代谢网络

作品数:238被引量:650H指数:12
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BP和概率神经网络预测微生物热稳定性的比较被引量:1
《江南大学学报(自然科学版)》2012年第6期637-641,共5页丁彦蕊 徐星宇 须文波 
国家自然科学基金项目(21001053);中央高校基本科研业务专项基金项目(JUSRP11126)
微生物的热稳定性与代谢网络的拓扑特征之间存在着密切的关系。分析了460个微生物的22个代谢网络拓扑特征,分别利用BP神经网络和概率神经网络建立分类模型,以比较两种算法预测微生物热稳定性的效果。通过分析隐层数目和扩展常数对分类...
关键词:BP神经网络 概率神经网络 代谢网络拓扑特征 热稳定性预测 
基于复杂网络理论的产甲烷常温菌和嗜热菌的代谢网络的拓扑与模块化的研究被引量:1
《计算机与应用化学》2012年第6期642-646,共5页陈璟 丁彦蕊 须文波 
国家自然科学基金资助项目(21001053);中央高校基本科研业务费专项资金资助(JUSRP11126)
近几年,复杂网络的研究正成为广泛关注的热点,代谢网络是复杂网络的一个例子。本文以产甲烷的常温古细菌Methanosarcina acetivorans(M.acetivorans)和嗜热古细菌Methanopyrus kandleri(M.kandleri)的代谢网络为对象,从拓扑参数以及模...
关键词:代谢网络 网络拓扑 网络功能 模块性 
基于AP算法的多物种同源功能模块挖掘算法被引量:1
《华中科技大学学报(自然科学版)》2012年第1期35-39,共5页赵建邦 高琳 
国家自然科学基金资助项目(60933009);高等学校博士学科点专项科研基金资助项目(200807010013);中央高校基本科研业务费专项基金资助项目(50510030006)
提出了一种多物种代谢网络同源功能模块的挖掘算法.依据物种间的亲缘关系,给出一种新的化合物相似度定义方式,使用AP算法进行模块的初始划分,然后按照模块的同源系数逐层进行重叠扩展.使用65种不同生物的代谢网络进行实验研究,结果表明...
关键词:代谢网络 数据挖掘算法 同源功能模块 重叠模块 相似度 
产甲烷常温菌和嗜热菌代谢网络特征的比较研究被引量:1
《计算机与应用化学》2011年第6期769-773,共5页陈璟 丁彦蕊 须文波 
国家自然科学基金资助项目(21001053);中央高校基本科研业务费专项资金资助(JUSRP11126)
以产甲烷的常温古细菌Methanosarcina acetivorans(MAC)和嗜热古细菌Methanopyrus kandleri(MKA)的代谢网络为研究对象,分析了网络的拓扑结构与功能之间的关联性。本文利用Networkx计算了代谢网络的度、度的中心性、紧密度中心性以及介...
关键词:代谢网络 古细菌 产甲烷菌 
产甲烷常温古细菌和嗜热古细菌代谢网络拓扑结构与功能间的关联性研究
《生命科学研究》2011年第3期189-194,共6页陈璟 丁彦蕊 须文波 
国家自然科学基金资助项目(21001053);中央高校基本科研业务费专项资金资助项目(JUSRP11126)
根据从KEGG数据库获得的产甲烷的常温古细菌Methanosarcina acetivorans(MAC)和嗜热古细菌Methanopyrus kandleri(MKA)的代谢网络,通过不同的网络属性特征的比较,发现常温古细菌MAC的代谢网络比嗜热古细菌MKA有更长的平均路径长度,...
关键词:代谢网络 古细菌 产甲烷菌 社团结构 模块性 GN算法 
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