不同折叠类型蛋白编码基因的密码子使用  

Codon usage in genes coding for proteins with different folding types

作　　者：顾万君[1] 马建民[1] 周童[1] 孙啸[1] 陆祖宏[1] 

机构地区：[1]东南大学吴健雄实验室,南京210096

出　　处：《东南大学学报（自然科学版）》2002年第3期362-366,共5页Journal of Southeast University：Natural Science Edition

基　　金：国家重大基础研究项目 (G19980 5 12 0 0 );国家自然科学基金资助项目 ( 6 95 2 5 10 2 )

摘　　要：对 1 95个编码不同折叠类型蛋白 (5 0种全α结构蛋白 ,6 6种全 β结构蛋白 ,3 7种α +β结构蛋白 ,42种α/β结构蛋白 )基因的密码子使用偏性的方差分析研究表明 ,不同折叠类型蛋白的密码子使用偏性有着显著的区别 .特定折叠类型的蛋白有着特定的编码基因的密码子使用模式 .这一结果表明 ,在蛋白质折叠类型和蛋白质二级结构的预测过程中 ,编码基因的密码子使用偏性可以作为蛋白质一级结构以外的一项重要的预测标准 .genes coding for proteins in four different folding types have been analyzed in terms of variance analysis,in which there are 50 genes coding for all α proteins,66 entries for all β proteins,37 entries for α+β proteins and 42 entries for α/β proteins.It has been observed that codon usage in different gene classes coding for different folding proteins is significantly different.Similar to amino acid propensities in different protein classes,folding type-specific proteins have specific codon usage patterns.With the help of codon usage pattern, the prediction of protein folding type and further prediction of protein secondary structure can be improved.

关 键 词：编码基因 密码子 蛋白质 折叠类型 二级结构 预测 方差分析 使用偏性 氨基酸 

分 类 号：Q51[生物学—生物化学]