宋琳琳

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供职机构：上海交通大学生命科学技术学院更多>>
发文主题：下一代测序INDEL滑动窗口算法下一代评估系统更多>>
发文领域：生物学更多>>
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所获基金：上海市科学技术委员会基础研究重点项目国家高技术研究发展计划更多>>
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FIND:从下一代单端测序数据中快速查找Indel的方法
《现代生物医学进展》2010年第1期142-145,共4页宋琳琳 顾朝辉 韦朝春 
国家863计划(2009AA02Z310);上海市基础重点项目(08JC1416700)
目的:针对下一代测序数据,尤其是单端测序数据,研究快速、准确查找Indel的方法。方法:先与全基因组参考序列进行快速比对,筛选出包含Indel的序列;再对这些序列进行双向的二次比对,确定Indel长度;最后借助长度信息在锁定范围内查找Indel...
关键词：Indel查找 单端测序 下一代测序 滑动窗口算法 
Illumina-Solexa测序数据质量评估系统的构建
《现代生物医学进展》2009年第15期2899-2902,2912,共5页宋琳琳 顾朝辉 韦朝春 陈赛娟 
目的:针对下一代测序数据量大、序列长度短的特点,研究数据分析和质量评估方法。方法:选择已发布的Illumina-Solexa平台测序数据为研究对象,通过MAQ软件将测序数据与人类全基因组序列进行比对,并以外显子区域为例,在位点水平对测序数据...
关键词：下一代测序 Illumina-Solexa测序平台 MAQ比对软件 测序质量评估 
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