生物序列

作品数：109被引量：133H指数：6
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基于异构系统的生物序列比对并行处理研究进展被引量：1
《计算机科学》2015年第B11期390-395,399,共7页朱香元 李仁发 李肯立 胡忠望 
国家自然科学基金重点项目(61133005;61432005);国家自然科学基金青年基金(61402400);广东省自然科学基金(2014A030310288)资助
序列比对工作属于生物信息学的基础性研究领域。由于它具有应用广泛、计算复杂以及海量数据等特点,加之现在高性能计算的兴起,使得近年来序列比对并行处理技术快速发展。首先介绍了序列比对领域高性能计算的新进展,接着从体系结构特征...
关键词：序列比对 并行处理 异构 GPU FPGA Cell BE MIC 
基于EM的隐马氏过程随机迭代算法及其在生物序列启动子识别中的应用
《计算机科学》2006年第6期195-199,共5页罗泽举 朱思铭 
国家自然科学基金资助项目(No.10371135)。
随着后基因组时代的到来,如何去揭示序列背后隐藏的生命信息已成为当前生命科学探讨的主题。而控制基因表达的正是启动子序列,如何去识别和预测序列的启动子区域是基因研究的重点课题。隐马尔可夫模型是最近几年研究基因最主要的模型。...
关键词：隐马尔可夫模型 随机迭代算法 “一票决定”算法 启动子的识别和分类 
基于块排序索引的生物序列局部比对查询技术
《计算机科学》2005年第12期159-163,205,共6页李永光 王镝 王国仁 马宜菲 
教育部高等学校优秀青年教师学科研奖励计划基金资助项目;国家自然科学基金(60273079;60473074)资助
生物数据库中的查询是在生物序列数据集中查找与输入查询序列相似的目标,目前的一些流行工具如BLAST等,是利用启发式算法来提高查询的速度。然而,这些启发式算法无法找到所有的满足要求的结果,而一些精确算法,如动态规划算法,却需要非...
关键词：生物序列 块排序索引 精确度 
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