SSR位点

作品数：145被引量：909H指数：17
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基于麦冬转录组数据的SSR序列特征分析及引物设计
《西北农业学报》2025年第2期300-308,共9页王钧 戴维 赖强龙 叶坤浩 陈杰 冯伦 刘媛 何爱坪 赵丹 
四川省科技计划项目(2021YFYZ0012,2021ZHFP0118);中央本级重大增减支项目:名贵中药资源可持续利用能力建设项目(2060302);财政部和农业农村部:国家现代农业产业技术体系(CARS-21);绵阳市农业科学研究院创新基金(Cxjj89)。
采用高通量测序技术获得了麦冬转录组53466条Unigenes,并通过序列分析识别出35832个SSR位点,分布于24539条Unigenes上,SSR出现频率高达67.02%,平均分布距离为4.88 kb。对包含SSR位点的24539条Unigenes进行GO和KEGG注释,结果显示主要集...
关键词：麦冬 转录组 SSR位点 引物设计 
基于黑莓果实转录组数据的SSR位点特征分析
《分子植物育种》2025年第4期1132-1139,共8页吴雅琼 张春红 杨海燕 闾连飞 李维林 吴文龙 
江苏省自然科学青年基金项目(BK20210165);国家自然科学基金项目(32101566);江苏省中科院植物研究所博士人才科研启动基金项目(JIBTF202105)共同资助。
黑莓(Rubus spp.)是蔷薇科(Rosaceae)悬钩子属(Rubus)重要经济林小浆果树种,其果实含有丰富的营养物质,具有重要的经济和药用价值。本研究以黑莓‘Chester’果实为试验材料获得转录组序列数据,基于转录组数据分析简单重复序列(SSR)位点...
关键词：黑莓 转录组 SSR位点 
资源植物黑老虎的比较叶绿体基因组学研究
《南京林业大学学报(自然科学版)》2024年第6期71-78,共8页翟学昌 彭丽 颜海飞 朱柯帆 张淑燕 张彩云 鲁显楷 
江西省教育厅科学技术研究项目(171271)
【目的】发掘我国重要资源植物黑老虎(Kadsura coccinea)的叶绿体基因组高变异区域及SSR变异位点,为其遗传多样性及种质资源评估奠定基础。【方法】获取5个黑老虎个体的叶绿体基因组,通过基因注释,采用生物信息学方法开展核苷酸多态性...
关键词：黑老虎 质体基因组 遗传多样性 SSR位点 系统发育 
茄子果皮转录组SSR位点分析及标记开发
《北方园艺》2024年第21期1-8,共8页王宏 聂智星 杨舒桓 邵志勇 王同林 郑积荣 
杭州市市院合作资助项目(杭农[2021]58号);杭州市农业科学院科技创新与示范推广基金资助项目(2022HNCT-02);浙江省农业(蔬菜)新品种选育重大科技专项资助项目(2021C02065);杭州市农业与社会发展科研引导资助项目(20220919Y158)。
以茄子(Solanum melongena L.)果皮样品转录组的36568条转录本为试材,采用MISA(MicroSAtellite)软件进行SSR位点搜索,研究SSR位点的分布频率和特征,同时利用Primer 3.0软件对检索出的SSR位点设计引物,验证引物有效性,以期为茄子的种质...
关键词：茄子(Solanum melongena L.) 果皮转录组 SSR位点 标记开发 
黄连转录组SSR位点信息分析及分子标记开发
《中草药》2024年第19期6713-6720,共8页崔亚杰 史荷凤 聂广楼 廖海迪 李学刚 庞蕾 
国家重点研发计划项目(2022YFD1201600)
目的 探究黄连Coptis chinensis转录组中简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)位点信息,进而开发可用于黄连资源遗传多样性评价的SSR分子标记。方法 采用MISA软件对黄连叶片转录组获得的93 629条Unigene进行SSR位点数据挖掘,利用Pr...
