云南高校图书馆联盟文献共享服务平台- 张增辉

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PD-1与单克隆抗体残基特异性结合机制的计算丙氨酸扫描研究被引量：3: 《高等学校化学学报》2021年第7期2161-2169,共9页温炜黄达锭鲍劲霄张增辉; 国家重点研发计划项目(批准号:2016YFA0501700);国家自然科学基金重大研究计划培育项目(批准号:91753103);国家自然科学基金重点项目(批准号:21933010)资助.; 通过分子动力学模拟检测了2种程序性细胞死亡蛋白(PD-1)/单克隆抗体(Pembrolizumab和Nivolumab)复合物,并使用高效的计算丙氨酸扫描方法预测了单抗与PD-1的结合热点,将它们与对PD-1/PD-L1结合重要的热点残基进行对比分析.结果显示,Pembr...; 关键词：程序性细胞死亡蛋白丙氨酸扫描计算单克隆抗体分子力学广义波恩表面积相互作用熵

基于磁蛋白标签的黄曲霉毒素氧化酶的分离及应用: 《生物加工过程》2021年第1期1-7,共7页马萌高蓓刘瑶方波欢江敏朱通张增辉张鲁嘉; 国家重点研发计划(2016YFA0501700);国家自然科学基金(U1805235、21433004、31700646、91753103);上海市普陀区(2014-A-02);上海市教委创新计划(201701070005E00020);纽约大学全球种子基金;纽约大学华东师范大学计算化学中心(ECNU创新001公共平台)。; 建立了以家鸽磁蛋白(clMagR)分离标签为基础的黄曲霉毒素氧化酶(AFO)分离纯化策略及黄曲霉毒素B1(AFB1)清除体系。将具有AFB1降解活性的AFO与clMagR基因共编码,采用pET 28a(+)载体构建了pET 28a(+)AFO clMagR重组质粒,转入E.coli BL21(D...; 关键词：磁蛋白黄曲霉毒素氧化酶蛋白分离磁性纳米颗粒去毒化蛋白标签

基于丙氨酸扫描与相互作用熵方法的PARP1与配体的结合自由能计算: 《中国科学：化学》2018年第2期204-209,共6页张右梓刘笑周一凡张增辉; 国家重点研发专项(编号：2016YFA0501700); 国家自然科学基金(编号：21433004,91753103); 上海市普陀区创新项目(编号：2014-A-02); 上海教委重大项目(编号：201701070005E00020)资助; PARP1蛋白是真核细胞DNA损伤修复的关键因子,也是近年来肿瘤治疗的新热靶标之一.本文运用本课题组发展的基于相互作用熵方法并结合MM/GBSA方法对蛋白-配体进行丙氨酸扫描,计算了10个抑制剂小分子与PARP1蛋白及与PARP1蛋白各残基间的相...; 关键词：PARP1 抑制剂 MM/GBSA 相互作用熵结合自由能分子动力学

Ab initio Quantum Mechanics/Molecular Mechanics Molecular Dynamics Simulation of CO in the Heme Distal Pocket of Myoglobin: 《Chinese Journal of Chemical Physics》2017年第6期705-716,I0002,共13页王宪位张增辉何晓; Myoglobin has important biological functions in storing and transporting small diatomic molecules in human body. Two possible orientations of carbon monoxide （CO） in the heme distal pocket （named as BI and B2 state...; 关键词：QM/MM simulation Stark shift Electrostatic polarization effect Electric field

基于MFCC方法计算表皮生长因子受体与4-苯胺基喹唑啉结合的量子力学机制: 《中国科技论文》2016年第18期2050-2056,共7页刘金峰王雅倩张增辉何晓; 国家自然科学基金资助项目(21303057;21433004);高等学校博士学科点专项科研基金资助项目(20130076120019); 基于最近发展的分子碎片共轭帽(molecular fractionation with conjugate caps,MFCC)方法,表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor,EGFR)与其抑制剂的相互作用能得以用完整的量子力学来计算,主要包括上市的Iressa[第一代美...; 关键词：物理化学理论与计算化学分子碎片共轭帽 4-苯胺基喹唑啉类抑制剂表皮生长因子受体量子相互作用能

大分子体系的量子化学分块方法(英文)被引量：1: 《化学进展》2012年第6期1058-1064,共7页梅晔何晓季长鸽张大为张增辉; the National Natural Science Foundation of China(Grants No.21003048,10974054,20933002 and 21173082);Shanghai PuJiang program(09PJ1404000);Shanghai Rising-Star program(Grant No.11QA1402000) for financial support; 碎片化方法为量子化学方法的发展以及在大分子体系的应用开辟了新的道路。在过去的十年里,我们见证了该领域的诸多成果,并且我们相信该方法的发展仍将持续下去。这篇文章简单回顾了近期碎片化方法在大分子电子结构计算领域的进展,重点...; 关键词：分子片段电子密度片段能量分子帽子共轭帽静电嵌入

EK多肽折叠以及离子浓度和pH值依赖性的计算研究(英文): 《中国科学：化学》2012年第1期103-104,共2页梅晔张大为段莉莉张庆刚张增辉; 我们分别运用了传统AMBER03力场以及极化力场研究了EK多肽在不同离子浓度和pH值条件下的折叠.其中极化力场源于我们近期发展的可调的氢键专一性电荷方案.这两种力场的差别仅仅在于原子电荷的不同.溶剂化效应用推广的波恩模型描述.结果表...; 关键词：静电极化效应蛋白质折叠 EK多肽量子化学计算

将SVRT模型应用到单原子多原子反应F+CH_2D_2→CH_2D/CHD_2+DF/HF中(英文)被引量：1: 《Chinese Journal of Chemical Physics》2004年第3期339-345,共7页姚丽韩克利宋鹤山张增辉; ProjectsupportedbytheNationalNaturalScienceFoundationofChina (2 0 0 2 830 4 )andNKBRSF (19990 75 30 2 ); 由于含时波包方法具有经典的直观又不乏量子力学的准确 ,选择含时波包方法来处理F +CH2 D2 →CH2 D/CHD2 +DF/HF反应 .把半刚性振转子 (SVRT)模型应用到该反应体系中 ,研究了两个通道中该反应从基态反应物开始在修正过的J1(MJ1)势能面...; 关键词：SVRT模型 TDWP方法反应几率速率常数积分截面 MJ1势能面

O(~1D)+HCl反应的精确含时量子波包计算: 《北京大学学报（自然科学版）》2001年第2期282-285,共4页林世鹰韩克利张增辉; 利用BLRS势能面 (SchinkeR .JChemPhys ,1984 ,80 :5510～ 5517)首次对O(1D) +HCl反应进行了精确的三维含时量子波包计算。反应截面的计算结果与经典轨线结果符合得很好。; 关键词：势能面反应截面反应速率臭氧量子力学计算三维含量量子流包氯化氢反应机理

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