基于分子对接的苯丙素甙(PPGs)类化合物的虚拟筛选和合理设计  

Virtual Screening and Rational Design of Phenylpropanoid Glycosides Analogues Based on Molecular Docking

作　　者：陈海峰[1] 高坤[2] 范波涛[3] 袁身刚[1] 贾忠建[2] 郑荣梁[4] PANAYE A DOUCET J.P 

机构地区：[1]中国科学院上海有机化学研究所计算机化学开放实验室,上海200032 [2]兰州大学化学化工学院应用有机国家重点实验室,兰州730000 [3]巴黎第七大学ITODYS研究所 [4]兰州大学生命科学院生物物理实验室,兰州730000

出　　处：《化学学报》2002年第10期1860-1866,共7页Acta Chimica Sinica

基　　金：国家基础研究发展规划 (No .G19980 5 1115 ) ;国家自然科学基金重点项目 (No.2 983 2 0 5 0 ) ;国家自然科学基金 (Nos. 2 9872 0 48;2 0 0 73 15 4) ;国家高性能计算基金 (No .995 0 7) ;国家自然科学基金有机化学创新群体项目 (QTProgram);国家烟草专卖局科

摘　　要：采用虚拟化合物生成法对抗肿瘤的苯丙素甙 (PPGs)类化合物进行了配体受体对接研究 .以三种不同的骨架结构为基础分别生成了五十个虚拟苯丙素甙 (PPGs)类化合物 ,并将它们与端粒DNA受体进行分子对接 ,分析已知结构的对接结果 ,通过虚拟筛选的方法得到了一批与受体相互作用能较高并且复合物能量较低的新的有潜力的活性化合物 .该方法可以弥补分子对接研究中 ,只能计算药物与受体的相互作用 ,无法有效设计新化合物的不足 .A novel approach for the design of phenylpropanoid glycosides (PPGs) analogues is presented. This approach combines virtual bioactive compound generation with molecular docking calculation. For the three types of phenylpropanoid glycosides scaffolds, 150 virtual PPGs analogues (50 for each M:)e respectively) are generated. Each generated structure is docked with telomere DNA receptor. By comparing with the docking results of verbascoside structure, a set of new PPGs analogues is selected. The analogues with high docking energy and their telomere DNA complexes with low energy are considered as promising candidates. The approach overcomes the shortcoming of docking study, which can only calculate the interaction energy of ligand and receptor, but can not efficiently design new compounds. The results show that the approach is a feasible way for the structure-based drug design.

关 键 词：虚拟筛选 虚拟化合物生成 苯丙素甙 分子对接 抗肿瘤药物 药物设计 药物筛选 

分 类 号：R914.2[医药卫生—药物化学]