RNA二级结构预测

作品数：58被引量：116H指数：7
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相关期刊：《生物物理学报》《浙江树人大学学报（自然科学版）》《计算机研究与发展》《软件学报》更多>>
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基于离散Hopfield网络求解极大独立集的茎区选择算法以及在RNA二级结构预测中的应用被引量：7
《计算机学报》2008年第1期51-58,共8页刘琦 张引 叶修梓 俞荣栋 
提出了一种利用离散Hopfield网络求解图论极大独立集的启发式算法,并将其应用于RNA二级结构的茎区选择和预测当中.算法通过映射RNA序列的茎区为无向图中的节点,将预测RNA二级结构的问题转化为求解图的极大独立集的问题.定义了合理的能...
关键词：RNA 二级结构 极大独立集 离散HOPFIELD神经网络 茎区 
面向FPGA的RNA二级结构预测并行算法研究被引量：2
《计算机学报》2006年第2期233-238,共6页徐琳 李晓民 谭光明 刘新春 卜东波 冯圣中 孙凝晖 
中国科学院知识创新工程重大项目基金(KSCX2-SW-223);国家自然科学基金(60403025)资助~~
动态规划是RNA二级结构预测最主要的算法,文中提出一种对动态规划矩阵采用分块技术的细粒度并行算法,通过对数据依赖关系的分析,引入了流水的策略,提高了算法的效率.在时钟模拟器上验证了算法的正确性,获得了一系列关于并行加速比、空...
关键词：RNA 二级结构预测 FPGA 并行 流水 
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