scFv)抗体复合物的MM-PBSA计算精度的影响与实验验证
《高等学校化学学报》2017年第11期2070-2076,共7页任家毅 杨志伟 郑念珏 李军旗 杨春龙 林淑健 杨冰 黄俊卿 廖化新 袁晓辉 欧仕益 
国家自然科学基金(批准号:31400795);广东省引进创新创业团队专项(批准号:2013Y113);广州市珠江科技新星专项(批准号:201506010097);广东省计算科学重点实验室开放基金(批准号:2016004);广东省生物工程药物重点实验室运行经费(批准号:2014B030301050)资助~~
以表皮生长因子Ⅲ型突变体(EGFRvⅢ)抗原多肽与其抗体(MR1)及其人源化突变体的复合物结构为出发点,采用分子动力学中的6种常用力场及3种常用溶剂水模型,分别对上述抗原-抗体复合物进行100ns的分子动力学模拟与分子力学和连续介质模型计...
关键词：单链抗体 分子动力学模拟 分子力学和连续介质模型的自由能计算 等温滴定量热 均方根偏差 
乙酰胆碱酯酶AChE与其抑制剂1,3,4-噻二唑类衍生物的结合机理研究被引量：1
《南京师大学报（自然科学版）》2017年第2期144-148,共5页杨雪雨 王璇 董珂珂 朱小蕾 
国家自然科学基金项目(20706029;20876073;91434109)
阿尔茨海默病(Alzheimer’s disease,AD)是老年痴呆的一种,在老年人中有较高的发病率,乙酰胆碱酯酶抑制剂(AChEI)是目前广泛应用于临床治疗这类病症的主要药物.我们选择3种1,3,4-噻二唑抑制剂,分别与AChE进行分子对接和分子动力学(MD)...
关键词：阿尔茨海默病 乙酰胆碱酯酶 1 3 4噻二唑类抑制剂 分子模拟 MM-PBSA 
三氢-咪唑并[4,5-c]喹啉-4(5H)-酮衍生物与二肽基肽酶-4结合机理的理论研究
《南京师大学报（自然科学版）》2016年第3期62-66,共5页王璇 杨雪雨 董珂珂 朱小蕾 
国家自然科学基金项目(20706029、20876073、91434109)
通过分子对接、分子动力学(MD)模拟和结合自由能分析的方法研究了三氢-咪唑并[4,5-c]喹啉-4(5H)-酮衍生物药物与二肽基肽酶之间的成键机制,分析和讨论了抑制剂和相邻残基之间的氢键和疏水相互作用.用MM-PBSA方法计算得到的4个抑制剂的...
关键词：分子动力学模拟 MM-PBSA 二肽基肽酶 三氢-咪唑并[4 5-c]喹啉-4(5H)-酮衍生物抑制剂 
甜菜夜蛾细胞色素P450(CYP9A11)与3种杀虫剂的结合机理研究被引量：1
《农药学学报》2016年第2期158-164,共7页邓培渊 李玉华 袁伟 王林青 李长看 
河南省科技攻关重点项目(132102110175)
细胞色素P450(以下简称CYP)与昆虫的抗药性密切相关。本研究运用Auto Dock分子对接技术和分子力学泊松-波尔兹曼表面积法(molecular mechanics Poisson-Boltzmann surface area,MM-PBSA)结合自由能计算方法,分析了甜菜夜蛾CYP9A11与3种...
关键词：甜菜夜蛾 细胞色素P450 分子力学泊松-波尔兹曼表面积法(MM-PBSA) 分子对接 结合自由能 
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