MM-GBSA

作品数：8被引量：16H指数：3
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相关机构：山东师范大学兰州大学中国科学院生态环境研究中心中国科学院更多>>
相关期刊：《Journal of Cancer Metastasis and Treatment》《合成化学》《生态毒理学报》《Science China Chemistry》更多>>
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基于计算机辅助药物设计的VEGFR2和PD-L1双靶点抑制剂的筛选
《合成化学》2023年第5期321-328,共8页郑伟 童荣生 何俊 师健友 
国家自然科学基金资助项目(2073311)。
肝细胞癌(HCC)是世界上最具侵袭性的实体恶性肿瘤之一,尽管近几十年来在肝切除术、射频消融和肝移植等方面取得了显著进展,但HCC患者的愈后仍不乐观,主要原因是HCC的高复发率和转移率以及该疾病对化疗和靶向治疗的耐受性。VEGFR2和PD-L...
关键词：VEGFR2 PD-L1 双靶点 计算机辅助药物设计 虚拟筛选 MM-GBSA QSAR 
Anticancer,antioxidant,and antimicrobial properties of solvent extract of Lobophora variegata through in vitro and in silico studies with major phytoconstituents
《Food Bioscience》2022年第4期718-732,共15页Nithya Palaniappan Balamuralikrishnan Balasubramanian Malaisamy Arunkumar Karthika Pushparaj Kannan R.R.Rengasamy Viji Maluventhen Murugan Pitchai Jowaher Alanazi Wen-Chao Liu Arumugam Maruthupandian 
Seaweeds possess a wide range of bioactive compounds which have been play a vital role in production of novel pharmaceutical and nutraceutical products resources.The present study employed in silico molecular docking ...
关键词：Brown seaweed ANTIOXIDANT Antibacterial Biofilm HT-29 cell line GLIDE docking MM-GBSA 
Bulbine frutescens phytochemicals as novel ABC-transporter inhibitor:a molecular docking and molecular dynamics simulation study被引量：1
《Journal of Cancer Metastasis and Treatment》2021年第1期20-32,共13页Prem Prakash Kushwaha Santosh Kumar Maurya Amit Singh Kumari Sunita Prajapati Atul Kumar Singh Mohd Shuaib Shashank Kumar 
support from the Indian Council of Medical Research(ICMR),India in the form of ICMR Senior Research fellowship.SK acknowledges the University Grants Commission(UGC),India and Department of Science and Technology(DST),India for providing financial support in the form of UGC-BSR Research Start-Up-Grant[No.F.30-372/2017(BSR)]and DST-SERB Grant(EEQ/2016/000350)respectively.SK also acknowledges DST,India for providing the Departmental DST-FIST grant to the Department of Biochemistry,Central University of Punjab,India.AKS and MS acknowledges CSIR and ICMR,India funding agencies respectively for providing financial assistance in the form of a Senior Research Fellowship.KSP acknowledge DBT,India funding agencies for providing financial assistance in the form of Junior Research Fellowship.
Aim:The present in silico study aimed to evaluate the ATP-binding cassette(ABC)transporter inhibition potential of Bulbine frutescens(B.frutescens)phytochemicals.Methods:Several previous studies and databases were use...
关键词：Cancer drug resistance ABC-TRANSPORTER natural inhibitors Bulbine frutescens MM-GBSA 
p,p'-DDE与雄激素受体突变体H874Y及T877A激动性作用机制的理论研究被引量：1
《生态毒理学报》2017年第3期214-224,共11页朱婧涵 薛峤 刘娴 张爱茜 
国家自然科学基金(21621064;21507152);中国科学院战略性先导科技专项课题(XDB14030500)
1,1-二氯-2,2-双(对氯苯基)乙烯(p,p'-DDE)是一种已知的雄激素受体(androgen receptor,AR)拮抗剂。有趣的是,已有研究证实p,p'-DDE同时可经由作用于AR的2种天然突变体H874Y和T877A产生拟雄激素效应,但其相互作用的分子机制尚不清晰。本...
关键词：p p'-DDE 雄激素受体突变体H874Y 雄激素受体突变体T877A 分子动力学 MM-GBSA 
对特辛基苯酚干扰雌激素受体作用的分子基础及其对ERβ亚型选择性结合的理论研究被引量：4
《生态毒理学报》2016年第2期194-200,共7页朱婧涵 薛峤 张爱茜 
国家自然科学基金(21507152;21277164);中国科学院战略性先导科技专项课题(XDB14030500);国家高技术研究发展计划(863计划)(2013AA065201)
对特辛基苯酚(4-tert-octylphenol,PTOP)是一种环境内分泌干扰物。已有研究发现虽然其能够直接与雌激素受体(estrogen receptor,ER)的两种亚型(ERα,ERβ)结合并产生干扰效应,但其结合能力却各不相同,PTOP对ERβ表现出更强的结合活性。...
关键词：雌激素受体Α 雌激素受体Β 对特辛基苯酚(PTOP) 分子动力学 MM-GBSA 
乙酰乳酸合成酶与抑制剂ZJ0777及CIE的分子对接和分子动力学模拟被引量：1
《浙江大学学报（理学版）》2015年第6期709-713,725,共6页汪冒君 宣南霞 吴军 
公益性行业(农业)科研专项(201403030);国家自然科学基金资助项目(31471807)
乙酰乳酸合成酶(Acetohydroxyacid synthase,AHAS)是植物和微生物体内3种支链氨基酸生物合成过程中影响第1阶段的关键性酶,已被广泛证实为除草剂的靶标.ZJ0777是一种新型的除草剂,具有与传统商业除草剂相当的除草活性,且具有低毒、低残...
关键词：乙酰乳酸合成酶 ZJ0777 分子对接 分子动力学模拟 MM-GBSA 
HIV-1蛋白酶与抑制剂结合中桥接水分子作用的QM/MM研究被引量：4
《山东科学》2010年第1期1-5,共5页张玉新 张少龙 张庆刚 
国家自然科学基金(10874104);山东省自然科学家基金(Z2007A05)
对HIV-1蛋白酶与抑制剂2AH和4AH结合的两个复合物体系进行了水溶液环境下量子力学分子力学混合方法(hybrid QM/MM)的1ns分子动力学模拟,用MM-GBSA方法得到桥接水分子W301与HIV-1蛋白酶和抑制剂结合体的结合自由能分别为-24.93 kJ/mol和-...
关键词：HYBRID QM/MM方法 AM1方法 W301水分子 结合自由能 MM-GBSA 
Insight into herbicide resistance of W574L mutant Arabidopsis thaliana acetohydroxyacid synthase:molecular dynamics simulations and binding free energy calculations被引量：5
《Science China Chemistry》2010年第1期91-102,共12页YU ZhiHong,WEN Xin & XI Zhen State Key Laboratory of Elemento-Organic Chemistry Department of Chemical Biology,Nankai University,Tianjin 300071,China 
supported by the National Natural Science Foundation of China (Grant Nos.20432010, 20421202, and 90713011);the National Key Project for Basic Research (Grant Nos.2008DFA30770 and 2010CB126102);Key Project of Ministry of Education,China (Grant No.104189) and Institute of Scientific Computing (ISC) of Nankai University
Acetohydroxyacid synthase(AHAS) is the target enzyme of several classes of herbicides,such as sulfonylureas and imidazolinones.Now many mutant AHASs with herbicide resistance have emerged along with extensive use of h...
关键词：SULFONYLUREA herbicides acetohydroxyacid synthase W574L mutant herbicide resistance molecular dynamics simulations binding free energy calculation MM-GBSA 
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