INDEL

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基于转录组测序筛选半番鸭性腺分化候选基因
《中国家禽》2025年第5期17-24,共8页杨宇 叶胜强 翟明丽 李雪莲 童新红 李中心 徐小娟 龚萍 
国家水禽产业技术体系(CARS-42-28);“动物胚胎工程及分子育种”湖北省重点实验室开放课题(KLAEMB-2022-03)。
为筛选到更多与禽类性腺分化相关的候选基因,研究收集半番鸭、金定鸭和番鸭在1/2胚胎期雌性和雄性性腺组织样品进行RNA-seq测序,通过转录组测序分析半番鸭和亲本性腺分化过程中SNP、Indel位点以及可变剪接事件,对获取的SNP和InDel位点...
关键词:转录组 番鸭 性别分化 性腺 可变剪接 SNP/Indel 
玉米纯度高通量InDel快速检测体系的建立
《玉米科学》2025年第4期42-48,共7页胡丽萍 彭飞飞 许理文 田红丽 张茗起 葛建镕 王蕊 王凤格 
海南省重点研发项目(ZDYF2023XDNY077);北京市农林科学院科技创新能力建设专项项目(KJCX20230301)。
为实现玉米品种纯度高效准确鉴定,通过建立快速DNA提取方案常温研磨法及适配的多重扩增体系,构建玉米纯度高通量InDel快速检测方案。结果表明,与对照碱煮法相比,常温研磨法提取的DNA在琼脂糖凝胶电泳中显示清晰条带,玉米纯度InDel引物...
关键词:玉米 INDEL标记 高通量 快速 纯度 
基于InDel标记的辣椒杂交组合THI-P-10×P5114种子纯度鉴定
《蔬菜》2025年第4期26-32,共7页高升华 周克贵 尹延旭 李宁 徐凯 王小迪 詹晓慧 陈卫芳 袁伟玲 姚明华 王飞 
湖北省重点研发计划项目(2022BBA0066);湖北省支持种业高质量发展资金项目(HBZY2023B004);武汉市科技重大专项(2022021302024852)。
辣椒杂交一代优良组合THI-P-10×P5114具有中熟、椒条顺直、肉厚、味辣、兼抗多种病害和品质佳等特性。为了提高该杂交组合种子纯度鉴定效率,建立基于插入缺失长度多态性(InDel)标记的种子纯度鉴定方法,以杂交组合THI-P-10×P5114及其母...
关键词:辣椒 INDEL 分子标记 种子纯度 鉴定 杂交一代 基因组 
基于重测序紫花苜蓿高蛋白、高产关联InDel分子标记开发
《草业学报》2025年第4期137-149,共13页冯雅琪 陈嘉慧 张静妮 隋超 陈基伟 刘志鹏 周强 刘文献 
农业生物育种国家科技重大专项,国家自然科学基金项目(32441032,32271748);财政部和农业农村部:国家现代农业产业技术体系资助。
随着高通量测序技术的迅猛发展,测序成本大幅降低,测序速度和数据质量均得到了显著提升,极大地推动了紫花苜蓿基因组的深入研究,进而也为紫花苜蓿不同性状关联的分子标记开发提供了重要基础信息。插入/缺失(insertion/deletion,InDel)...
关键词:紫花苜蓿 InDel分子标记 产量 品质 
‘玉环柚’与‘早玉文旦’果实转录组测序SSR、SNP和Indel标记分析
《西北农业学报》2025年第4期667-675,共9页王罗云 孙立方 徐建国 聂振朋 黄秀 崔长江 柯甫志 
浙江省农业新品种选育重大专项—柑橘新品种选育项目(2021C02066-1);浙江省“三农九方”科技协作计划项目(2024SNJF023);台州市科技计划项目(22nya06、23nya16);黄岩院地合作项目。
为分析‘玉环柚’和‘早玉文旦’转录组中SSR、SNP和Indel位点的分布特征和差异,以期开发出更多鉴定‘玉环柚’和‘早玉文旦’遗传差异的分子标记,丰富柚类植物的特异DNA分子标记库。本研究以‘玉环柚’和‘早玉文旦’为材料,在果实发育...
