赵建邦

作品数：6被引量：25H指数：4
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供职机构：西安电子科技大学计算机学院更多>>
发文主题：系统发生树子图同构频繁子图特征值代谢网络更多>>
发文领域：自动化与计算机技术生物学理学更多>>
发文期刊：《工程数学学报》《数学的实践与认识》《西北农林科技大学学报（自然科学版）》《电子学报》更多>>
所获基金：国家自然科学基金陕西省自然科学基金国家教育部博士点基金教育部留学回国人员科研启动基金更多>>
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基于AP算法的多物种同源功能模块挖掘算法被引量：1
《华中科技大学学报（自然科学版）》2012年第1期35-39,共5页赵建邦 高琳 
国家自然科学基金资助项目(60933009);高等学校博士学科点专项科研基金资助项目(200807010013);中央高校基本科研业务费专项基金资助项目(50510030006)
提出了一种多物种代谢网络同源功能模块的挖掘算法.依据物种间的亲缘关系,给出一种新的化合物相似度定义方式,使用AP算法进行模块的初始划分,然后按照模块的同源系数逐层进行重叠扩展.使用65种不同生物的代谢网络进行实验研究,结果表明...
关键词：代谢网络 数据挖掘算法 同源功能模块 重叠模块 相似度 
图模式挖掘中的子图同构算法被引量：4
《数学的实践与认识》2011年第13期105-112,共8页董安国 高琳 赵建邦 
国家自然科学基金(60933009);陕西省自然科学计划项目(SJ08-ZT15)
图模式挖掘问题在Web挖掘、生物信息学、社会关系等众多领域有广泛的应用,它涉及到子图的搜索以及子图的同构问题.这两个问题都具有相当高的计算复杂度,现有的子图同构问题大多采用最小编码算法,但对无标签图特别是对无标签无向图,该算...
关键词：图模式 频繁子图 子图同构 特征值 
一种用于生物网络数据的频繁模式挖掘算法被引量：6
《电子学报》2010年第8期1803-1807,共5页赵建邦 董安国 高琳 
国家自然科学基金重点项目(No.60933009);高等学校博士学科点专项科研基金(No.200807010013)
频繁模式挖掘是生物网络数据分析中的一个核心问题,对于研究生物网络的组织结构和功能模块具有重要意义.本文提出了子图环分布的概念并构造了子图搜索算法,提高了搜索效率.其次设计了动态抽样算法计算子图频率,用于提高非穷举搜索的精度...
关键词：生物网络 频繁模式 子图搜索 
基于环分布的频繁子图挖掘算法
《工程数学学报》2009年第6期977-984,共8页董安国 高琳 邱在秦 常安定 赵建邦 
国家自然科学基金(60574039);陕西省自然科学计划项目(SJ08-ZT15);长安大学科技发展基金(07J04)
频繁子图挖掘主要涉及到子图搜索和子图同构问题。对子图搜索问题,本文提出了环分布的概念,并构造了基于环分布的子图搜索算法;对子图同构问题,本文利用度序列和特征值构造了两种算法,分别用于对有向图和无向图的同构判别。利用同构算...
关键词：频繁子图 子图搜索 子图同构 特征值 度序列 
一种基于代谢路径构建系统发生树的有效方法被引量：4
《电子学报》2009年第8期1633-1638,共6页赵建邦 高琳 宋佳 
国家自然基金(No.60574039);博士科学点基金(No.200807010013);陕西省自然科学研究计划项目(No.SJ08-ZT150);教育部留学回国人员基金
构建系统发生树是研究物种起源和演化的重要手段.本文基于KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)代谢路径,引入图论的"核"概念,提出一种构建系统发生树的方法.首先解决在无数据丢失前提下,代谢路径数据的提取和表示问题,其次...
关键词：系统发生树 代谢路径 核方法 路径比对 
基于DNA序列的系统进化树构建被引量：10
《西北农林科技大学学报（自然科学版）》2008年第10期221-226,共6页董安国 高琳 赵建邦 呼加路 
国家自然科学基金项目(60574039和30670486);陕西省自然科学计划项目(SJ08-ZT15);长安大学科技发展基金项目(07J04)
【目的】利用生物DNA序列构建系统进化树,以分析生物的进化过程。【方法】利用最大似然估计原理,给出了构建系统发生树的模型和算法。分别建立了确定父节点的ML模型、确定进化时间的ML模型以及保守概率与相似度关系模型;并通过递推,逐...
关键词：DNA序列 系统进化树 最大似然估计 进化时间 
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