段莉莉

作品数：12被引量：6H指数：2
导出分析报告
供职机构：山东师范大学更多>>
发文主题：抑制剂分子动力学蛋白质折叠蛋白质分子动力学模拟更多>>
发文领域：理学生物学自动化与计算机技术文化科学更多>>
发文期刊：《山东师范大学学报（自然科学版）》《检察风云》《德州学院学报》《济南大学学报（自然科学版）》更多>>
所获基金：国家自然科学基金教育部科学技术研究重点项目山东省自然科学基金中国博士后科学基金更多>>
-
在结果中检索

检索结果分析

署名顺序

  • 全部
  • 第一作者
结果分析中...
共 条 记 录，以下是1-10
全选清除导出
参考文献引证文献引用追踪
视图：
排序：
相互作用熵方法在计算生物分子体系结合自由能中的发展和应用
《山东师范大学学报（自然科学版）》2020年第3期274-285,共12页段莉莉 黄开放 钟素素 
国家自然科学基金资助项目(11774207,11574184);山东省省属高校优秀青年基金资助项目(ZR2016JL003).
分子力学泊松-玻尔兹曼溶剂可及表面积(MM/PBSA)是一种非常主流的计算生物大分子体系结合自由能的方法,但是其中熵变的计算一直以来都是理论计算上的难点.2016年发展的相互作用熵方法因其理论严谨、计算成本低等优势得到了广泛的应用....
关键词：相互作用熵 分子力学泊松-玻尔兹曼溶剂可及表面积 结合自由能 分子动力学模拟 
极化蛋白专一性电荷在HIV-1蛋白酶-抑制剂结合自由能预测中的应用被引量：2
《计算物理》2018年第3期330-334,共5页李宇辰 冯国强 段莉莉 
国家自然科学基金(11574184);山东省优青项目(ZR2016JL003)资助
对人类免疫缺陷病毒（HIV-1）蛋白酶-抑制剂复合物分别在AMBER力场及极化专一性蛋白电荷（PPC）下进行10 ns的分子动力学模拟（MD）,并用MM/PBSA方法计算结合自由能.PPC是基于线性标度的量子力学计算的静电势拟合的蛋白质电荷,能够更准...
关键词：HIV-1蛋白酶 极化蛋白专一性电荷 结合自由能 
分子动力学和丙氨酸变异研究MDM2与抑制剂P4的结合模式被引量：1
《原子与分子物理学报》2014年第2期311-316,共6页陈建中 梁志强 王伟 时术华 张少龙 段莉莉 张庆刚 
国家自然科学基金(11104164;11274206;31200545);山东省自然科学基金(ZR2011HM048);山东交通学院博士启动资金和校自然基金
抑制p53-MDM2相互作用已经成为癌症治疗的新途径.采用分子动力学模拟和MM-PBSA(molecular mechanics-Possion-Boltzmann surface area)方法研究了肽类抑制剂P4与MDM2的结合模式.研究表明P4与MDMD2疏水性裂缝的范德华作用是抑制剂结合的...
关键词：分子动力学 丙氨酸变异 MM-PBSA p53-MDM2相互作用 
分子动力学模拟研究多肽Trp-cage的折叠机制被引量：1
《现代化工》2012年第8期15-18,共4页段莉莉 张庆刚 
国家自然科学基金资助项目(11147026);中国博士后科学基金项目(20110490163);山东省优秀中青年科学家奖励基金项目(BS2011SW046);山东省博士后创新项目专项基金项目(201003034);高等学校博士学科点专项科研基金(20093704110001)
蛋白质折叠是当前生物和化学领域研究的热点问题,是未来几十年物理、化学以及生物领域亟待解决的难题之一。简述了蛋白质折叠所面临的问题,以及传统分子力场缺陷及其改进方法,并以Trp-cage蛋白质为例介绍了国内外最近的研究进展。
