TRP-CAGE

作品数：9被引量：8H指数：2
导出分析报告
相关领域：生物学理学更多>>
相关作者：吴晓敏张庆刚段莉莉张兴旺张强更多>>
相关机构：淮北师范大学山东师范大学辽宁师范大学东北林业大学更多>>
相关期刊：《物理化学学报》《Science Bulletin》《中国科学：生命科学》《Science China Chemistry》更多>>
相关基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划安徽省自然科学基金安徽省高校省级自然科学研究项目更多>>
-
在结果中检索

检索结果分析

结果分析中...
共 条 记 录，以下是1-9
全选清除导出
参考文献引证文献引用追踪
视图：
排序：
丝氨酸(S13和S14)残基侧链位置特性对模型蛋白Trp-cage折叠的影响
《生物学杂志》2021年第2期36-42,共7页张孝春 汪萌 黄卓然 徐成振 张兴旺 张强 吴晓敏 
国家自然科学基金(31500594);安徽省高校省级自然科学研究重点项目“人源化单抗分子表面结合位点的研究”(KJ2020A0037);安徽省自然科学基金(1908085QF286,1608085MC49);安徽高校优秀青年骨干人才支持计划项目(gxgwfx2020035和gxyq2018163)。
以模型蛋白Trp-cage为例,采用基于PDB卷曲库优化现有OPLSAA/L后得到的残基特异性力场(RSFF1)研究野生态模型蛋白Trp-cage及其突变体S13G和S14G的折叠转变过程。结果表明:野生态结构在RSFF1力场下能够快速准确地折叠至天然态(RMSD=0.67 ...
关键词：模型蛋白Trp-cage 侧链朝向 残基突变 折叠机制 残基相互作用 
模型蛋白Trp-cage残基互作及外在因素对其结构折叠稳定性影响的研究
《中国科学:生命科学》2021年第2期135-150,共16页吴晓敏 张孝春 汪萌 黄卓然 张兴旺 张强 徐成振 
国家自然科学基金(批准号:31500594);安徽省自然科学基金(批准号:1908085QF286,1608085MC49);安徽省高校省级自然科学研究重点项目(批准号:KJ2020A0037,KJ2020A0031,KJ2017A373);安徽省高校优秀青年人才支持计划(批准号:gxyq2018163);安徽省高校优秀青年骨干人才国外访学研修项目。
蛋白质折叠驱动力主要取决于结构上残基间的相互作用,尤其是其侧链间的作用.迷你蛋白Trp-cage结构典型且可快速折叠,是理论和实验研究蛋白质折叠的理想模型.尽管该蛋白仅由20个氨基酸组成,但其结构中残基间的相互作用甚为复杂且侧链类...
关键词：模型蛋白Trp-cage 残基相互作用 折叠模型 残基突变 侧链位置与特性 
应用ABEEMσπ方法估算含有羟基的分子的pK_a值
《辽宁师范大学学报（自然科学版）》2017年第1期52-57,共6页赵东霞 马悦 赵健 
国家自然科学基金资助项目(21133005;21473083)
使用B3LYP/6-311++G(d,p)方法,优化获得含有羟基的训练集分子的稳定几何结构,以HF/STO-3G方法所计算的Mulliken电荷为基准,采用线性回归和最小二乘法调试出ABEEMσπ方法计算电荷所需要的参数(价态电负性χ*和价态硬度η*).探讨拟合训...
关键词：原子-键电负性均衡原理 电荷 PKA 二肽 Trp-cage蛋白质 
模型多肽Trp-Cage折叠形成机制的研究进展被引量：3
《物理化学学报》2013年第9期1842-1850,共9页吴晓敏 袁晓辉 薛书蕾 查岭生 王光利 张海军 
国家自然科学基金(81272377,31100083);安徽省自然科学基金(1208085QC58);安徽省高校省级自然科学研究项目(KJ2012B163,2012SQRL225);淮北师范大学引进人才基金(600698)资助~~
蛋白质折叠是目前结构生物学领域的核心问题之一,理解蛋白质结构折叠机制及其与生物功能之间的相互关系一直是生命科学家非常重要的研究内容,并且该研究受到越来越多不同学科领域研究工作者的高度重视.蛋白质大多数在数十毫秒、微秒或...
关键词：实验与理论模拟 折叠机制 过渡温度 残基突变 关键氨基酸 
分子动力学模拟研究多肽Trp-cage的折叠机制被引量：1
《现代化工》2012年第8期15-18,共4页段莉莉 张庆刚 
国家自然科学基金资助项目(11147026);中国博士后科学基金项目(20110490163);山东省优秀中青年科学家奖励基金项目(BS2011SW046);山东省博士后创新项目专项基金项目(201003034);高等学校博士学科点专项科研基金(20093704110001)
蛋白质折叠是当前生物和化学领域研究的热点问题,是未来几十年物理、化学以及生物领域亟待解决的难题之一。简述了蛋白质折叠所面临的问题,以及传统分子力场缺陷及其改进方法,并以Trp-cage蛋白质为例介绍了国内外最近的研究进展。
