宋彬

作品数:3被引量:5H指数:2
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供职机构:中国科学技术大学计算机科学与技术学院更多>>
发文主题:多序列比对双序列比对生物信息学启发式算法LARPBS模型更多>>
发文领域:自动化与计算机技术生物学更多>>
发文期刊:《中国科学技术大学学报》《广西大学学报(自然科学版)》更多>>
所获基金:国家高技术研究发展计划广西壮族自治区自然科学基金更多>>
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一种纳米计算结构上的(m,n)选择网络被引量:1
《中国科学技术大学学报》2006年第2期202-207,共6页鄢超 陈国良 宋彬 沈一飞 
国家"863"计划(2001AA111041;2002AA104560)资助
通过分析一种新的结构模型——Cell MatrixTM,以及在其上实现的(m,n)选择网络,在晶格结构上实现比较器单元,然后构建互连网络连接各级比较器,从而实现了平衡分组选择网络.实验用晶格开销数目和晶格延迟时间数来衡量算法实现的复杂度,给...
关键词:CELL Matrix^TM Batcher比较器 (m n)选择网络 平衡分组选择网络 
多序列比对问题的并行近似算法被引量:3
《中国科学技术大学学报》2005年第5期656-664,共9页宋彬 陈国良 鄢超 沈一飞 
国家"863"计划(2001AA111041;2002AA104560);中科院高标准高校建设项目
基于中心方法的思想,采用分治策略,在SIMD-CREW模型上设计了一个使用O(k2m)个处理器(其中k为序列个数,m为最长的序列长度),时间复杂度为O(m+logk)的并行近似算法.在实际情况中,由于logk远远小于m,相对于时间复杂度为O(m2k2)的串行中心方...
关键词:多序列比对 并行算法 SIMD-CREW LARPBS模型 SP比对 
生物序列比对算法分析与比较被引量:2
《广西大学学报(自然科学版)》2004年第3期214-221,共8页钟诚 宋彬 
广西自然科学基金(桂科自0339008);国家863计划(2001AA111041)
序列比对是生物信息学的一个非常重要的操作.它可以预测生物序列的功能、结构和进化过程等.文中首先介绍双序列比对的基本算法;接着分析和比较多序列比对的四个常用模型和三类算法以及并行比对算法;最后,给出一些研究问题.
关键词:生物信息学 双序列比对 多序列比对 精确算法 近似算法 启发式算法 
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