蛋白质结构预测

作品数：225被引量：488H指数：9
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河海图结构蛋白质数据集及预测模型
《计算机科学》2024年第8期117-123,共7页魏想想 孟朝晖 
蛋白质是一种具有空间结构的物质。蛋白质结构预测的主要目标是从已有的大规模的蛋白质数据集中提取有效的信息,从而预测自然界中蛋白质的结构。目前蛋白质结构预测实验存在的一个问题是,缺少能够进一步反映出蛋白质空间结构特征的数据...
关键词：河海图结构蛋白质数据集 蛋白质空间结构 蛋白质结构预测 Transformer模型 
远程模板检测算法及其在蛋白质结构预测中的应用
《计算机科学》2024年第S01期167-173,共7页梁方 徐旭瑶 赵凯龙 赵炫锋 张贵军 
国家自然科学基金(62173304);国家重点研发计划(2019YFE0126100)。
在从传统力场驱动的蛋白质结构预测到当前数据驱动的AI结构建模的发展历程中,蛋白质结构模板检测是蛋白质结构预测中的关键环节,如何检测高精度蛋白质结构远程模板对提升结构的预测精度具有重要的研究意义。该研究提出了一种基于自适应...
关键词：模板检测 模板建模 接触图预测 深度学习 二级结构 
深度学习在健康医疗中的应用研究综述被引量：7
《计算机科学》2023年第4期1-15,共15页雪峰豪 蒋海波 唐聃 
西部之光青年学者A类项目(2021XBZG-A-002)。
随着生物医学和信息技术的快速融合发展,健康医疗领域积累了海量的影像数据、患者报告数据、电子健康记录和组学数据等,这些数据具有复杂性、异构性和高维等特点。而深度学习有着复杂函数模拟和自动学习特征的能力,能够从复杂的数据中...
关键词：深度学习 疾病诊断 健康监护 蛋白质结构预测 药物发现 
蛋白质构象空间的多模态优化算法被引量：3
《计算机科学》2020年第7期161-165,共5页李章维 肖璐倩 郝小虎 周晓根 张贵军 
国家自然科学基金(61773346,61573317)。
蛋白质能量模型的不精确性导致数学上的最优解并不一定对应其稳定的天然态结构,同时其巨大的构象空间使得现有方法也极易收敛到局部最优解。针对蛋白质结构能量模型不精确和高维构象空间采样可靠性低的问题,在进化算法的基础上,提出了...
关键词：蛋白质结构预测 多模态优化 二面角相似度模型 ROSETTA 粗粒度能量模型 
基于接触图残基对距离约束的蛋白质结构预测算法被引量：7
《计算机科学》2020年第1期59-65,共7页谢腾宇 周晓根 胡俊 张贵军 
国家自然科学基金(61773346);浙江省自然科学重点基金(LZ20F030002)~~
从头预测是蛋白质结构建模的一种重要方法,该方法的研究有助于人类理解蛋白质功能,从而进行药物设计和疾病治疗。为了提高预测精度,文中提出了基于接触图残基对距离约束的蛋白质结构预测算法(CDPSP)。基于进化算法框架,CDPSP将构象空间...
关键词：蛋白质结构预测 从头预测 残基对距离 接触图 进化算法 片段组装 
基于副本交换的局部增强差分进化蛋白质结构从头预测方法被引量：4
《计算机科学》2017年第5期211-217,共7页李章维 郝小虎 张贵军 
国家自然科学基金(61075062;61379020);浙江省自然科学基金(LY13F030008);浙江省科技厅公益项目(2014C33088);浙江省重中之重学科开放基金(20120811)资助
针对蛋白质高维构象空间搜索问题,提出一种基于副本交换的局部增强差分进化蛋白质结构从头预测方法(RLDE)。首先,采用基于知识的Rosetta粗粒度能量模型显著降低构象空间优化变量维数;其次,引入基于片段库知识的片段组装技术进一步减小...
关键词：从头预测 蛋白质结构预测 副本交换 MONTE Carlo 片段组装 差分进化算法 
蛋白质构象空间局部增强差分进化搜索方法被引量：2
《计算机科学》2015年第B11期22-26,共5页董辉 郝小虎 张贵军 
国家自然科学基金(61075062;61379020);浙江省自然科学基金(LY13F030008);浙江省科技厅公益项目(2014C33088);浙江省重中之重学科开放基金(20120811);杭州市产学研合作项目(20131631E31)资助
针对蛋白质构象空间搜索问题,提出一种蛋白质构象空间局部增强差分进化搜索方法。在差分进化算法框架下,采用Rosetta Score3粗粒度知识能量模型有效降低构象空间的搜索维数,加快算法收敛速度;引入基于知识的片段组装技术可以有效提高预...
关键词：蛋白质结构预测 差分进化算法 粗粒度能量模型 片段组装 MONTE Carlo 
一种基于片段组装的蛋白质构象空间优化算法被引量：3
《计算机科学》2015年第3期237-240,共4页郝小虎 张贵军 周晓根 程正华 张启鹏 
国家自然科学基金(61075062;61379020);浙江省自然科学基金(LY13F030008);浙江省科技厅公益项目(2014C33088);浙江省重中之重学科开放基金(20120811);杭州市产学研合作项目(20131631E31)资助
针对蛋白质构象空间优化问题,提出一种基于片段组装的构象空间优化算法。算法利用基于Rosetta粗粒度的知识能量模型有效地提高了收敛速度;同时,借助片段组装技术可以有效弥补因能量函数不精确而导致的预测精度不足的缺陷;此外,差分进化...
关键词：蛋白质结构预测 片段组装 差分进化算法 Rosetta粗粒度能量模型 
一种新的蛋白质结构预测多模态优化算法被引量：1
《计算机科学》2013年第9期212-215,229,共5页程正华 张贵军 邓勇跃 金媚媚 
国家自然科学基金(61075062);浙江工业大学重中之重学科开放基金(20120811)资助
针对现阶段药物设计中对于蛋白质结构多模态的需求,提出了一种基于排挤差分进化策略的多模态优化算法。为了降低蛋白质构象空间求解的复杂度,算法采用能量极小化过程,有效缩小了可行域的搜索空间;同时,为了有效地平衡多模态优化问题的...
关键词：差分进化算法 多模态优化 空间局部原理 集结过程 能量极小化 
改进的势能曲面变平法在二维非格点模型中的应用
《计算机科学》2008年第10期243-245,共3页刘景发 陈端兵 刘朝霞 
国家自然科学基金项目(10476006);湖南省教育厅杰出青年基金项目(07B009)的支持
蛋白质结构预测问题是生物信息学中的一个重要问题。缺少一种有效的全局寻优方法是阻碍这一问题解决的关键。势能曲面变平(ELP)法是一种启发式的全局优化方法,是一种推广的Monte Carlo方法,已成功地应用于许多优化问题。在ELP法的基础上...
关键词：蛋白质结构预测 非格点模型 MONTE CARLO方法 ELP方法 
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