沈一飞

作品数：4被引量：7H指数：2
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供职机构：中国科学技术大学计算机科学与技术学院更多>>
发文主题：LARPBS模型CELL生物序列基因组重排多序列比对更多>>
发文领域：自动化与计算机技术生物学更多>>
发文期刊：《小型微型计算机系统》《中国科学技术大学学报》《软件学报》更多>>
所获基金：国家高技术研究发展计划国家自然科学基金更多>>
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PRAM和LARPBS模型上有向序列翻转距离并行算法(英文)
《软件学报》2007年第11期2683-2690,共8页沈一飞 陈国良 张强锋 
No.60533020(国家自然科学基金重点项目)~~
分别在两种重要并行计算模型中给出计算有向基因组排列的反转距离新的并行算法.基于Hannenhalli和Pevzner理论,分3个主要部分设计并行算法:构建断点图、计算断点图中圈数、计算断点图中障碍的数目.在cREW-PRAM模型上,算法使用O(n^2)处理...
关键词：并行算法 光总线并行模型 反转距离 基因组重排 序列比较 CREW-PRAM模型 
基于纳米计算结构上的生物序列模体发现算法被引量：3
《小型微型计算机系统》2007年第4期635-639,共5页沈一飞 陈国良 张强峰 
国家自然科学基金项目(60533020)资助.
模体发现对于预测基因特殊功能位点和鉴别药物作用目标等有重要的应用价值.本文介绍了一种纳米计算平台系统结构模型—CellMatrix以及在其上实现的DNA序列模体发现算法.CellMatrix是一种针对纳米计算平台提出的由同构晶格组成的可重构...
关键词：纳米计算平台 模体发现 CELL MATRIX 
一种纳米计算结构上的(m,n)选择网络被引量：1
《中国科学技术大学学报》2006年第2期202-207,共6页鄢超 陈国良 宋彬 沈一飞 
国家"863"计划(2001AA111041;2002AA104560)资助
通过分析一种新的结构模型——Cell MatrixTM,以及在其上实现的(m,n)选择网络,在晶格结构上实现比较器单元,然后构建互连网络连接各级比较器,从而实现了平衡分组选择网络.实验用晶格开销数目和晶格延迟时间数来衡量算法实现的复杂度,给...
关键词：CELL Matrix^TM Batcher比较器 (m n)选择网络 平衡分组选择网络 
多序列比对问题的并行近似算法被引量：3
《中国科学技术大学学报》2005年第5期656-664,共9页宋彬 陈国良 鄢超 沈一飞 
国家"863"计划(2001AA111041;2002AA104560);中科院高标准高校建设项目
基于中心方法的思想,采用分治策略,在SIMD-CREW模型上设计了一个使用O(k2m)个处理器(其中k为序列个数,m为最长的序列长度),时间复杂度为O(m+logk)的并行近似算法.在实际情况中,由于logk远远小于m,相对于时间复杂度为O(m2k2)的串行中心方...
关键词：多序列比对 并行算法 SIMD-CREW LARPBS模型 SP比对 
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