上海生物信息技术研究中心

作品数：124被引量：327H指数：8
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发文作者：李园园韦朝春陆长德刘伟高军晖更多>>
发文领域：医药卫生自动化与计算机技术生物学文化科学更多>>
发文主题：基因组DNA提取基因组引物试剂盒高灵敏度更多>>
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1例KCNH2基因突变致长QT综合征病例分析
《儿科药学杂志》2023年第12期38-43,共6页林舒嘉 陈顺 林秋萍 赵小佩 徐萌 贾佳 肖婷婷 侯翠兰 谢利剑 
国家自然科学基金项目,编号82170518。
目的:探讨长QT综合征的致病基因及其基因突变与临床表型的相关性。方法:回顾分析1例可疑长QT综合征患儿的临床资料,并利用全外显子测序(WES)筛查可能导致长QT综合征的突变。利用致病性评分、遗传模式及Sanger测序验证突变。结果:基因检...
关键词：长QT综合征 KCNH2突变 全外显子测序 心源性猝死 生物信息学 
精准医学大数据管理和共享技术平台
《中国科技成果》2023年第2期22-24,共3页无 伯晓晨 钱庆 高歌 李伟忠 臧天仪 
国家重点研发计划项目“精准医学大数据管理和共享技术平台”(2016YFC0901600)。
医学临床数据和分子生物学基础数据的整合与注释是精准医学研究链条中的重要环节.项目面向精准医学数据共享和分析需要,建立精准医学临床数据与相关生物学基础数据的整合标准,整合精准医学临床大数据与分子生物学基础数据,开发自动、高...
关键词：大数据 数据共享 精准医学 基础数据 临床数据 信息整合 临床信息 分子生物学 
生物信息学方法预测病原体抗原蛋白序列中多肽疫苗候选表位被引量：1
《生命科学研究》2021年第4期363-371,共9页赵静静 澹小秀 王广志 欧阳俭 简星星 谢鹭 
国家自然科学基金资助项目(31870829)。
根据病原体抗原基因中具有免疫原性的表位氨基酸序列,通过化学合成技术可制备该病原体的多肽疫苗。相较于灭活和减毒疫苗,多肽疫苗因成分简单、特异性强、安全性高、易于保存等优点成为疫苗研发的重点。然而,特异有效的疫苗候选表位的...
关键词：生物信息学 多肽疫苗 候选表位 严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2) 
基于miRNA及临床指标的川崎病早期诊断评分体系研究被引量：1
《中国研究型医院》2021年第3期34-39,共6页宁倩倩 陈丽琴 宋思瑞 刘佳 李光 贾佳 丁国徽 黄敏 
上海申康医院发展中心临床科技创新项目(SHDC12016119);上海市科学技术委员会科研计划项目(17411954300);上海市卫生系统先进适宜技术推广项目(2019SY025);上海市儿童医院临床培育专项(2019YLYZ01)。
目的探讨小儿川崎病(KD)鉴别诊断模型的分子指标,结合实验室指标为临床早期诊断提供参考。方法研究为回顾性病例分析,搜集2018年2月至11月70例确诊为KD的患儿为观察组,同期选择72例因其他原因发热时间≥3 d的患儿为对照组。两组均采用...
关键词：黏膜皮肤淋巴结综合征 早期诊断 微RNAS 分子诊断技术 
TCR组库及其在肿瘤免疫中的应用前景与挑战被引量：5
《生命科学》2021年第4期466-471,共6页赵静静 简星星 王广志 澹小秀 谢鹭 
国家自然科学基金项目(31870829)。
TCR组库是指机体在特定时间内免疫循环中T细胞克隆的总和,其多样性程度与机体健康密切相关。借助免疫组库测序技术(immune repertoire sequencing, IR-seq),靶向扩增TCR抗原互补决定区(complementarity determining region, CDR) 1-3可...