关键词:‘玉环柚’ ‘早玉文旦’ 转录组 SSR SNP INDEL 
玉米氮吸收性状相关NPF家族基因挖掘及InDel分子标记开发
《江苏农业学报》2025年第3期445-456,共12页罗春梅 赵晨旭 余海兵 赵涵 周玲 
国家自然科学基金项目(32272133、32372031、32101644);江苏省种业振兴“揭榜挂帅”项目[JBGS(2021)012];江苏省重点研发计划(现代农业)项目(BE2022343)。
玉米作为中国的第一大粮食作物,在保障中国粮食安全方面的作用重大。在玉米生长发育过程中氮肥是重要的肥力因素,然而近些年氮肥的大量投入也造成了一系列环境问题。对于这些问题,利用分子标记辅助育种,充分发挥氮素的利用效率是一种环...
关键词:玉米 氮高效吸收 功能标记 InDel分子标记 
杨梅种质资源InDel标记开发及与熟期的关联分析
《植物遗传资源学报》2025年第3期575-588,共14页焦云 高中山 汪国云 陈方永 姚小映 周超超 
宁波市现代种业专项(2021Z008);宁波市特色园艺作物品质调控与抗性育种重点实验室开放课题基金(NBYYL2023002)。
InDel标记已广泛用于果树分子标记辅助育种等研究领域,然而针对我国传统特色果树杨梅的相关研究报道甚少。本研究通过103份杨梅核心种质全基因组重测序及生物信息学分析,共获得了大小分布在1~50 bp范围内的25831个InDel。不同染色体上的...
关键词:杨梅 INDEL 重测序 关联分析 成熟期 
依据云南栘[木衣]种子萌发至成苗期间转录组的SSR、SNP及InDel特征
《东北林业大学学报》2025年第2期52-57,74,共7页张浩 田金红 王大玮 李菊彩 
国家自然科学基金项目(32060350);云南省基础研究重点项目(202401AS070042);云南省万人计划青年拔尖人才专项(YNWR-QNBJ-2020-230)。
依据云南栘[木衣](Docynia delavayi(Franch.)Schneid.)种子萌发至成苗期间的转录组数据,分别使用MISA、GATK3软件对SSR、SNP、InDel位点进行挖掘并进行特征分析。结果表明:从转录组数据的63782个非冗余基因序列(unigene)中,共挖掘出76...
关键词:云南栘[木衣] 种子萌发至成苗期间 转录组 SSR SNP INDEL 
常染色体InDel标记的法医物证应用与研究进展
《中国法医学杂志》2024年第6期724-729,共6页李智敏 姚以宁 周芷菡 季琪琪 谢建辉 
国家自然科学基金面上项目(82171875)。
插入/缺失多态性(Insertion/deletion,InDel)标记是基因组中一类广泛分布的长度多态性遗传标记,兼具STR和SNP的特点。InDel标记可应用于降解生物检材的个体识别、复杂亲缘关系鉴定等工作,可通过个体族源推断以缩小侦查范围,在法医物证...
关键词:法医物证学 插入/缺失多态性 降解检材 族源推断 Multi-InDel 多等位基因InDel 
花生全基因组变异的鉴定和InDel标记的开发及应用
《植物遗传资源学报》2024年第12期2136-2148,共13页张雪姣 季木灯 王丽媛 李启彪 徐磊 江日东 徐志军 
海南省自然科学基金项目(321QN348);中央级公益性科研院所基本科研业务费专项(1630102024002,1630102023001)。
利用13个花生品种的重测序数据进行花生全基因组变异鉴定,分析InDel在花生基因组上的分布特点,开发、验证并评估InDel标记在花生亲缘关系和品种鉴定中的效率。结果表明,从13个花生品种中共检测到313432个高质量SNP和38777个高质量InDel...
关键词:花生 全基因组变异 INDEL 分子标记 遗传多样性 
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