黄强

作品数：18被引量：32H指数：3
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供职机构：复旦大学更多>>
发文主题：核酸适配体靶向截短型碱基变异体更多>>
发文领域：生物学医药卫生理学农业科学更多>>
发文期刊：《生物物理学》《自然科学进展》《计算机与应用化学》《物理化学学报》更多>>
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基于注意力机制的RNA碱基关联图预测方法
《生物化学与生物物理进展》2023年第3期657-667,共11页曹一航 黄强 
国家重大科技专项“重大新药开发”课题(2018ZX09J18112);国家自然科学基金(31971377)资助项目。
目的长链非编码RNA在遗传、代谢和基因表达调控等方面发挥着重要作用。然而,传统的实验方法解析RNA的三级结构耗时长、费用高且操作要求高。此外,通过计算方法来预测RNA的三级结构在近十年来无突破性进展。因此,需要提出新的预测算法来...
关键词：深度学习 RNA碱基关联图 结构预测 注意力机制 
腺嘌呤碱基编辑器ABE8e多聚体的形成机制研究及抑制策略
《工业微生物》2022年第6期1-9,共9页周项 朱海霞 黄强 
研究腺嘌呤碱基编辑器ABE8e(以下简称ABE8e)多聚化的成因,降低其多聚体的比例,为ABE8e的制备提供技术支持。首先,运用分子建模软件分析ABE8e的三维结构,了解多聚体的成因,在此基础上构建了相应的突变体ABE8e-T,并对其进行纯化,验证理论...
关键词：蛋白质纯化 腺嘌呤碱基编辑器 ABE8e 多聚体去除 
基于分子模拟的河鲀毒素核酸适配体的连续优化被引量：1
《中国生物工程杂志》2022年第8期1-12,共12页颜志超 宋梦华 刘建平 黄强 
国家科技重大专项“重大新药开发”课题(2018ZX09J18112);国家自然科学基金(31971377、31671386)资助项目。
河鲀毒素(tetrodotoxin, TTX)是一种生物碱类神经毒素,其中毒事件在世界范围内广泛发生,严重危害到人类健康,但尚无特效解毒剂,因此TTX的检测对食品安全领域有重大意义。为了得到更高效的TTX识别元件,在分子模拟指导下对SELEX筛选所得...
关键词：河鲀毒素 核酸适配体 分子模拟 碱基截短 碱基突变 化学修饰 
基于结构的CRISPR蛋白xCas9的优化设计被引量：1
《生物工程学报》2021年第4期1385-1395,共11页薛冬梅 朱海霞 杜文豪 汤洪海 黄强 
国家重大科技专项“重大新药开发”课题(No.2018ZX09J18112);国家自然科学基金(Nos.31671386,31971377)资助。
酿脓链球菌(Streptococcus pyogenes Cas9,SpCas9)已成为强大的基因组编辑工具,但其可识别的前间隔序列临近基序(Protospacer adjacent motifs,PAMs)范围有限,且存在脱靶效应。为解决这些问题,文中提出一种对SpCas9的定向进化突变体xCas...
关键词：基因编辑 CRISPR/Cas9 蛋白计算设计 分子动力学模拟 
基于双边滤波与受限玻尔兹曼机的冷冻电镜单颗粒图像识别被引量：2
《生物物理学》2021年第1期34-42,共9页王桉迪 姚睿捷 黄强 
冷冻电镜技术(Cryo-EM)起源于20世纪70年代,是结构生物学中蛋白质与核酸分子结构研究的重要技术手段。21世纪以来,计算机性能的提升与直接电子检测相机的极大发展,使得人们在小样本低剂量样本条件下仍可获得接近原子分辨率级的三维结构...
关键词：冷冻电镜 双边滤波 受限玻尔兹曼机 
禽流感病毒HA蛋白与人受体的分子对接被引量：5
《物理化学学报》2017年第3期633-641,共9页邓迎春 柳青 黄强 
国家自然科学基金(91430112;31671386);NSFC-广东联合基金(第二期)超级计算科学应用研究专项;国家超级计算广州中心支持资助项目~~
血凝素(hemagglutinin,HA)是位于禽流感病毒表面的糖蛋白。在病毒感染过程中,HA与禽类宿主细胞表面受体结合,介导病毒膜与宿主核内体膜的融合,在传染过程中发挥关键作用。自然界中的禽流感病毒处于不断演化之中,其HA的禽受体结合位点常...
关键词：禽流感病毒 跨种传播 受体结合特异性 分子对接 结合自由能 
人类蛋白激酶组的多靶点分子对接系统被引量：2
《物理化学学报》2016年第9期2355-2363,共9页邓玉玲 余璐 黄强 
国家自然科学基金(30570406;91430112);国家高技术研究发展计划(863)(2008AA02Z311);上海市自然科学基金(13ZR1402400)资助项目~~
蛋白激酶在信号转导、基因转录和蛋白翻译等生物过程起关键性作用,因而与大量人类疾病密切相关。所以,蛋白激酶的抑制剂筛选是抗肿瘤药物开发的热点,正在向基于全激酶组的高通量多靶点筛选模式发展。为了降低大规模实验筛选的成本,提高...
关键词：蛋白激酶 激酶抑制剂 相互作用预测 同源模建 分子对接 
SpCas9结构域相互作用关键氨基酸的动态网络分析被引量：1
《计算生物学》2016年第3期50-61,共12页李干 王国栋 怀聪 黄强 
国家自然科学基金(91430112);NSFC-广东联合基金(第二期)超级计算科学应用研究专项资助。
CRISPR-Cas9系统是一种操作简单、灵活性好、识别和切割效率高的基因编辑技术,具有用于基因治疗的潜能。然而,由于该系统的主要组分Streptococcus pyogenes Cas9 (SpCas9)蛋白过大,难于向靶细胞运输,因而亟需构建截短体蛋白,以提高系统...
关键词：基因编辑 CRISPR-Cas9 结构域相互作用 分子动力学模拟 动态网络分析 
A型流感病毒基质蛋白M1的二聚化机制
《复旦学报（自然科学版）》2016年第3期388-395,共8页张一堪 曹密 刘建平 黄强 
国家自然科学基金(91430112);上海市自然科学基金(13ZR1402400)
流感病毒基质蛋白1(matrix protein 1,M1)位于病毒包膜之下,形成一层壳状结构(衣壳),可与病毒的血凝素、神经氨酸酶、包膜和病毒遗传物质发生相互作用,在病毒的组装与复制过程中起着关键作用.不过,除N端有晶体结构外,全长M1蛋白的结构...
关键词：A型流感病毒 基质蛋白M1 二聚化 分子建模 单颗粒三维重构 
基于吲哚-3-甘油磷酸合成酶结构的新型抗结核药物的筛选
《微生物与感染》2015年第4期221-227,共7页周涛 王菲菲 黄强 王洪海 沈洪波 
中国科学院重点部署项目(KSZD-EW-Z-006);上海市科委科技支撑项目(13431900103)
本研究通过同源建模方法,模拟结核分枝杆菌H37Rv来源的吲哚-3-甘油磷酸合成酶(IGPS)的结构,采用分子对接法,以IGPS结构为基础,从包含60 000种化合物的Maybridge化合物库中筛选出能与IGPS活性中心良好结合的化合物,并用抑菌实验等生物学...
关键词：吲哚-3-甘油磷酸合成酶 结核分枝杆菌 抑制剂 
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