关键词：T细胞受体 TCR组库 互补决定区 肿瘤免疫研究 
基于集成学习的肿瘤药物敏感性预测研究被引量：2
《中国医学物理学杂志》2021年第4期511-517,共7页黄鹏杰 林勇 张梦欢 吕琳 刘振浩 裴潇倜 许林锋 谢鹭 
国家自然科学基金青年科学基金(31800700);国家自然科学基金(31301092);上海市卫计委协同创新集群项目(2019CXJQ02)。
肿瘤药物敏感性预测对个性化精准用药具有重要意义。本文基于GDSC数据库通过Boosting集成学习构建了面向RNA-seq基因表达和癌症药物敏感性数据的预测模型。先将183种药物集分别做归一化处理和基因特征降维,接着用AdaBoost集成SVM的方法...
关键词：集成学习 肿瘤 药物敏感性预测 ADABOOST 富集分析 
补肾健脾方调节Myostatin/Atrogin-1通路拮抗大鼠骨骼肌蛋白降解的研究被引量：2
《时珍国医国药》2020年第7期1598-1600,共3页韩子秋 肖益添 吴谦 常岑 金晔华 龚张斌 
国家自然科学基金(81774019,81473583);上海市自然科学基金(16ZR1437400)。
目的从蛋白质降解角度探析补肾健脾方对地塞米松诱导骨骼肌萎缩的保护作用及其分子机制。方法 SD大鼠随机分为正常组、模型组、中药组、美雄酮组,每组6只。大鼠腹腔注射地塞米松(1 mg/kg·day)进行造模,同时实验组给予中药或美雄酮干预,...
关键词：补肾健脾 糖皮质激素 肌抑素 蛋白降解 骨骼肌萎缩 
免疫细胞浸润在非小细胞肺癌诊断与预后中的应用被引量：7
《生物工程学报》2020年第4期740-749,共10页万辉辉 刘振浩 澹小秀 王广志 徐勇 谢鹭 林勇 
免疫细胞浸润对癌症的诊断与预后有着重要意义。文中收集TCGA数据库已收录的非小细胞肺癌肿瘤与正常组织基因表达数据,利用CIBERSORT工具得到22种免疫细胞占比来评估免疫细胞浸润情况。以22种免疫细胞占比为特征,用机器学习方法构建了...
关键词：非小细胞肺癌 免疫细胞浸润 机器学习 随机森林 分类模型 LASSO回归 预后模型 
川崎病丙种球蛋白无反应型易感基因研究被引量：8
《临床儿科杂志》2019年第10期721-726,共6页陈丽琴 宋思瑞 张晗 宁倩倩 谢利剑 贾佳 肖婷婷 黄敏 
上海申康医院发展中心临床科技创新项目（SHDC12016119）;上海市国际科技合作基金项目（No.15410722900）;上海市科学技术委员会科研计划项目（No.17411954300）;上海交通大学医工交叉青年项目（YG2016QN41）
目的应用靶向测序技术探索川崎病(KD)丙种球蛋白无反应易感基因,筛选KD高危人群。方法选择2016年12月至2018年10月收治的190例KD患儿,其中静脉注射丙种球蛋白(IVIG)无反应33例、敏感151例,以及99例健康儿童。采集外周静脉血全基因组DNA...
关键词：川崎病 静脉滴注丙种球蛋白无反应 基因 
个性化肿瘤新抗原疫苗中抗原肽预测研究进展被引量：3
《生物化学与生物物理进展》2019年第5期441-448,共8页王广志 李雨雨 谢鹭 
国家自然科学基金资助项目(31870829)资助~~
失控的突变导致肿瘤的发生,其中某些非同义突变(错义、移码、融合)多肽,被蛋白酶体降解成短肽后被抗原提呈细胞(antigen-presenting cells,APCs)识别,呈递至引流淋巴结,符合主要组织相容性复合物(major histocompatibility complex,MHC...
关键词：肿瘤 新抗原肽 预测 疫苗 
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