关键词：蛋白质折叠 分子动力学模拟 分子力场 静电极化效应 TRP-CAGE 
蛋白折叠中的暂态结构与表面水分子慢尺度动力学被引量：1
《物理化学学报》2010年第7期1998-2006,共9页高萌 姚新秋 佘振苏 刘志荣 朱怀球 
国家自然科学基金(20973016;30970667;30770499;10721403);国家重点基础研究发展计划(973)(2009CB918500;2009CB724100)资助项目~~
蛋白表面水的慢尺度动力学行为往往被认为与蛋白的结构稳定性、功能以及折叠过程有关,但在分子水平上,还不清楚水分子的慢尺度动力学如何参与蛋白折叠过程.以Trp-cage蛋白作为个案,本文利用40条100ns(总长4μs)的全原子分子动力学轨迹,...
关键词：蛋白质折叠 TRP-CAGE 表面水 停留时间 停留中心 
Simulation of the thermodynamics of folding and unfolding of the Trp-cage mini-protein TC5b using different combinations of force fields and solvation models被引量：3
《Science China Chemistry》2010年第1期196-201,共6页ZHANG John ZengHui 
supported by the National Basic Research Program of China (Grant No. 2004CB719901);the National Natural Science Foundation of China (Grants No.10874104,20773060);the Natural Science Foundation of Shandong Province (Grant No.Z2007A05)
Molecular dynamics simulations based on AMBER force fields(ff96 and ff03) and generalized Born models(igb1 and igb5) have been carried out in order to study folding/unfolding of the Trp-cage mini-protein TC5b.The ther...
关键词：TRP-CAGE TC5b FOLDING and UNFOLDING REPLICA-EXCHANGE melting curve implicit SOLVATION 
副本交换分子动力学模拟方法计算Trp-cage熔解温度
《山东师范大学学报（自然科学版）》2009年第3期30-31,45,共3页段莉莉 扈国栋 张庆刚 
国家自然科学基金资助项目(10874104);山东省自然科学基金资助项目(Z2007A05)
副本交换分子动力学模拟方法用来计算Trp-cage小蛋白的熔解温度.此模拟采用的是AMBER03的分子力场,但是它的电荷用最近发展的极化的蛋白质专一性电荷来代替.隐式溶剂模型用来模拟溶剂影响,温度变化范围从247.7 K到645.6 K.计算的熔解温...
关键词：副本交换 TRP-CAGE 熔解温度 
Efficient and reproducible folding simulations of the Trp-cage protein with multiscale molecular dynamics被引量：1
《Chinese Science Bulletin》2008年第11期1699-1707,共9页XIA XueFeng ZHANG Song HUANG Bo ZHOU Yun SUN ZhiRong 
National High Technology Research and Development Program of China (Grant No. 2006AA020403);the National Basic Research Program of China (Grant No. 2003CB715900);National Natural Science Foundation of China (Grant No. 30770498)
Folding simulations are often time-consuming or highly sensitive to the initial conformation of the si-mulation even for mini protein like the Trp-cage. Here, we present a multiscale molecular dynamics method which ap...
关键词：蛋白质 分子动力学 分子结构 结构模拟 
全选清除导出
共1页<1>
检索报告 对象比较 聚类工具 使用帮助 返回顶部