生物信息学

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萝卜扩展蛋白基因家族鉴定及不同生育时期表达模式分析
《江苏农业科学》2025年第6期64-75,共12页沈峰 刘哲 郑佳秋 王燕 徐良 王薇薇 张丽娜 冯汝超 吴永成 祖艳侠 梅燚 
江苏省种业振兴“揭榜挂帅”项目(编号:JBGS[2021]071);江苏省重点研发计划(编号:BE2023366);盐城市重点研发计划(农业)(编号:YCBN202312)。
为了研究萝卜扩展蛋白基因家族的结构特征与表达模式,对萝卜扩展蛋白基因家族进行全基因组鉴定,并对其系统进化关系、染色体定位、保守基序与基因结构、启动子顺式元件以及不同生育时期表达模式等进行分析。从整个基因组中总共鉴定出52...
关键词：萝卜 扩展蛋白 基因家族 生物信息学分析 表达模式 RsEXP 
甘薯茎腐病菌(Dickeya dadantii)效应子的预测及比较分析
《江苏农业科学》2025年第6期76-82,共7页范梦佳 丁夏威 汤法江 邹宏达 王章英 谢甲涛 黄立飞 
国家甘薯产业技术体系建设专项(编号:CARS-10);广东省甘薯马铃薯产业技术体系建设专项(编号:2023KJ111)。
甘薯茎腐病对甘薯产量危害严重,由达旦提狄克氏菌(Dickeya dadantii)侵染引起,危害茎基、叶片和根部,影响甘薯生长造成经济损失。病原菌在引起寄主植物发病的过程中通常会分泌效应子参与互作机制,促使病原菌在寄主上完成侵入、定殖和发...
关键词：甘薯 茎腐病 基因组 生物信息学 效应子 
栀子TCP基因家族鉴定及响应盐胁迫表达模式分析
《江苏农业科学》2025年第4期126-132,共7页林宇清 朱渊铭 陈丝雨 陈德星 张琼艺 陈淑颖 张培兰 邹双全 
福建省林业科技推广项目(编号:2022TG09,闽[2024]TG22号);福建省科技厅高校产学合作项目(编号:2022N5009)。
为明确栀子TCP基因家族及盐胁迫响应,利用生物信息学手段对栀子TCP基因家族进行鉴定、分析和盐胁迫表达试验分析。结果表明,在栀子中共鉴定出16个TCP基因,分为PCF、CYC和CIN共3个亚家族。保守基序、基因结构和理化性质表明,同亚家族基...
关键词：TCP基因家族 栀子 生物信息学 盐胁迫 
诗琳通木兰bHLH基因家族生物信息学及表达分析
《江苏农业科学》2025年第4期141-153,共13页谢微 张宝津 石洁 刘世晗 肖菲 王兰 邓小梅 
广东省林业科技创新项目(编号:2023KJCX002)。
诗琳通木兰(Magnolia sirindhorniae Noot.&Chalermglin)作为木兰科园林绿化优良新品种,具有极高的经济价值和生态效益。bHLH转录因子为植物第二大转录因子基因家族,在植物抗逆方面发挥重要作用。本研究基于盐碱胁迫下诗琳通木兰转录组...
关键词：诗琳通木兰 bHLH基因家族 盐碱胁迫 基因表达 
小麦TaOEE1-2D基因的生物信息学及表达分析
《江苏农业科学》2025年第4期154-161,共8页赵鹏鹏 李鲁华 任明见 洪鼎立 李欣 徐如宏 
贵州省科技支撑计划(编号:黔科合支撑[2021]一般272);贵州省科技计划(编号:黔科合基础[2020]1Z018号)。
放氧增强蛋白1(oxygen-evolving enhancer protein 1,OEE1)是光系统Ⅱ(PSⅡ)中由PsbO基因编码的蛋白,在光系统的放氧活动中起到重要作用。为了进一步研究其生物学功能,对TaOEE1基因进行生物信息学、组织表达模式和逆境胁迫下的表达分析...