关键词：蛋白质折叠 分子动力学模拟 分子力场 静电极化效应 TRP-CAGE 
取消“农民工”称谓意义何在
《检察风云》2012年第2期40-41,共2页段莉莉 碧芥 白峰 
"农民工"这一早已约定俗成的称谓,或许将退出中国历史舞台了。近日,农民工输入大省广东和农民工输出大省河南的省委书记,都提出将适时取消"农民工"称谓,此举意义究竟如何,见仁见智大家谈。
关键词：“农民工” 进城农民 称谓 “工” 意义 河南省委书记 进城务工农民 歧视问题 
EK多肽折叠以及离子浓度和pH值依赖性的计算研究(英文)
《中国科学：化学》2012年第1期103-104,共2页梅晔 张大为 段莉莉 张庆刚 张增辉 
我们分别运用了传统AMBER03力场以及极化力场研究了EK多肽在不同离子浓度和pH值条件下的折叠.其中极化力场源于我们近期发展的可调的氢键专一性电荷方案.这两种力场的差别仅仅在于原子电荷的不同.溶剂化效应用推广的波恩模型描述.结果表...
关键词：静电极化效应 蛋白质折叠 EK多肽 量子化学计算 
室温下的小蛋白折叠研究
《山东师范大学学报（自然科学版）》2011年第4期27-29,共3页孙淑臻 段莉莉 张庆刚 
国家自然科学基金资助项目（10874104）;中国博士后科学基金资助项目（20110490163）.
目前，无论在实验还是理论研究方面，研究蛋白质的从头折叠即使是小蛋白的折叠也非常困难．在室温下研究蛋白质的折叠过程可以有效的阐述蛋白质折叠机制．笔者从219M的线性结构出发，在室温下运行了15ns的分子动力学模拟，发现它在6．4n...
关键词：蛋白质折叠 219M 均方根偏差(RMSD) 自然接触比例 
副本交换分子动力学模拟方法计算Trp-cage熔解温度
《山东师范大学学报（自然科学版）》2009年第3期30-31,45,共3页段莉莉 扈国栋 张庆刚 
国家自然科学基金资助项目(10874104);山东省自然科学基金资助项目(Z2007A05)
副本交换分子动力学模拟方法用来计算Trp-cage小蛋白的熔解温度.此模拟采用的是AMBER03的分子力场,但是它的电荷用最近发展的极化的蛋白质专一性电荷来代替.隐式溶剂模型用来模拟溶剂影响,温度变化范围从247.7 K到645.6 K.计算的熔解温...
关键词：副本交换 TRP-CAGE 熔解温度 
HIV蛋白酶与抑制剂的结合自由能计算
《德州学院学报》2008年第4期41-44,共4页段莉莉 张庆刚 
国家自然科学基金(10474060)
采用分子动力学模拟和MM-PBSA相结合方法计算了HIV蛋白酶和抑制剂的结合自由能.并且运用能量分解方法考察了蛋白酶主要残基与抑制剂之间的相互作用.在MM-PBSA中,体系的焓通过分子力学方法(MM)得到,极性部分对溶剂化自由能的贡献通过求...
关键词：分子动力学 MM—PBSA HIV蛋白酶 
MDM2蛋白与抑制剂IMZ相互作用的研究
《山东师范大学学报（自然科学版）》2007年第4期63-64,共2页孟凡胜 张庆刚 段莉莉 徐博 
国家自然科学基金资助项目(10474060);教育部科学技术研究重点基金资助项目(206093)
癌症是最难攻克的疾病之一,它被认为是基因疾病[1].P53是一种癌抑制蛋白,而MDM2是一种绑定在P53上致使其失去活性的一种癌蛋白,P53失去活性意味着癌症的发生.本文论述的是抑制剂IMZ(药物)与MDM2蛋白的相互作用,作用的目的是打断MDM2与P5...
关键词：蛋白质 癌症 分子动力学 AMBER 
全选清除导出
共2页<12>
检索报告 对象比较 聚类工具 使用帮助 返回顶部