Tandem repeat查找方法比较  

Methods of Finding Tandem Repeat in String

作　　者：徐恒宇[1] 王镝[1] 王国仁[1] 郑若石[1] 

机构地区：[1]东北大学信息科学与工程学院,沈阳110005

出　　处：《计算机科学》2005年第10期172-175,192,共5页Computer Science

基　　金：教育部高等学校优秀青年教师教学科研奖励计划基金;国家自然科学基金(60273079)

摘　　要：Tandemrepeat在基因组成和进化中起到非常重要的作用,查找和分析Tandemrepeat已经成为当前生物信息学的一个前沿领域和研究焦点。目前在这一研究领域存在多类解决方法,主要有基于LZ分解技术的方法和最近兴起的基于后缀树索引的方法。本文选取了两种时间复杂度达到O(nlogn)数量级的代表性的方法,对这两种方法进行了全面的综述,并对它们的性能进行了系统的比较和分析。Tandem repeat takes such an important role in gene composition and evolution that the search and analysis of tandem repeat have become one of the front domain and research focus. There are multiple methods in recent works, mainly including two methods. One is based on LZ decomposition, and the other is based on suffix tree index. This paper summarize these two O（nlogn） methods and takes a thorough analysis and comparison of their performance.

关 键 词：TANDEM REPEAT LZ分解 后缀树 生物信息学 时间复杂度 基因组成 分解技术 数量级 后缀树 

分 类 号：TP301.6[自动化与计算机技术—计算机系统结构] Q811.4[自动化与计算机技术—计算机科学与技术]