关键词：小麦 TaOEE1 生物信息学 表达分析 非生物胁迫 
柑橘NHX基因的鉴定及盐胁迫下表达分析
《江苏农业科学》2025年第4期161-168,共8页岳杨 张德健 王鹏 金龙飞 
海南省热带园艺作物品质调控重点实验室开放课题[编号:HNZDSYS(23)-04];浙江省基础公益研究计划(编号:LTGN23C150001)。
为研究柑橘NHX基因家族的生物学特性,利用生物信息学方法从枳全基因组数据库筛选出8个NHX基因,并对其基因结构、亚细胞定位、保守序列、启动子顺势作用元件、共线性、进化关系以及在枳和酸橙中的表达特征进行分析。结果表明,8个PtNHXs...
关键词：柑橘 NHX 生物信息学 基因表达 
谷子SiCDPK9基因的克隆、亚细胞定位与盐胁迫下表达分析
《江苏农业科学》2025年第4期178-185,共8页崔燕娇 刘丹 李素英 张静 刘正理 
河北省重点研发项目(编号:21326302D);河北省农业科技成果转化资金;唐山市应用基础研究计划(编号:20130218b);唐山师范学院科学研究基金(编号:2020A06)。
杂种优势是指杂交子1代(F 1)在生物量、产量、适应性、抗逆性等性状上优于双亲的现象,其广泛使用使得玉米、高粱、水稻等作物产量实现大幅提升。近年来,谷子杂交种选育工作也取得较大进展,但关于杂种优势形成的分子机制和调控网络的研...
关键词：谷子 杂种优势 钙依赖蛋白激酶 生物信息学分析 亚细胞定位 
多花黄精PcWRKY1基因的克隆及响应高温胁迫功能分析
《江苏农业科学》2025年第4期200-208,共9页贾慧 赵玉龙 郭晓阳 杨铁钢 郭红霞 苏秀红 腊贵晓 
国家重点研发计划(编号:2022YFD1601808);国家现代农业产业技术体系建设专项(编号:CARS-21);河南省现代农业产业技术体系建设专项(编号:HARS-22-11-G2)。
探究WRKY转录因子家族在多花黄精(Polygonatum cyrtonema Hua)适应高温胁迫中的作用,基于前期转录组分析鉴定到受高温影响显著下调的基因PcWRKY1,克隆了PcWRKY1基因,并利用生物信息学、RT-qPCR和玉米原生质体瞬时转化体系等技术对其编...
关键词：多花黄精 WRKY转录因子 高温胁迫 生物信息学分析 功能分析 
半夏PtNAC48基因克隆与表达分析
《江苏农业科学》2025年第4期218-224,共7页苏传栋 纪明芳 王振 朱艳芳 薛涛 伯晨 薛建平 
国家自然科学基金面上项目(编号:82274048);安徽省高校优秀科研创新团队(编号:2022AH010029);2023年大学生创新创业训练计划项目(编号:S202310373057)。
根据半夏三代转录组数据,利用PCR技术克隆PtNAC48基因,并对其进行生物信息学分析;利用qRT-PCR技术检测该基因在半夏根、块茎、叶柄、叶片4个组织部位和15%PEG 4000模拟干旱胁迫处理下不同时间段的基因表达变化,以探究干旱胁迫下PtNAC48...
关键词：半夏 NAC转录因子 基因克隆 生物信息学 干旱胁迫 表达分析 转录激活 
花魔芋GRAS家族基因全基因组鉴定与胁迫下表达分析
《江苏农业科学》2025年第4期40-53,共14页李竹梅 陈咀牛 何斐 褚洪龙 
国家自然科学基金(编号:31860057);云南省基础研究专项面上项目(编号:202401AT070002);安康市科技计划(编号:AK2022-NY-04);安康学院专项计划(编号:2023AYKCYZ05);曲靖师范学院博士创新团队支持计划。
GRAS家族是一类植物特有的转录因子,在植物生长发育和逆境响应等多个生物过程中发挥重要作用。花魔芋(Amorphophallus konjac)是我国重要的经济作物,目前尚无关于花魔芋GRAS家族基因的相关报道。采用生物信息学手段对花魔芋GRAS家族基...
关键词：花魔芋 GRAS家族基因 逆境响应 生物信息学分析 
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