基因组SSR

作品数：49被引量：324H指数：11
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闽楠基因组SSR的开发及其通用性分析
《分子植物育种》2024年第23期7764-7773,共10页熊远芳 江淑珍 连辉 刘丹 李煜 叶宝鉴 陈世品 
福建省林木种苗科技攻关六期项目(KLB19003A)资助。
本研究以闽楠优良基因型为供试材料,利用IlluminaMiSeq测序平台对SSR富集文库进行高通量测序,共获得5178284条序列,数据过滤后得到4758764个高质量reads。通过MISA软件搜索到1590126个SSR位点,SSR特征分析表明闽楠SSR的优势重复类型为...
关键词：闽楠(Phoebe bournei) 高通量测序 SSR 通用性 
粳稻基因组SSR偏好性分布研究
《西南农业学报》2024年第5期936-943,共8页高建明 桂枝 施利利 赵飞 
天津市农业产学研用“揭榜挂帅”项目(JBGG202210)。
【目的】旨在分析简单重复序列(Simple sequence repeat, SSR)在粳稻(Oryza sativa ssp japonica)基因组中的分布偏好性。【方法】采用生物信息学的方法搜索和分析粳稻全基因组中SSR在基因座5′侧翼区、3′侧翼区、外显子区和内含子区...
关键词：微卫星 水稻 分布偏好 5′侧翼区 外显子区 
紫菜薹线粒体基因组SSR分布特征的比较分析
《福建农业学报》2024年第1期49-56,共8页肖婉钰 周贤玉 任海龙 黄红弟 郑岩松 张晶 许东林 
2022年省级乡村振兴战略专项资金种业振兴项目(2022-NPY-03-001);广东省农业科技创新及推广项目(2023KJ133)。
【目的】分析紫菜薹(Brassica rapa var.purpuraria)线粒体基因组SSR序列的分布特征,并与芸薹属主要物种进行比较,为紫菜薹SSR分子标记的开发及遗传进化研究提供参考。【方法】利用MISA软件对紫菜薹及芸薹属6个基本种(包括白菜3个变种)...
关键词：紫菜薹 芸薹属 线粒体 SSR 
广藿香基因组SSR分子标记开发与种质遗传多样性分析被引量：1
《基因组学与应用生物学》2023年第11期1159-1171,共13页张丹华 龚丽珍 庄洁旋 邹璇 王小兵 詹若挺 陈立凯 
广东省重点领域研发计划(2020B020221001);广东省自然科学基金(2019A1515011542、 2023A1515030194);广东省现代南药产业技术体系创新团队项目(2023KJ148);云浮市2023年中医药(南药)产业创新团队项目(202301)共同资助。
本研究基于广藿香(Pogostemon cablin)全基因组信息,开发广藿香SSR分子标记,筛选和验证开发的SSR分子标记的有效性和多态性,并以此开发一种能够简单快速并有效鉴定广藿香样品的SSR分子标记,分析广藿香资源的遗传多样性,构建广藿香DNA分...
关键词：广藿香 SSR分子标记 遗传多样性 群体遗传结构 
蓝莓基因组SSR分子标记开发
《浙江农业科学》2023年第6期1503-1506,共4页王利平 沈颖 陈荣锋 焦云 
宁波市科技局农业重大项目(2016C11009)。
基于蓝莓(Vaccinium spp.)基因组DNA开发简单重复序列(simple sequence repeats, SSR)分子标记25对,并采用17份蓝莓试材评价其多态性,结果表明,上述SSR位点的等位基因数量介于3~9个,平均等位基因数约为4.96个,信息指数平均值为1.055 2...
关键词：蓝莓 基因组 SSR 分子标记 
光皮树基因组SSR特征分析被引量：2
《分子植物育种》2023年第5期1618-1623,共6页周文才 唐山 何小三 李进 贺义昌 左继林 龚春 
江西省重点研发项目(20202BBFL63018);江西省林业科技创新项目(创新专项[2019]22号)共同资助。
光皮树是重要的木本油料树种,为了探究光皮树的遗传背景,本研究利用高通量测序技术对光皮树基因组进行了测序,并利用MISA软件开展SSR位点信息搜索和分析,共检索到重复单元长度为2~6个核苷酸的SSR位点200 558个,SSR的发生频率为15.27%,...
关键词：光皮树(Swida wilsoniana) SSR 基因组 重复类型 
观赏樱属植物基因组SSR分子标记开发及鉴定被引量：3
《分子植物育种》2022年第24期8160-8169,共10页李水根 关媛 李秀芬 朱继军 李记开 朱建军 
上海市种业发展项目(沪农科种字[2017]第1-6号);上海市市级农口系统青年人才成长计划项目(沪农青字[2018]第1-9号)共同资助。
为了开发樱属植物的基因组SSR(简单重复序列)分子标记,本研究在IlluminaNovaSeq PE平台上进行喜马拉雅樱花(Cerasus cerasoides)基因组序列勘测。利用Perl脚本MISA识别微卫星序列,并随机合成100对引物进行引物多态性筛选。选择易扩增、...
关键词：喜马拉雅樱花 基因组SSR 微卫星 分子标记 遗传多样性 
基于黄花蒿低覆盖度高精度基因组SSR分子标记开发被引量：2
《分子植物育种》2022年第18期6087-6096,共10页贺文瑞 廖保生 沈晓凤 郭帅 廖雪娇 梁毓 孟莹 徐江 陈士林 
国家自然科学基金委-贵州喀斯特中心项目(U1812403-1)资助。
不同产地黄花蒿品质差异较大,因此开发黄花蒿特异性分子标记对于筛选鉴定优质种源具有重大意义。本研究结合形态标记及化学计量学对相同环境下不同种源黄花蒿的特征进行统计分析;再利用Krait软件对黄花蒿不同覆盖度CCS数据及全基因组进...
关键词：黄花蒿(Artemisia annua Linn.) 基因组 环形一致性序列 SSR分子标记 重复基元 
金花菜与苜蓿属主要物种基因组SSR分布特征的比较分析被引量：3
《新疆农业科学》2022年第9期2217-2223,共7页周勃 任海龙 张龑 高强 徐麟 邹集文 
海南省自然科学基金(319QN264);广州市级财政补助资金农业农村项目(20101292);广州市支农资金项目(穗农办【2021】12号)。
【目的】分析金花菜基因组SSR序列的分布特征,并与苜蓿属主要物种进行比较,为金花菜SSR分子标记的开发提供理论依据。【方法】利用MISA软件对金花菜、蒺藜苜蓿和紫花苜蓿的高质量基因组进行搜索,比较分析搜索到的SSR序列分布特征。【结...
关键词：金花菜 蒺藜苜蓿 紫花苜蓿 基因组 SSR 
刀状黑黄檀基因组特征与种群遗传变异分析被引量：2
《林业科学研究》2022年第4期44-53,共10页刘宇 郑勇奇 李长红 林富荣 黄平 
国家自然科学基金项目(31761143002);国家林业与草原种质资源库(2005DKA21003)。
[目的]本研究旨在分析刀状黑黄檀基因组基本特征,发掘一套多态性好、重现性高的基因组SSR分子标记并用于评估其野生种群遗传变异程度。[方法]利用二代测序(NGS)方法初步评估刀状黑黄檀基因组大小、杂合度和重复序列;利用MISA对基因组上...
关键词：刀状黑黄檀 下一代测序技术 基因组SSR 多态性 遗传多样性 
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