RNA二级结构预测

作品数:58被引量:116H指数:7
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相关领域:自动化与计算机技术生物学更多>>
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相关机构:吉林大学国防科学技术大学清华大学福建农林大学更多>>
相关期刊:《生物物理学报》《浙江树人大学学报(自然科学版)》《计算机研究与发展》《软件学报》更多>>
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一种自适应序列长度的RNA二级结构深度预测方法
《小型微型计算机系统》2019年第8期1799-1803,共5页吴宏杰 汤烨 陆卫忠 崔志明 付保川 GAO Zhen 
国家自然科学基金项目(61772357,61876217,61672371,61502329)资助;江苏省333人才项目资助;江苏省六大人才高峰项目(DZXX-010)资助;苏州市科技项目(SYG201704,SNG201610)资助
RNA二级结构预测是结构生物信息学中的一个重要问题.带假结的RNA二级结构预测,由于复杂的假结结构,更是增加了预测的难度.传统的机器学习方法受限于学习模型的结构,输入特征数目必须固定.大部分方法将不同长度的序列统一截断后进行训练...
关键词:RNA二级结构预测 递归神经网络 动态加权 假结 碱基 
用并行蚁群系统解决带假结RNA二级结构预测被引量:1
《小型微型计算机系统》2017年第10期2242-2246,共5页蔡磊鑫 顾倜 王帅 吕强 
国家自然科学基金项目(61170125)资助
RNA是生物遗传信息的中间载体,在基因编码、解码、调控和表达等方面具有重要作用.RNA二级结构预测是理解RNA生化功能的主要途径.假结是最广泛的RNA结构单元.带假结的RNA二级结构预测难度大,已被证明是一个NP完全问题,至今未找到该问题...
关键词:假结 RNA二级结构预测 最大最小蚁群 并行 共享信息素矩阵 
CPU/GPU系统上存储高效的RNA二级结构预测算法被引量:2
《小型微型计算机系统》2014年第5期1080-1084,共5页郑明 钟诚 
国家自然科学基金项目(60963001)资助
通过建立映射变换函数来改进基于最小自由能的RNA二级结构预测计算模型,分析证明了改进后的计算模型与原计算模型的等价性,利用改进后的计算模型使得GPU每个warp线程束内的线程并行计算矩阵元素时其所需的数据处于全局存储器同一行中,...
关键词:RNA二级结构预测 GPU计算 并行算法 动态规划 最小自由能 
含伪结RNA二级结构预测的支持向量机方法
《小型微型计算机系统》2010年第10期1993-1996,共4页张洪礼 张娜 王常武 王宝文 刘文远 
国家火炬计划项目(2008GH540088)资助;河北省教育厅自然科学研究计划项目(2009339)资助
RNA二级结构预测是生物信息学的一个研究重点和难点.伪结是RNA二级结构中最难预测的一种.本文利用多分类支持向量机对含平面伪结的RNA分子二级结构进行预测.第一步,利用多分类支持向量机进行预测,输出端得到相应碱基的E-NSSEL类别标识....
关键词:多分类支持向量机 RNA二级结够 E-NSSEL标识 平面伪结 
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