关键词：黄连 转录组 简单重复序列 分子标记 多态性 
茶树基因组SSR位点挖掘及荧光标记开发
《分子植物育种》2024年第17期5670-5691,共22页李栋梁 周颖怡 王景飞 张雯婷 汤适 曾繁敬 郝心愿 
海南省自然科学基金面上项目(320MS115);三亚中国农业科学院国家南繁研究院2022年“南繁专项”(YYLH03);海南省农业科学院院本级科研项目(HAAS2022KJCX03)共同资助。
基于NCBI数据库公开的茶树‘舒茶早’(Camellia sinensis var.'Shuchazao')全基因组序列,通过MISA在线分析工具挖掘SSR位点,并使用Primer 3.0软件批量开发设计引物,随机挑选引物检测有效性,采用荧光标记毛细管电泳技术验证筛选多态性较...
关键词：茶树(Camellia sinensis) 全基因组 SSR标记 引物多态性 
大叶黄精转录组中SSR位点信息分析
《北方园艺》2024年第14期104-109,共6页万小林 粱思琪 崔令军 肖强 
国家自然科学基金资助项目(31260057);黄精黄酮合成分子机制解析与优质种质资源创新资助项目(2023AFD077);湖北省科技厅技术创新重大专项资助项目(2019ACA120)。
以大叶黄精转录组所获得的51704条Unigenes为试材,采用MISA软件检索出大叶黄精的SSR位点,并利用Primer 3软件对检索到的SSR基序进行引物设计,研究了大叶黄精的SSR特征,以期为大叶黄精SSR分子标记的开发与应用提供参考依据。结果表明:大...
关键词：大叶黄精 转录组 SSR 
油茶基因组SSR位点挖掘及遗传多样性分析被引量：2
《作物杂志》2024年第3期23-31,共9页代涵 申铁 石桃雄 黎瑞源 
贵州师范大学2017年度学术新苗培养及创新探索专项(黔科合平台人才[2017]5726-18);贵州省科技计划项目(黔科合基础[2017]1126);油茶分子设计育种和绿色丰产关键技术创新与应用(黔科合支撑[2022]重点017号)。
利用NCBI数据库中油茶(Camellia oleifera Abel)全基因组序列挖掘SSR位点,并基于Primer 3.0软件设计引物,筛选多态性较高的引物进行遗传多样性的评价。以油茶全基因组序列数据为基础,检测1 661 881个SSR位点,总长为2 889 508 820 bp,发...
关键词：油茶 基因组 SSR 种质资源 遗传多样性 
基于焦河蓝蛤全长转录组的SSR位点筛选及特征分析
《海洋渔业》2024年第3期316-324,共9页吴明钰 姜波 何京 何琳 林志华 
浙江省重点研发计划(2022C02027);浙江省“三农九方”农业科技协作计划项目(2022SNJF063);宁波市公益性科技计划项目(2022S164)。
为了全面了解焦河蓝蛤(Potamocorbula ustulata)转录组中SSR的分布特点,充分开发SSR分子标记用于实践,使用Illumina RNA-Seq技术和SMRT技术对焦河蓝蛤进行全长转录组测序,利用MISA软件筛选并分析SSR位点的分布规律及组成特征。结果显示...
关键词：焦河蓝蛤 全长转录组 SSR 
基于转录组的3种缬草SSR位点信息比较分析
《江苏农业学报》2024年第5期796-805,共10页王鑫 武俊达 姜玲玲 周景瑞 吕中允 罗文菊 艾蓉 舒福兴 许浩翔 冉江 雷露 钟学志 余波 
贵州省科技计划项目[黔科合支撑(2020)4Y116号];贵州省农业农村厅项目(GZCYTX2023-0302)。
为研究3种缬草SSR分子标记的差异,开发相应的引物用于缬草的鉴定及分子育种。本研究采用Excel和MISA软件对3种缬草转录组中SSR位点数据进行分析,利用Primer 3.0软件随机设计SSR引物,并进行PCR扩增及琼脂糖凝胶电泳验证引物的有效性和SS...
关键词：缬草 SSR位点 转录组 PCR 
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