转录因子结合位点

作品数：84被引量：151H指数：6
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酵母核糖体蛋白基因组合转录调控位点统计分析被引量：1
《生物信息学》2010年第2期127-133,共7页田瑞琴 张静 胡俊 
国家自然科学基金(30360027);云南省应用研究基金(2007A023M)
真核基因的转录调控是后基因组时代研究的主要问题之一,其基础是认识DNA上转录因子结合位点(模体)及分布状况。基于马尔可夫链模型对酵母核糖体蛋白基因上游启动子序列中模体出现次数进行统计,利用Z-score统计量抽提出过表达和低表达的...
关键词：酵母基因 启动子 转录因子结合位点 组合调控 
DNA保守序列识别算法的并行化和MPI集群环境构建被引量：1
《生物信息学》2009年第3期190-192,201,共4页祁长乐 吴晓明 尹瑞 刘丽丽 王波 
国家自然科学基金(60601017)
DNA序列中保守序列的识别需要较大的计算量。开发了一个转录因子结合位点识别的并行算法,能够从多条DNA序列中识别指定长度的序列模式。算法使用概率模型进行序列模式保守性的度量,利用迭代过程实现保守序列的搜索。使用C编程结合MPI消...
关键词：并行计算 模体识别 基因调控 转录因子结合位点 
遗传算法在转录因子结合位点识别中的应用
《生物信息学》2009年第1期72-74,77,共4页马志强 魏雅卓 崔颖 马雅楠 孙平平 陆林英 
教育部应用统计重点实验室和东北师范大学青年自然科学基金项目(20061003)资助
遗传算法是模拟生物进化过程的计算模型,是一种全局优化搜索算法。将遗传算法与转录因子结合位点识别问题相结合的新方法,以一致性序列模型作为保守motif的描述模型,通过对motif序列与待测序列的比对问题进行编码,将其转化成搜索空间中...
关键词：遗传算法(GA) 转录因子结合位点(TFBS) 一致性序列模型 
大肠杆菌E．coli K-12转录因子结合位点的理论预测
《生物信息学》2007年第3期117-120,共4页杨科利 李前忠 林昊 
国家自然科学基金项目(No.30560039)
基于实验验证的22种大肠杆菌K12的转录因子结合位点序列,分析了转录因子结合位点每一位置的碱基保守性,提出了预测转录因子结合位点的位置权重矩阵打分函数算法(PWMSA)。利用self-consistency和cross-validation两种检验方法对此算法进...
关键词：转录因子结合位点(IFBS) 位置权重矩阵(PWM) 碱基保守性 
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